牛津纳米孔技术

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牛津纳米孔技术

文章数：4篇

三代测序技术的宏转录组

王军+周宏伟+解立新：建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

以牛津纳米孔测序技术（ONT）为代表的三代测序拥有快速制备文库及超长读长等优势，能有效提高临床样本中病原的检测，而ONT直接RNA测序技术也为临床样本中RNA病原无偏的检测提供了可能。为此，中科院微生物所王军、南方医科大学珠江医院周宏伟、解放军总医院第八医学中心解立新与研究团队，收集了肺泡灌洗液、脑脊液和血液样本，建立了RNA/cDNA靶向测序（mtNGS（使用二代测序技术的宏转录组）），以减少临床样本中的宿主核苷酸比例，并通过与ONT相结合（mtTGS（使用三代测序技术的宏转录组））以缩短测序时间。

三代测序技术的宏转录组牛津纳米孔技术病原检测宏基因组测序

功能宏组学为长读长和短读长的组装提供重要见解

本研究中，作者评估了四种不同复杂性的宏基因组样本的仅有短读长、仅有长读长和混合组装的方法，揭示了组装方法对从低多样性到高多样性的样品，从模拟群落到人类粪便和瘤胃宏基因组的预测基因和蛋白质的影响。作者提出了一种与参考无关的解决方案，该解决方案利用多组学数据集成的协同效应，使用长读长测序数据对菌群进行原位研究。本研究的发现为宏基因组重建的关键评估铺平了道路。

三代测序长读长牛津纳米孔技术混合组装功能组学

Nature子刊：三代测序实现高精度的长读长扩增子测序

丹麦奥尔堡大学Mads Albertsen研究团队近日取得一项新成果，他们使用Nanopore或PacBio测序的独特分子标识技术完成了高精度长读长扩增子测序。相比于短读长测序技术，针对基因组长区域的高通量扩增子测序仍具有挑战性。在本研究中，研究人员开发了一种高通量扩增子测序方法，该方法结合了独特分子标识（UMIs）与牛津纳米孔技术（ONT）或Pacific Biosciences环形共有序列，可获得大基因组区域内高精度单分子共有序列。

分子标识牛津纳米孔技术长读长嵌合体单分子

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学