研究方法与技术

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文章数：8篇

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PhyloMed方法助力挖掘微生物组中介效应

越来越多的微生物组研究利用中介分析来发现微生物组的因果中介效应。Genome Biology发表的这项研究，为解决微生物组中介分析中统计功率低的问题，开发了一种基于系统发育的微生物组中介分析方法——PhyloMed。与直接识别单个中介类群的现有方法不同，PhyloMed通过分析系统发育树上定义的子组合来发现中介信号。

研究方法与技术 Composite null hypothesis mediation analysis Microbiome Phylogenetic tree

Nature：新方法看清菌群中成百上千种细菌的空间分布

菌群是一个复杂的生态系统，要理解其内部的物种互作机制和变化规律，目前的研究主要是基于测序分析和体外培养实验。如何对具有高细菌密度和物种多样性的菌群进行高分辨率的原位成像，从而直观地看到菌群内不同种类细菌的空间分布，仍是一大挑战。Nature最新发表的一项来自康奈尔大学团队的研究，在解决这一技术问题上迈出了重要的一步。研究者开发了一种名为HiPR-FISH（使用荧光原位杂交的高系统发生分辨率微生物组图谱）的菌群原位成像方法，能在单菌分辨率水平上绘制区分数百（至多1023）种细菌的菌群空间分布图，在解析菌群的空间结构，以及菌群成员之间在空间上的相互作用方面，具有很大的研究应用价值。Nature特别配发了解读文章（见“延伸阅读”），可搭配阅读。

细菌成像研究方法与技术荧光原位杂交菌群

对厌氧肠道菌进行动态成像的新方法

肠道菌群内包含大量的厌氧细菌，但使用基于荧光标记的成像技术来直观地研究厌氧菌中的动态过程，仍有很大困难，这是因为荧光蛋白的成熟需要氧气存在。PNAS近期发表的一项研究，利用一些表达细胞色素bd氧化酶的厌氧菌（如拟杆菌、Akk菌），具有在纳摩级别氧含量的条件下进行需氧呼吸的能力，建立了可用于在这些细菌中进行活菌荧光成像的方法，该方法或将有助于对肠道厌氧细菌进行多方面的研究分析。

细菌成像 fluorescent proteins Bacteroides nanaerobic GFP

微生物组学研究难重复？可能是你的提取方法不对（综述）

最近的技术发展使得人类微生物组的研究以前所未有的速度进行。然而，方法上的差异可能对获得的结果产生相当大的影响，这可能是微生物组学研究实验难以重复的重要原因。发表在《Cardiovascular Research》上的一项研究比较了不同的粪便收集和DNA提取方法对肠道菌群特征的影响。结果显示，DNA提取方法对观察到的肠道菌群组成和多样性的影响最大，使用不同的提取方法获取的结果可能会得出相反的结论，而粪便收集方法的影响则非常小。因此，在进行任何宏基因组比较分析时要谨慎，尤其是要确保DNA提取方法保持不变，以获得可靠结果。

肠道菌群 16S rRNA 多样性分析研究方法与技术 DNA提取方法

研究方法与技术

Nature Reviews：原位研究宿主-共生菌相互作用的新技术（评述）

对宿主-微生物相互作用的充分理解有助于对有益和有害相互作用的区分，以及它们对进化和致病机制的理解。但多数共生微生物具有不可体外培养的特性，因此迫切需要使用新的技术来研究宿主和微生物的原位相互作用。发表在《Nature Reviews Microbiology》上的一项“聚焦”文章评述了空间代谢组学和光学显微镜在宿主-微生物相互作用的生物地理学成像方面的最新进展，介绍了大气压基质辅助激光解析电离质谱成像（AP-MALDI-MSI）、荧光原位杂交（FISH）技术和3D光片荧光显微镜（3D-LSFM）技术在宿主-微生物原位相互作用中的成功应用，并指出三种技术的优势结合可为检测微生物感染和生长状态、区分宿主和微生物代谢及相互作用提供更有效途径。

研究方法与技术微生物-宿主互作荧光原位杂交内共生空间代谢组学

上海交大医学院团队：神奇的化学探针，实现隔着肚皮看肠菌

由于缺少技术手段，人们研究肠道菌群时，还无法做到实时观察细菌在肠道内的情况。Angewandte Chemie International Edition发表的一项最新研究填补了这一空白。上海交大医学院附属仁济医院谭蔚泓院士和杨朝勇教授团队合作，研发了一种基于近红外荧光标记的简便方法，可对肠道菌群在活的小鼠体内的运动和分布情况，进行清晰的实时成像。这种新方法对于肠道菌群和微生物研究，有广泛的应用潜力，值得专业人士关注。有兴趣的读者不妨了解一下他们此前在Nature Communications发表的相关工作（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1057304106）和本文共同第一作者王炜博士在肠·道演讲的精彩报告（http://www.mr-gut.cn/talks/s/8beda6f425474e4faa7cb782e64f5302）。

活体成像 GI peristalsis In vivo imaging NIR-II Gut microbiota

植物微生物组

中科院遗传发育所开发定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术

健康的植物根系定植着复杂多样的微生物组，对于植物的营养吸收、胁迫适应以及疾病抵抗具有重要的作用。当前，植物根系微生物组的检测主要是基于扩增子高通量测序产生的相对丰度，却无法评估微生物相对于宿主的总量（the total microbial load）。而在微生物总量未知的前提下，经典的相对丰度分析有时会产生“欺骗性”的结果，这也是目前微生物组研究的局限。2019年9月17日，Plant Communications 在线发表了中科院遗传与发育生物学研究所白洋组和傅向东组合作完成的论文，报道了一种定量检测宿主微生物组的新技术。此外，之前Nature也报导过一种结合流式细胞术的微生物组绝对定量方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1062816672）。

植物微生物组绝对定量内参扩增子测序新方法

研究方法与技术

王军：数据和方法驱动的微生物组研究

中国科学院微生物所王军研究员发表题为《数据和方法驱动的微生物组研究》报告，强调了微生物组数据分析方法的进步对相关研究的推动作用。

研究方法与技术测序技术