质谱

尽管质谱分析具有高灵敏度、高特异性、无标记等优点，但传统色谱-质谱方法通量低、周期长、无法满足菌株快速筛选的需求。近日，中国科学院深圳先进技术研究院陈永灿、司同及团队在Current Opinion in Biotechnology发表最新综述，聚焦工程菌株的高通量质谱筛选方法，从微生物培养体系、自动化样品制备、高通量质谱仪器、菌株开发应用等多方面系统阐述，并对关键挑战和未来趋势进行了展望，值得关注。

质谱菌株筛选综述基础研究方法学

宏蛋白质组学

Nature子刊：不同的宏蛋白质组学工作流程对研究结果有何影响？

蛋白质是执行生物学功能的关键操作单元，宏蛋白质组学是研究微生物组功能的有力工具，目前已有多种工作流程被报道和应用，但这些不同的方法对研究结果的影响尚不清楚。Nature Communications近期发表了由宏蛋白质组学学会（Metaproteomics Initiative）发起的CAMPI研究，对已有的宏蛋白质组学研究方法流程进行了大规模的跨实验室比较，揭示了方法学对研究结果的影响，并与宏基因组和宏转录组学进行了对比印证，表明宏蛋白质组学研究有较好的稳健性。这项工作提供了有价值的基准数据集，为宏蛋白质组学方法的标准化和未来发展奠定了基础。

宏蛋白质组学肠道菌群微生物组宏蛋白质组学学会（Metaproteomics Initiative）质谱

代谢组学

Nature Reviews：基于质谱的代谢组学在微生物组研究中的应用（综述）

基于质谱的代谢组学，是菌群研究的关键技术之一，可检测和识别菌群产生的小分子，并了解这些菌群代谢物的功能作用。Nature Reviews Microbiology这篇综述回顾了非靶向质谱的常见形式，以及在微生物组分析中可以获得的数据类型及数据分析方法。干货很多，值得参考、学习。

代谢组学微生物组质谱

代谢组

Nature子刊：分类未知代谢物的代谢组学新工具，或将助力菌群研究

使用非靶向的代谢组学，能在生物学样本中检测上千种代谢物，是微生物组等研究领域中重要的研究手段，但目前对结构未知的分子进行分类预测和结构注释仍有很大挑战。Nature Biotechnology近期发表的一项研究，开发了一种计算工具CANOPUS，能对高分辨率碎片质谱中的未知代谢物进行系统分类，具有广泛的应用前景，包括用于研究天然产物、食品组学、环境研究、药物降解、病理学等。

代谢组机器学习质谱

宏蛋白质组学

高通量的粪便宏蛋白质组学方法，助力大规模临床研究

mSystems上发表的一项研究，报道了一种高通量的粪便蛋白质组分析流程——SHT-Pro，具有可定量、可重复、高效率等优点，或能助力粪便蛋白质组学在大规模临床研究中的应用。

宏蛋白质组学 Diet fermented fiber high-throughput

化学探针

新型化学探针用于提取肠道菌群的胺类代谢产物

Angewandte Chemie International Edition上发表的一项最新研究，介绍了一种新型的多功能化学探针，可直接从粪便样本中提取肠道菌群的胺类代谢产物，提取出的产物可用于进行质谱分析，可用于鉴定人体样本中的未知代谢产物并寻找新的潜在生物标志物。

bioorthogonal cleavage magnetic beads microbiota 化学探针质谱

方法学

Cell：利用代谢组学及同位素示踪研究代谢通路

质谱是研究代谢组的重要技术方法，而同位素追踪可以揭示代谢通路的活动情况。Cell[IF：30.41]近期发表相关综述，值得专业人士关注。

方法学代谢组学同位素示踪色谱质谱

代谢组学

COB：计算代谢组学在代谢研究中的应用（综述）

计算机技术在基于质谱的代谢组学研究中广泛应用，Current Opinion in Biotechnology[IF：9.294]发表的综述对最新的计算代谢组学方法进行了详细总结，推荐专业人士参考。

代谢组学数据库质谱 Siew C Ng Tao Zuo

代谢组学

ACA：如何破解宿主-菌群代谢组中的未知？（综述）

这是Analytica Chimica Acta[IF：4.950]发表的一篇重要综述，对设计到宿主-菌群相互作用中极为重要的代谢组学进行了系统总结。2018年，会是菌群代谢组学的重要一年，关于代谢组学的文献都值得专业人士好好看看。

代谢组学质谱未知物质 Dark matter Known unknowns

代谢组学

MSR：利用质谱做肠-脑轴相关代谢组学研究（综述）

这是Mass Spectrometry Reviews[IF：9.373]发表的一篇重要综述，系统性介绍了如何利用质谱作为工具，分析神经退行性疾病中肠道菌群和宿主的代谢分子。很重要的方法学综述，专业人士要好好看看。

代谢组学神经退行性疾病小分子代谢物肠-脑轴质谱

芳香烃受体

COT：一文读懂宿主-菌群互作中的芳香烃受体（综述）

芳香烃受体是做菌群和免疫的人特别关注的信号分子，这篇小文章简要介绍了它的功能，值得一读。

芳香烃受体代谢组学质谱 AHR microbiota

质谱

Nature子刊：微生物组分析的过去、现在和未来

最近Nature Protocols上关于测序、质谱分析的一篇总结和展望文章，对过去十年技术的进步和未来的方向进行介绍，非常值得一读，强烈推荐。

质谱宏基因组宏转录组宏蛋白质组宏代谢组

质谱

FM：母乳中的IgA对幼鼠对抗致病菌至关重要

通过质谱、液相色谱、MSMS shotgun宏蛋白组分析等方法监测新生小鼠的肠道菌群变化，发现母乳中IgA的核心重要性，很值得一看的paper。

质谱围产期肠道菌群遗传背景母乳喂养

代谢组学

COB：代谢组学，NMR依然大有可为！

质谱分析及NMR谱分析是代谢组学分析的两种主要方法，质谱分析目前风头正劲，但NMR也不过时，仍然可以发挥巨大的作用。Current Opinion in Biotechnology的这篇综述值得好好阅读。

代谢组学质谱 NMR Oded Béjà Alina Pushkarev

心血管疾病

稳定同位素稀释液相层析串联质谱法测定氧化三甲胺

临床诊断需快速测定氧化三甲胺TMAO水平。①利用稳定同位素稀释液相层析串联质谱法测定浓度在0.05 到200μM范围内的TMAO②血浆中TMAO在-80℃保存5年或反复冻融均可稳定存在③血浆正常值快速测定表明正常范围在0.73-126μM，中位值3.45μM且随年龄增加。

心血管疾病质谱氧化三甲胺