海洋宏基因组

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海洋宏基因组

Cell：全球海洋微生物群落的宏转录组

Tara Oceans 项目组在之前介绍海洋微生物群落的分类学和基因组组成方面结果的基础上（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1074539881），近日又推出了海洋宏转录组在全球范围内如何变化的研究成果。这项发表在 Cell 杂志上的论文向我们展示了来自全球分布的 126 个采样站的 187 个转录组和 370 个基因组的数据集，包括 4,700 万个基因的资源。研究主要基于维度（极地到非极地）和深度差异，发现了海洋微生物群落的演替和微生物转录组变化的多样性差异。总的来说，全球气候变暖能够驱动海洋微生物群落转录组的变化，直至出现群落更替的现象。

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华科宁康等：海洋宏基因组资源促进了对新蛋白质的结构和功能预测

华中科技大学生命学院宁康教授团队，联合软件学院薛志东教授团队和美国密歇根大学计算医学与生物信息系张阳教授团队，在利用微生物组大数据辅助预测蛋白质三维结构领域取得新突破。对于无已知同源蛋白质结构的新型蛋白质，要想预测其结构则需要借助于从头折叠算法。在从头折叠算法中，第一步是明确氨基酸残基之间的“密切接触”关系，这通常需要在很多蛋白质同源序列的帮助下才能得到更好的结果。针对于Pfam中的蛋白质家族，其实仍然有很多蛋白质家族下属的同源序列较少，难以提高从头折叠结构预测的准确性。宁康等认为海洋微生物组包含大量独特的新基因和蛋白质，它们的序列可以用作计算“密接”关系的素材。随后证明了这种方法在预测新蛋白结构上的有效性。

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宏基因组组装

蛋白水平组装可从宏基因组样本中获取数倍蛋白序列

常规的测序数据组装都是基于DNA序列的。如果先把测序数据按6个读码框翻译成蛋白质，然后再根据氨基酸序列组装，则称为蛋白水平组装。Plass就是完成此任务的一个软件。我们可以看到，作为一个新事物，蛋白水平组装具有一些优势和劣势。

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Nature子刊：海洋微生物多样性之前被低估了

据估计，20%-80%的海洋微生物以生物膜形式存在（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1087827001）。近期《Nature Communications》发表Tara Oceans项目的研究成果，通过对海洋生物膜宏基因组的分析，在生物膜中发现了大量隐藏的生物多样性和功能特征。

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以海神之名：确立全球含量最丰富的 II 类古菌的分类地位

II 类海洋(Marine Group II，MGII)古菌是海洋表面含量最丰富的浮游古菌。本文基于宏基因组进化分析等方法，为此类古菌定名、拟定族谱等，为将来的相关研究打下良好基础。

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含固氮基因的奇古菌病毒

海洋奇古菌可以氧化氨和固定有机碳，在全球氮循环和碳循环中具有重要作用。一项研究发现，在固氮中发挥关键作用的氨单氧酶（amoC）基因居然存在于奇古菌病毒中。

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海洋宏基因组

5TB海洋宏基因组数据大餐

Scientific data杂志发表的一篇论文中，报道了＞5TB的海洋宏基因组大数据。这些数据不仅包括测序信息，还尽可能提供了多种理化性质，如光照、盐度，氧气，温度，营养和金属浓度等，为进一步的数据挖掘和比较研究打下了坚实基础。

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海洋微生物

宏基因组学助力海洋微生物研究（综述）

Trends in Microbiology上发表的一篇综述，讨论了宏基因组等多组学分析在海洋微生物研究中的应用，并介绍了海洋生态基因组学的研究进展，以及海洋病毒对宿主群落及全球生态系统的影响。

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海洋宏基因组

NAR：专门用于海洋宏基因组分析的数据库

在人体微生物组研究之外，海洋宏基因组相关研究也是热点，这篇文章介绍为此而开发的数据库，值得专业人士关注。

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