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微生物组分析
文章数:5篇
GEN-ERA
用于微生物基因组学研究的工具箱GEN-ERA
用于分类学研究的可重复基因组工具的可用性与微生物收集相关。近日,比利时研究人员在GigaScience发表最新研究,开发了GEN-ERA工具箱(https://github.com/Lcornet/GENERA),一种专门用于细菌和小型真核生物比较基因组学平台,包含多种常见的分析流程(核苷酸序列比较和代谢建模等),可供没受过专门生信培训的用户使用,应用价值非常广泛,值得关注。
GEN-ERA
基因组学
研究论文
基础研究
生信工具箱
胰腺癌
用好菌群或能防治胰腺癌(观点)
胰腺导管腺癌(PDAC)是一类致命癌症,早期PDAC的5年生存率仅为25%左右。PDAC非特异性的临床症状导致其确诊较晚、缺乏可靠的筛查方式、治疗选择过时无效,这些都导致了PDAC的不良预后。最新发表在Trends in Cancer杂志的观点文章认为,目前胰腺癌治疗可选择的策略太少且太迟。有证据表明,在PDAC确诊时,弥散性胰腺癌细胞已经扩散,并在肝脏内形成转移前生态位。75%接受治疗性切除的PDAC患者将在2年内发展为转移性疾病。本文讨论了一个新兴的概念,即微生物组分析、靶向微生物组与免疫治疗相结合,用以诊断和治疗不同发展阶段的PDAC。
胰腺癌
微生物群
微生物组分析
液体活检
致癌信号
生物信息学工具
一种基于Galaxy平台的微生物数据分析框架
GigaScience上介绍的一种新的微生物数据分析框架——ASaiM,可用于微生物数据的组装、提取、可视化。
生物信息学工具
微生物组分析
宏基因组分析方法
质谱
Nature子刊:微生物组分析的过去、现在和未来
最近Nature Protocols上关于测序、质谱分析的一篇总结和展望文章,对过去十年技术的进步和未来的方向进行介绍,非常值得一读,强烈推荐。
质谱
宏基因组
宏转录组
宏蛋白质组
宏代谢组
指南
AJG:针对临床医生的微生物组分析指南(医生必读)
① 应用二代高通量测序分析人类微生物将改变我们对复杂疾病病因的理解,现在有大量文献报道来探索这个复杂系统,并有最新的发现;② 炎症性肠病和其他慢性病相关的肠道微生物组研究视角的改变得到了文献的支持,也被研究者群体广泛接受;③ 然而,考虑到测序方法的各种各样和应用的不同,很难客观性地评价这些结果的重要性。④ 本综述主要关注微生物组基本分析原则和阐述可能影响结果的准确性解释的因素。
指南
微生物组分析
Alex Mira
Alba Boix-Amorós