细菌基因表达

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细菌基因表达

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用于微生物群落宏转录组学研究的新工具—MetaPro

宏转录组学已经成为解析微生物组数据的一种强大组学技术，但目前仍缺乏高性能的工具处理和滤掉低质量和潜在的污染物、对分类学和功能标签进行注释，整理并生成细菌基因表达谱。近日，加拿大多伦多大学研究人员及团队在MetaPro发表最新研究，开发了一种用于宏转录组学数据处理和分析的工具MetaPro（https://github.com/ParkinsonLab/MetaPro），该工具通过处理原始序列可快速实现分类、酶注释，并通过Cytoscape工具快速完成可视化，灵活度高、可扩展和可重复性强，值得关注。

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Science：新方法！记录细菌基因表达，揭示肠道中发生了啥

肠道内的细菌通过不断调整其基因表达，来适应与饮食和疾病有关的肠内环境。Science发表的一项最新研究，报道了一种新工具Record-seq系统。基于这种方法构建的工程菌，其瞬时表达的mRNA在逆转录酶Cas1-Cas2复合物的作用下，会被整合到质粒编码的CRISPR阵列中，从而"记录"细菌在小鼠肠道内的基因表达历史，并能阐明细菌对肠道环境扰动（如饮食、炎症和其他肠菌）的反应。该方法可用于对肠道进行无创测量，在菌群基础研究和诊断应用方面具有潜力。

新方法工程菌细菌基因表达宿主-菌群互作细菌间互作

噬菌体感染

Cell 子刊：如何调控噬菌体感染？或可通过肠道环境影响细菌基因表达来实现

肠道微生物群中藏有广泛的噬菌体和细菌，它们稳定地共存，其丰度和多样性与人类健康有关。Cell Host and Microbe近期发表的文章，对一株人肠道大肠杆菌进行了转录组测序，以确定在体外条件和小鼠肠道中的差异表达基因，其中有四个（bssR、fliA、lsrC和rfaL）基因改变了大肠杆菌和三个毒性噬菌体之间的相互作用，增加或减少了其易感性/抗性模式，也干扰了生物膜的形成。因此，在消化道定植期间，细菌基因的表达调节影响了噬菌体和细菌的共存，突出了噬菌体、细菌和动物宿主在肠道平衡中的三方关系的复杂性。

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