基因组组装

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文章数：6篇

中科院微生物所：gcType——全球模式微生物基因组数据库

2020年10月29日，Nucleic Acids Research在线发表了国家微生物科学数据中心（中国科学院微生物研究所微生物资源与大数据中心、世界微生物数据中心）团队关于全球模式微生物基因组数据库gcType的文章，马俊才研究员与吴林寰研究员为共同通讯作者。gcType是由我国牵头的全球模式微生物基因组测序计划的重要成果。

数据库全球微生物菌种目录（GCM）全球模式微生物基因组数据库(gcType) 基因组组装下一代测序

宏基因组组装

蛋白水平组装可从宏基因组样本中获取数倍蛋白序列

常规的测序数据组装都是基于DNA序列的。如果先把测序数据按6个读码框翻译成蛋白质，然后再根据氨基酸序列组装，则称为蛋白水平组装。Plass就是完成此任务的一个软件。我们可以看到，作为一个新事物，蛋白水平组装具有一些优势和劣势。

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宏病毒组技术在猪腹泻的新型肠道冠状病毒鉴定中的应用

传统意义上有很多用于发现新病毒的方法，如病毒分离、核酸检验、血清学试验等，但它们都有一定的局限性。但利用高通量测序发现新病毒具有信息量大、对标本所含信息无偏倚、操作较简单、检测成本较低等独特优点，使得该技术已成为目前病毒发现中最为重要的技术之一，其在病毒诊断、溯源、预警等方面具有实用意义。作者在此借助鉴定导致仔猪腹泻的新型肠道冠状病毒进行了简单的介绍。

宏病毒组冠状病毒反转录基因组组装 PEAV

基因组组装

赵方庆团队：突破宏基因组组装难题的新方法MetaSort

中科院北京生科院的赵方庆老师和团队开发的宏基因组组装新方法，突破了之前组装方法难题，再次强烈推荐阅读！

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基因组组装

赵方庆团队：针对细菌基因组重复区域拼接问题的新算法

继续推荐中科院北京生科院赵方庆老师和团队的研究，这篇特别关注单个细菌基因组中重复区域的拼接问题，很值得一看！

基因组组装重复序列新算法 Katarzyna Zaremba-Niedzwiedzka Eva F Caceres

基因组组装

用染色质构象捕获分析宏基因组数据

宏基因组数据的拼接是痛点。通过计量DNA分子之间的碰撞，meta3C能够识别出与特定细胞结构接触的DNA，来描述构成复杂的微生物组。这种方法有望从宏基因组数据中挑出来自特定物种的DNA，也可区分序列是否来自于染色体以外的DNA（如质粒、移动元件或噬菌体等）。

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