宏蛋白质组学

鉴于微生物动态与人类健康间的紧密联系，治疗干预对人类肠道微生物群的影响是一个最受关注的临床问题。目前关于抗菌疗法对GM功能和生化途径的影响却很少被研究。近日，意大利萨萨里大学研究人员在Gut Microbes发表最新研究，表征了幽门螺杆菌感染患者治疗前后粪便宏蛋白质组特征，结果显示蛋白质组学可用来监测药物诱导的转基因和宿主功能重塑，值得关注。

宏蛋白质组学幽门螺杆菌感染研究论文基础研究肠道菌群

同位素探测

超灵敏同位素探测或可用于定量物种活性和底物同化

稳定同位素探测（SIP）方法是微生物组研究中确定物种与底物间关联以及物种活性的重要工具。但目前存在的SIP方法，在灵敏度、分辨率或吞吐量方面受到限制。近日，北卡罗来纳州立大学研究人员在Microbiome发表最新研究，提出了一种超灵敏、高通量的基于蛋白质的稳定同位素探测方法，在鉴定物种活性和低标记范围内物质的性能较好，值得进一步测试。

同位素探测底物同化研究论文基础研究宏蛋白质组学

菌群

iMeta：宏蛋白质组学分析一站式工具集iMetaLab Suite

由于宏蛋白质组学研究中蕴含的难度和挑战性，一定程度上限制了其他领域菌群研究人员对宏蛋白组学的使用和深入探索。为了克服挑战，加拿大渥太华大学医学部药学院Daniel Figeys团队李乐园等开发了一套名为iMetaLab Suite的免费一站式分析工具集，涵盖了宏蛋白组学中最常用的功能、分类和统计分析。

菌群宏蛋白质组学生物信息学数据库搜索统计分析

胆囊癌

胆汁的脂质组和宏蛋白质组或可用于预测胆囊癌

Hepatology近期发表的文章，对胆汁进行脂质组和宏蛋白质组分析，发现胆囊癌患者的胆汁中脂质种类显著减少，细菌种类显著增加。同时鉴定出一组核心的胆汁脂质组和宏蛋白质组特征，或可用于胆囊癌的早期诊断。

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宏蛋白质组学

宏蛋白质组学学会简介

Microbiome近期发表的评论文章，对今年新成立的宏蛋白质组学学会（Metaproteomics Initiative）进行了介绍，包括其成立背景、人员、使命愿景、科研和学术活动等。具体信息可参见学会网站：https://metaproteomics.org/ 。学会欢迎微生物组研究同道加入，可通过学会主页链接提交谷歌表单，或联系学会执行委员会亚洲联系人李乐园博士（lli8@uottawa.ca）。

宏蛋白质组学宏蛋白质组学学会（Metaproteomics Initiative）微生物组

宏蛋白质组学

Nature子刊：不同的宏蛋白质组学工作流程对研究结果有何影响？

蛋白质是执行生物学功能的关键操作单元，宏蛋白质组学是研究微生物组功能的有力工具，目前已有多种工作流程被报道和应用，但这些不同的方法对研究结果的影响尚不清楚。Nature Communications近期发表了由宏蛋白质组学学会（Metaproteomics Initiative）发起的CAMPI研究，对已有的宏蛋白质组学研究方法流程进行了大规模的跨实验室比较，揭示了方法学对研究结果的影响，并与宏基因组和宏转录组学进行了对比印证，表明宏蛋白质组学研究有较好的稳健性。这项工作提供了有价值的基准数据集，为宏蛋白质组学方法的标准化和未来发展奠定了基础。

宏蛋白质组学肠道菌群微生物组宏蛋白质组学学会（Metaproteomics Initiative）质谱

宏蛋白质组学

HAPiID：快速高效分析人肠道宏蛋白组数据

Microbiome近期发表文章，报道了一种用于宏蛋白组学分析的新方法，能对人肠道宏蛋白组数据进行快速、有效地鉴定，推荐专业人士参考。

宏蛋白质组学

Microbiome：严志祥等深挖IBD肠道菌群蛋白酶解特征

蛋白酶解调控能通过快速降解错误折叠蛋白和激活调节蛋白，使得肠道微生物快速响应肠道环境的动态变化。在常规的宏蛋白质组学数据分析中通常不会纳入半胰蛋白酶解肽，然而这些肽主要源于内源性的蛋白酶解作用，可以为研究肠道菌群的特征和变化提供一个独到的视角。中山大学附属第五医院严志祥、单鸿、李啸峰和澳门大学燕茹与研究团队，近期在Microbiome发表文章，报道了一种以半胰蛋白酶解肽为核心的宏蛋白质组挖掘方法，采用综合的宏数据库、两步多引擎数据库搜索和高分辨率质谱数据集，可以分析人肠道菌群的蛋白酶解特征。该研究以炎症性肠病（IBD）为例，首次从公共数据集中发掘肠道菌群的蛋白酶解特征，在微生物种类和蛋白质丰度之外提供了IBD菌群变化的另一个层面的信息。该方法可用于研究宿主-菌群互作的调控，推荐专业人士参考。

