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Binning
文章数:5篇
宏基因组组装基因组 (MAGs)
陈卫华+赵兴明等:利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查(综述)
恢复高质量宏基因组组装基因组对于探索微生物组成和微生物表型关联至关重要。但目前用于此目的的多种测序平台和计算工具可能会使研究人员感到困惑,因此需要进行广泛的评估。近日,复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述,利用4种测序技术(mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC),在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台,通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具,发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好,其次是混合和长读长组装。
宏基因组组装基因组 (MAGs)
测序技术
综述
基础研究
混合组装
宏基因组学
最完整的宏基因组分箱流程:MetaWRAP
您还在为宏基因组分析流程繁琐,所用软件甚多,安装使用异常复杂而烦恼吗?请看这款最新发布的宏基因组分析全能工具,可帮助您一站式完成质控、分箱、注释、结果可视化等全部分析作业。基于Conda,部署方便,使用简单,需要的话赶快试一下吧。好用的话别忘了在下面留言哦!
宏基因组学
生物信息学工具
metagenomics
WGS
metagenome
宏基因组测序
BMCB:CoMet——宏基因组分箱的新方法
这是BMC Bioinformatics[IF:2.448]发表的一篇宏基因组方法学文章,对宏基因组分箱的新方法CoMet进行了介绍,值得专业人士重点关注。
宏基因组测序
Binning
Contig composition
Contig coverage
DBSCAN algorithm
参考基因组
GB:不依赖于参考基因组的宏基因组分析算法——MetaGen
一篇宏基因组学方法学相关文献,推荐专业人士阅读。
参考基因组
宏基因组分析
Binning
metagenomics
Mixture model
宏基因组分析
Microbiome:整合不同宏基因组分析工具的新方法
宏基因组的分析方法和工具有很多,分析结果往往存在差异,如何尽可能减少这些差异呢?看看这个新方法。
宏基因组分析
Binning
metagenomics
Pipeline
Taxonomic profiling