宏基因组分析方法

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宏基因组分析方法

文章数：15篇

宏基因组分析方法

培养富集+测序可揭示肠道细菌核心及附属基因

《Microbiome》上发表的一项最新研究，报道了结合液体培养与鸟枪法测序，可研究肠道菌群中低丰度细菌的基因组，并通过此方法鉴定出了阴沟肠杆菌及大肠杆菌的耐药基因，并可推断基因水平转移可能性。该方法对于研究肠道细菌耐药性以及获得方式具有参考价值。

宏基因组分析方法 Microbiome antibiotic resistance Pangenome Metagenomics assembly comparative genomics

生物信息学工具

分析菌群基因水平转移的信息学工具

《Microbiome》近期发表的研究介绍了一种新的生物信息学分析工具——MetaCHIP，可以在不依赖于参考基因组的情况下，用于宏基因组测序数据分析，探索群落水平上的水平基因转移事件。

生物信息学工具基因水平转移 Bioinformatics HGT identification horizontal gene transfer

宏基因组仿真数据生成软件：CAMISIM

CAMISIM是特别为生成宏基因组和菌群测序仿真数据而设计的软件。该软件生成的数据集，可用于评测不同宏基因组分析工具的性能，指导软件使用时的参数设置，优化分析流程等。

宏基因组 Benchmarking CAMI Genome binning Metagenome assembly

宏基因组分析方法

Nature子刊：一种新的宏基因组探针设计算法

宏基因组虽然理论上无所不包，但毕竟“尺有所短”。通过CATCH算法设计多重寡核苷酸探针靶向富集宏基因组特定序列，做到有的放矢，大大提高了病毒基因组检测灵敏度。

宏基因组分析方法分子探针病毒组拉沙热方法学

宏基因组分析方法

基于宏基因组数据对菌群中低丰度细菌的生长速率进行原位测量

与现有的细菌生长速率测定软件相比，GRiD方法既不需要完整的基因组信息，也不需要微生物组成信息。由于其能够在极低测序覆盖度的条件下测量微生物生长速率，所以特别适合分析低丰度物种。点击查看另一个同类工具(http://www.mr-gut.cn/papers/read/1042256665)。

宏基因组分析方法生长速率生物信息学工具皮肤菌群牛皮癣

宏基因组分析方法

一个新的宏基因组分类器KrakenUniq

KrakenUniq可被视为是在Kraken基础上附加了k-mer信息之后的一个改进型。

宏基因组分析方法生物信息学工具 Infectious disease diagnosis metagenomics Metagenomics classification

宏基因组分析方法

山大：专注于分析宏基因组中氮循环基因的数据库——NCycDB

山东大学海洋科学与技术研究所在Bioinformatics杂志发表论文，介绍了一个专门用于分析环境样品中氮循环相关基因的数据库。

宏基因组分析方法氮循环 Joan Massagué Karuna Ganesh

宏基因组分析方法

Cell子刊：精确评估宏基因组多样性的新工具

Cell Systems近期发表一项研究，报导了可精确评估宏基因组生物多样性的新方法，检测低丰度的稀有物种时表现优秀，可用于肠道菌群、环境菌群等多种宏基因组样本分析。

宏基因组分析方法微生物多样性稀有物种宏基因组学 Massimo Rugge

宏基因组分析方法

利用宏基因组的进化特征预测基因的功能

即便是在模式微生物中，也有很多基因的功能是未知的。Microbiome上的一个研究通过宏基因组数据的进化特征预测基因功能，具有很高的准确性。作者认为，随着宏基因组数据增加带来更大的环境多样性，可进一步提高预测的准确性。这会是生物大数据给我们带来的小确幸吗？

宏基因组分析方法宏基因组进化分析 Mahshid Dehghan Mahshid Dehghan

生物信息学工具

用于OTU提取和系统发育分析的超快生物信息学工具

从菌群16S rRNA测序数据中提取OTU和对这些OTU进行系统发育分析是宏基因组学研究中的常见任务，而现有的方法如QIIME事实上在准确性和效能等方面都有一些缺陷。Genome Biology发表的这篇文章介绍了一种新的、更快更准确的生物信息学工具，弥补了现有工具的不足。值得专业人士参考。

生物信息学工具宏基因组分析方法宏基因组算法 16S扩增子高通量测序 Amanda J Cross

宏基因组分析方法

对Illumina数据进行实时宏基因组分类的新方法

Bioinformatics上发表的最新研究，介绍了一种对Illumina数据进行实时宏基因组分类的新工具——LiveKraken，可依据物种来源不同将原始数据进行分类。

宏基因组分析方法宏基因组算法宏基因组序列分类 Aonghus Lavelle Harry Sokol

宏基因组分析方法

Nature子刊：从宏基因组中复原基因组的新方法

Nature Microbiology上发表的一篇方法学文章，介绍了一种新的宏基因组分箱工具——DAS Tool，可用于分析各类宏基因组样品，包括人体肠道、水体、土壤的宏基因组数据。

宏基因组分析方法宏基因组分箱宏基因组生物信息学 Jasenka Zubcevic

宏基因组分析方法

Nature子刊：菌群系统发育分析的方法

复杂菌群中的个体并非是孤立存在的，而是具有一定亲缘关系的。因此，在分析菌群表型时理应将物种之间的系统发育信息考虑进来。Nature Microbiology上的这篇综述总结出4种不同的研究问题和分析方法，更在网站上在线提供了具体分析流程，是进行菌群数据系统发育分析时非常有价值的参考材料。

宏基因组分析方法系统发生学

生物信息学工具

一种基于Galaxy平台的微生物数据分析框架

GigaScience上介绍的一种新的微生物数据分析框架——ASaiM，可用于微生物数据的组装、提取、可视化。

生物信息学工具微生物组分析宏基因组分析方法

生物信息学工具

MicrobiomeAnalyst：一个新的微生物组分析云平台

MicrobiomeAnalyst，译名“微生物组分析师”，是一个由华人学者（Xia Jianguo）开发的微生物组云分析平台。2001年毕业于北京大学，现任 McGill University 的助理教授。

生物信息学工具菌群分析平台宏基因组分析方法 Jiang-ping Wei Dayue Darrel Duan