混合组装

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宏基因组分箱

Nature子刊：宏基因组分箱过程中单覆盖和多覆盖效果有何不同？

宏基因组分箱已逐渐成为探索微生物组成与功能必不可少的技术手段。近日，英国爱丁堡大学研究人员在Nature methods发表最新研究，对同一组样本进行了单覆盖和多覆盖分箱比较，发现多覆盖分箱比单覆盖分箱能产生更好的结果，且能够识别其他方法忽视的污染序列和嵌合分箱。尽管多覆盖分箱需要更多资源，但它是一种更优越的方法，应始终优先于单覆盖分箱进行。

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宏基因组组装基因组 (MAGs)

陈卫华+赵兴明等：利用基因组分辨肠道宏基因组学计算策略的调查（综述）

恢复高质量宏基因组组装基因组对于探索微生物组成和微生物表型关联至关重要。但目前用于此目的的多种测序平台和计算工具可能会使研究人员感到困惑，因此需要进行广泛的评估。近日，复旦大学赵兴明、华中科技大学陈卫华及团队在Briefings in Bioinformatics发表最新综述，利用4种测序技术（mNGS、PacBio、Nanopore和metaHiC），在三个数据集上评估多种用于基因组解析宏基因组学的计算工具和测序平台，通过多个性能进而确定组装和分箱最佳工具，发现混合组装和基于metaHiC分箱组合的性能表现最好，其次是混合和长读长组装。

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功能宏组学为长读长和短读长的组装提供重要见解

本研究中，作者评估了四种不同复杂性的宏基因组样本的仅有短读长、仅有长读长和混合组装的方法，揭示了组装方法对从低多样性到高多样性的样品，从模拟群落到人类粪便和瘤胃宏基因组的预测基因和蛋白质的影响。作者提出了一种与参考无关的解决方案，该解决方案利用多组学数据集成的协同效应，使用长读长测序数据对菌群进行原位研究。本研究的发现为宏基因组重建的关键评估铺平了道路。

三代测序长读长牛津纳米孔技术混合组装功能组学

Nature子刊：超长DNA片段提取助力纳米孔测序对复杂环境单菌基因组的组装

基于二代测序让我们对复杂环境微生物群落组成和功能有了进一步的认识，然而更深层次的研究就需要从复杂环境中组装得到完整基因组，虽然三代测序准确率有待提升，但是却帮助我们将序列读长扩展到足够用的地步，可我们却还是无法从复杂环境中得到可用于三代测序的大片段DNA。因此，从复杂环境中组装完整基因组的工作，从样本提取就开始困难重重，本文提出了一整套方案，从样本提取到下游的生物信息学分析，带我们跨越障碍，组装高质量基因组。

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