新方法

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文章数：5篇

Nature子刊：SECOM-用于评估菌群数据中未描述类群间的互作关系

人类肠道菌群形成了一个微生物相互作用的生态系统，由于复杂的潜在相互作用，一些微生物间可能存在非线性关联。近日，美国国立卫生研究院研究人员在Nature Communications发表最新研究，开发了一种称为Sparse Estimation of Correlations among Microbiomes （SECOM）的方法，用于估计微生物间的线性和非线性关系，同时保持稀疏性。该模型考虑了样本和分类单元的特异性偏差，在真实数据集中表现性能较好，值得相关人员测试。

菌群互作新方法研究论文微生物组数据基础研究

宏基因组测序

Nature子刊：一种抗环境DNA污染的宏基因组DNA测序方法

宏基因组测序样品制备过程中难以避免被外界DNA污染。在Nature Communications近期发表的文章中，研究人员开发了一种基于物理标记的宏基因组测序方法SIFT-seq，可有效抵御测序样品制备过程中引入的环境DNA污染。SIFT-seq在低微生物量的宏基因组分析中拥有十分广阔的应用前景，如描述血液和尿液样本中的微生物DNA特征以及识别体液中潜在低丰度微生物感染源。未来可围绕SIFT-seq开发清除污染工具包，实现采样-测序-分析的完整解决方案。

宏基因组测序新方法研究论文

Science：新方法！记录细菌基因表达，揭示肠道中发生了啥

肠道内的细菌通过不断调整其基因表达，来适应与饮食和疾病有关的肠内环境。Science发表的一项最新研究，报道了一种新工具Record-seq系统。基于这种方法构建的工程菌，其瞬时表达的mRNA在逆转录酶Cas1-Cas2复合物的作用下，会被整合到质粒编码的CRISPR阵列中，从而"记录"细菌在小鼠肠道内的基因表达历史，并能阐明细菌对肠道环境扰动（如饮食、炎症和其他肠菌）的反应。该方法可用于对肠道进行无创测量，在菌群基础研究和诊断应用方面具有潜力。

新方法工程菌细菌基因表达宿主-菌群互作细菌间互作

植物微生物组

中科院遗传发育所开发定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术

健康的植物根系定植着复杂多样的微生物组，对于植物的营养吸收、胁迫适应以及疾病抵抗具有重要的作用。当前，植物根系微生物组的检测主要是基于扩增子高通量测序产生的相对丰度，却无法评估微生物相对于宿主的总量（the total microbial load）。而在微生物总量未知的前提下，经典的相对丰度分析有时会产生“欺骗性”的结果，这也是目前微生物组研究的局限。2019年9月17日，Plant Communications 在线发表了中科院遗传与发育生物学研究所白洋组和傅向东组合作完成的论文，报道了一种定量检测宿主微生物组的新技术。此外，之前Nature也报导过一种结合流式细胞术的微生物组绝对定量方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1062816672）。

植物微生物组绝对定量内参扩增子测序新方法

Nature子刊：中科院遗传发育所揭示水稻根系微生物组与氮肥利用效率的关系

中科院遗传发育所白洋组和储成才组近期在《Nature Biotechnology》杂志发表了关于水稻微生物组的成果，该项研究不仅揭示了水稻亚种间根系微生物组与其氮肥利用效率的关系，证明了NRT1.1B在调控水稻根系微生物组的关键作用，还建立了第一个水稻根系可培养的细菌资源库，为研究根系微生物组与水稻互作及功能，为应用有益微生物、减少氮肥的施用奠定了基础。

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