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文章数：7篇

国内团队Nature子刊：鉴定及定量菌群样品中细菌的新方法——BarBIQ

中科院动物所金坚石与团队近期在Nature Protocols发表研究，为了克服传统16S rRNA基因测序方法的局限，作者开发了BarBIQ方法，这是一种对菌群中单个细菌进行高通量鉴定和定量的方法，该方法采用条形码标记单细菌的策略并实现了对16S rRNA基因鉴定的单碱基精确度。本文以BarBIQ在小鼠肠道菌群分析中的应用为示范。

菌群定量细胞条形码 16S rRNA基因单碱基精度生物信息学分析流程

马郁芳+马骁驰：肠道宏病毒组扩增和测序方法的优化及评价

由于生物量较低，宏病毒组测序中难免需要多次PCR扩增以获取足量的DNA，可能导致病毒基因组的测序覆盖分布不均匀，对基因组组装产生影响。大连医科大学马郁芳和马骁驰团队在Journal of Advanced Research发表了最新研究，建立了一种优化的、可重复的宏病毒组扩增和测序工作流程，并结合二三代混合测序策略，有效提升了宏病毒组的组装性能，为未来在基因组水平研究复杂的肠道病毒群落提供了有效的方法支撑。

宏病毒组噬菌体方法学测序纳米孔测序

纳米孔自适应采样：一种富集宏基因组样本中低丰度物种的方法

对于研究 DNA 分子长度对自适应采样效率和功效的影响，以确定其对宏基因组组装基因组（MAG）和诊断应用的有用性，在本文中，作者提出了一个数学模型，该模型可以在已知的相对丰度和读长长度分布的情况下预测宏基因组群落中可能的富集水平。使用合成落，作者证明模型的预测与观察到的行为密切相关，并量化了采用自适应采样对流动池产量造成的负面影响。

纳米孔自适应采样宏基因组学测序富集

多重耐药质粒

香港理工大深圳研究院：快速高效的多重耐药质粒测序新方法

近期GigaScience[IF：6.871]发表了香港理工大深圳研究院团队的研究，用MinION新型纳米孔测序平台，实现快速高效的获得多重耐药质粒的完整序列，推荐专业人士关注。

多重耐药质粒 MinION新型纳米孔测序平台测序 Multidrug resistance (MDR) plasmids de novo assembly

Gigascience：宏基因组学研究流程如何标准化？

宏基因组学的研究发展特别是成熟的时间并不长，为此很多方法学并不统一。这篇Gigascience上的文章，呼吁研究者采用更加一致的分析方法和工作流程，很有实际意义！PS，Gigascience是华大基因主办的开放期刊，很赞是不是？

宏基因组元数据可重复性采样测序

COB：到底什么是益生元？争论还在持续！

我们总是说起益生元，而其实，益生元的概念一直还在争论中，有许多公认的益生元，但也还有大量候选益生元可能并不符合现有的定义。如何能够促成一个各方都认可的益生元概念呢？

益生元测序糖组学 David M Aanensen Hajo Grundmann

Nature子刊：扩增子及其他测序的元数据收集和填写规范（MIMARKS/MIxS）

本文介绍由基因组标准协会（Genomic Standards Consortium：GSC）开发的用于研究和发表标记基因序列的标准-标记基因测序的最少信息标准 (the minimum information about a marker gene sequence，MIMARKS)。还介绍了一套“environmental packages（环境包）”用于描述生物样本来源。最后，为了建立描述测序数据的统一标准，并为科学界提供访问和了解GSC所有信息列表的接口，作者提供了有关任何（x）测序的最少信息标准（MIxS）。并表示采用MIxS标准将增强我们对不断变化的生物圈中自然遗传多样性的能力的认识。

测序标准基因组 MIMARKS 数据库