宏蛋白质组学肠道菌群肠道微生物蛋白酶解炎症性肠病

阴道菌群

微生物组学技术助力诠释女性生殖道微生物组成及功能

阴道菌群研究一直是近年来的研究热点。然而，关于其生物合成功能及对生殖道炎症的作用未被完全诠释。本研究利用蛋白组学检测+16S测序相结合的手段，诠释了其中的各项关联，为进一步开展相关研究提供了理论和技术支撑。

阴道菌群研究论文医学研究女性宏蛋白质组学

宏蛋白质组学

Nature子刊：完整灵活的宏蛋白组分析新流程

宏蛋白质组是对多生物系统（比如环境和临床样本）中的蛋白质组成的研究，在微生物组研究中有重要应用，能够对样本的实际功能组成以及复杂的菌-菌、菌与宿主或环境的功能互作进行分析。Nature Protocols近期发表来自德国罗伯特·科赫研究所Stephan Fuchs团队的文章，详细介绍了基于MetaProteomeAnalyzer和Prophane两个软件的宏蛋白质组数据分析流程，值得专业人士参考。

宏蛋白质组学分析方法

宏蛋白质组学

高通量的粪便宏蛋白质组学方法，助力大规模临床研究

mSystems上发表的一项研究，报道了一种高通量的粪便蛋白质组分析流程——SHT-Pro，具有可定量、可重复、高效率等优点，或能助力粪便蛋白质组学在大规模临床研究中的应用。

宏蛋白质组学 Diet fermented fiber high-throughput

药物-菌群互作

快速测定个体肠道菌群药物反应的新方法

很多口服药物都可以影响肠道菌群的组成和功能，《Microbiome》发表的一项研究介绍了一种称为RapidAIM的体外检测方法，可测定药物对人体肠道菌群的组成和功能的影响。

药物-菌群互作 gut microbiome Drug response In vitro culturing Metaproteomics

肠道菌群体外培养

Nature子刊：可用于高通量菌群靶向药物筛选的体外模型

肠道菌群的体外培养，对于微生物组的转化研究有重要意义。Nature Communications近期发表的一项研究，建立了一种高通量的肠道菌群体外培养模型MiPro，能较好的维持菌群的组成和功能稳定性。结合宏蛋白质组学检测技术，MiPro可作为高通量筛选平台，用于肠道菌群靶向药物的筛选与评价。

肠道菌群体外培养高通量筛选平台药物-菌群互作宏蛋白质组学 Jiang-Ning Hu

生物信息学工具

用于宏蛋白质组学研究的数据库检索工具

宏蛋白质组学研究中，利用串联质谱数据识别蛋白质是一项非常消耗计算资源和难以确保灵敏度的任务。与既有工具相比，ProteoStorm的性能得到了大幅提高，具有高灵敏度、高速的特性。

生物信息学工具宏蛋白质组学 Randy J Seeley Ruth E Gimeno

宏蛋白质组学

AC：人体菌群研究利器——深度宏蛋白质组学！

这是一项充分使用宏蛋白质组学研究粪便样本的研究，除了深入分析了菌群相关蛋白质和信号通路，也将粪便样本中人体相关蛋白进行了分析。很值得参考学习的文章，特别推荐！

宏蛋白质组学宿主-菌群互作 Ian D Pavord Ian D Pavord

宏蛋白质组学

JBS：利用宏蛋白组学分析人体肠道菌群（综述）

IF不高，但值得关注宏蛋白质组学的人必读。

宏蛋白质组学多组学 Laura J V Piddock Laura J V Piddock

菌群-宿主相互作用

GEBN：评估宿主-菌群之间的关系

一篇科普作品，值得读一读！

菌群-宿主相互作用宏蛋白质组学

宏基因组学

自然微生物学：微生物组学的未来在哪里？

多组学，花钱，但有效果哈。

宏基因组学元转录组学宏蛋白质组学代谢组学微生物组