多样性分析

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多样性分析

文章数：4篇

微生物组学研究难重复？可能是你的提取方法不对（综述）

最近的技术发展使得人类微生物组的研究以前所未有的速度进行。然而，方法上的差异可能对获得的结果产生相当大的影响，这可能是微生物组学研究实验难以重复的重要原因。发表在《Cardiovascular Research》上的一项研究比较了不同的粪便收集和DNA提取方法对肠道菌群特征的影响。结果显示，DNA提取方法对观察到的肠道菌群组成和多样性的影响最大，使用不同的提取方法获取的结果可能会得出相反的结论，而粪便收集方法的影响则非常小。因此，在进行任何宏基因组比较分析时要谨慎，尤其是要确保DNA提取方法保持不变，以获得可靠结果。

肠道菌群 16S rRNA 多样性分析研究方法与技术 DNA提取方法

广东工业大学：阻燃剂得克隆（Dechlorane Plus）通过母乳传递影响子代健康

得克隆（Dechlorane Plus，DP）是一种氯代阻燃剂，被广泛地应用于制造各种聚合物材料，如电脑显示器、家具等。随着得克隆在海水、底泥、鱼类、鸟类、蛙卵以及人体中都被检出，其可能具有的生态和健康风险已引起了国内外科学工作者的广泛关注。而DP的代间转移以及DP与微生物群落之间的复杂相互作用少有研究。广东工业大学的余应新团队发表在《Environment International》上的一项研究评估了DP在大鼠代间的传递及其对母鼠和子代肠道菌群组成和功能的影响，提示人们关注DP通过母乳传递给婴儿的健康风险。

污染肠道菌群 Dechlorane Plus Gut microbiota Offspring

Nature：宏基因组学解析巨病毒的多样性及与宿主的相互作用

巨病毒（Giant virus），属于核质大DNA病毒（nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDVs），基因组可以达到几个兆碱基大小，病毒体甚至比小细胞生物体尺寸类似甚至更大。这些病毒能够广泛地感染从原生生物到动物等一系列真核生物。但是目前关于巨病毒的了解还仅限于与原生生物和藻类共生的病毒分离株。发表在《Nature》上的一项研究，基于目前公开的众多宏基因组数据，重建了2000多种NCLDV基因组，并分析了其分布模式、代谢特点及与宿主的相互作用。该研究为未来巨病毒的研究提供坚实的基础理论和广泛的资源，为巨病毒多样性以及其与宿主的相互作用提供了更为全面的分析和见解。

病毒鉴定核质大DNA病毒宏基因组水平基因转移代谢重编程

Nature子刊：全新的微生物组分析平台QIIME 2正式发布

引用1.7万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。本月底将发布2019.7版本，年底发布2019.10版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新，详见延伸阅读。

微生物组 QIIME2 软件刘永鑫白洋