病毒鉴定

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病毒鉴定

文章数：2篇

基于深度学习的病毒序列识别

最新的宏基因组测序技术可以对包括病毒基因组在内的微生物基因组进行大规模测序，大大加快了病毒的研究。为了快速识别宏基因组数据中的病毒序列，美国南加州大学定量计算生物学中心孙丰珠教授课题组在《Quantitative Biology》期刊上发表了题为“Identifying viruses from metagenomic data using deep learning”的文章，在该课题组2017年开发并广泛应用的VirFinder基础上进一步发展了一个基于深度学习识别病毒序列的方法－DeepVirFinder。此方法利用了深度学习和大数据的优势，无需与参考序列比对，显著提高了病毒识别的速度和准确性，将有助于在宏基因组学时代下对病毒的研究。

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Nature：宏基因组学解析巨病毒的多样性及与宿主的相互作用

巨病毒（Giant virus），属于核质大DNA病毒（nucleocytoplasmic large DNA viruses, NCLDVs），基因组可以达到几个兆碱基大小，病毒体甚至比小细胞生物体尺寸类似甚至更大。这些病毒能够广泛地感染从原生生物到动物等一系列真核生物。但是目前关于巨病毒的了解还仅限于与原生生物和藻类共生的病毒分离株。发表在《Nature》上的一项研究，基于目前公开的众多宏基因组数据，重建了2000多种NCLDV基因组，并分析了其分布模式、代谢特点及与宿主的相互作用。该研究为未来巨病毒的研究提供坚实的基础理论和广泛的资源，为巨病毒多样性以及其与宿主的相互作用提供了更为全面的分析和见解。

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