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文章数：4篇

iMeta：南科大宋毅组综述逆境胁迫下植物向菌群求救的遗传基础

本研究回顾了宿主主动重塑有益菌群从而增强生物和非生物胁迫耐受性的遗传基础，并总结了确立菌群变化与植物功能性状联系的实用研究手段。进一步理解植物关键调控因子和相关信号途径如何主动重塑相关菌群组装以增强其自身逆境耐受性的机制，将为未来设计能适时富集有益菌群以缓解植物对特定胁迫耐受性的精准育种以及精准农业等提供重要理论和数据支持。

有益菌群胁迫耐受性植物功能性状抗逆作物富集

纳米孔自适应采样：一种富集宏基因组样本中低丰度物种的方法

对于研究 DNA 分子长度对自适应采样效率和功效的影响，以确定其对宏基因组组装基因组（MAG）和诊断应用的有用性，在本文中，作者提出了一个数学模型，该模型可以在已知的相对丰度和读长长度分布的情况下预测宏基因组群落中可能的富集水平。使用合成落，作者证明模型的预测与观察到的行为密切相关，并量化了采用自适应采样对流动池产量造成的负面影响。

纳米孔自适应采样宏基因组学测序富集

广东省科学院团队：揭示嗜酸杆菌在重金属污染土壤中的生态适应性机制

包括嗜酸杆菌(Acidobacteriia)在内的许多微生物，可在极酸/碱、极寒/热、高重金属、高压等许多极端环境中生存，我们在赞叹这些细菌坚忍不拔的同时，也非常好奇它们之所以自强不息的内在机制。广东省科学院孙蔚旻研究团队基于前期的野外调查发现嗜酸杆菌纲常在重金属污染严重的西南红壤中存在独特优势，这表明A嗜酸杆菌可能具有耐受、甚至转化重金属的代谢潜力，为探究嗜酸杆菌在极端土壤环境中的生态适用性机制，团队采用宏基因组学分箱手段揭示了其独特的代谢潜力，帮助了研究者们更好地理解这类分布广泛、奇特、但难培养的微生物。

宏基因组重金属污染嗜酸杆菌代谢潜力分箱

人类肠道病毒组

微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

Oxford Nanopore 的测序技术已成功用于多种应用场景下的宏基因组测序。2020年5月8日，中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室，中国科学院微生物研究所王军教授课题组的曹佳宝博士等人在《Medicine in Microecology》杂志发表了题为“Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore Technology”的文章。作者利用纳米孔测序，基于纳米孔高通量测序PromethION平台开发出一套用于病毒颗粒物理富集、逆转录、随机扩增来分析人类肠道病毒的工作流程。结果发现使用Nanopore测序病毒DNA和扩增后的病毒DNA/cDNA可获得更长读长的序列，提供有关病毒多样性的更多信息，且许多病毒序列并不在当前数据库中。此外，使用Nanopore测序非扩增的病毒DNA可以对噬菌体的表观遗传修饰（甲基化）信号进行检测。

人类肠道病毒组富集扩增牛津纳米孔技术表观基因组学