分析方法

搜索
登录

分析方法

文章数：5篇

宏蛋白质组学

Nature子刊：完整灵活的宏蛋白组分析新流程

宏蛋白质组是对多生物系统（比如环境和临床样本）中的蛋白质组成的研究，在微生物组研究中有重要应用，能够对样本的实际功能组成以及复杂的菌-菌、菌与宿主或环境的功能互作进行分析。Nature Protocols近期发表来自德国罗伯特·科赫研究所Stephan Fuchs团队的文章，详细介绍了基于MetaProteomeAnalyzer和Prophane两个软件的宏蛋白质组数据分析流程，值得专业人士参考。

宏蛋白质组学分析方法

国内团队：代谢组与微生物组互相关性的分析方法-GRaMM

Analytical Chemistry近期发表了上海交大附属第六人民医院陈天璐、贾伟与团队的研究，首次提出了一种识别代谢组与微生物互相关性的方法，称为“代谢组和微生物组的广义相关分析”（GRaMM），主要通过整合现有分析方法，消除混杂，从而能够尽可能精确地捕捉代谢物与微生物的相关关系。文章还将其与斯皮尔曼相关系数、线性回归系数以及新兴最大信息系数三种方法进行了对比，表明了GRaMM的实际可应用性。

分析方法代谢组微生物组 Federico Mazur Rona Chandrawati

扩增子测序

“扩增子”VS“宏基因组”——到底谁可以描绘宿主和微生物共生体进化蓝图

高通量测序使微生物组的研究走上了快车道，与宿主相关的微生物往往更受研究者青睐。不仅仅作为人类的第二基因组，微生物其实与大量的动植物都有互作关系。这一宿主微生物共生体对于生态系统的稳定、发展和进化尤其重要。在微生物协同宿主进化研究中，基于扩增子和宏基因组都可以对微生物群落结构进行表征。为了比较它们表征微生物群落和功能的异同，同时为广大研究者提供方法上的优化和参考，基于两种不同方法，作者使用不同环境的宿主相关微生物进行了深入的讨论。并且在宿主和微生物互作方面提出了自己独特的见解。相信在今后可以为我们研究宿主微生物进化之路提供有力的技术参考和重要的认识。

扩增子测序宏基因组分析方法系统综述 Animal microbiome

中科院遗传发育所发表微生物组数据分析思想、步骤、软件和数据库的选择指南

高通量测序技术的发展衍生出一系列微生物组(microbiome)研究技术，如扩增子、宏基因组、宏转录组等，快速推动了微生物组领域的发展。微生物组数据分析涉及的基础知识、软件和数据库较多，对于同领域研究者开展学习和选择合适的分析方法具有一定困难。本文系统概述了微生物组数据分析的基本思想和基础知识,详细总结比较了扩增子和宏基因组分析中的常用软件和数据库，并对高通量数据下游分析中常用的几种方法，包括统计和可视化、网络分析、进化分析、机器学习和关联分析等，从可用性、软件选择以及应用等几个方面进行了概述。本文拟通过对当前微生物组主流分析方法的整理和总结，为同领域研究者更方便、灵活的开展数据分析，快速选择研究分析工具，高效挖掘数据背后的生物学意义提供参考，进一步推动微生物组研究在生物学领域的发展。全文可杂志官网免费获取，下载链接 http://www.chinagene.cn/CN/10.16288/j.yczz.19-222 。

系统综述微生物组宏基因组扩增子分析分析方法

Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

此文是微生物组时间序列分析的代表作品，截止19年8月引用700多次。同时本文中的所有作者，目前基本都成为了世界各地的知名教授也是一大亮点。此文的数据，在QIIME和QIIME 2时代，同时入选为教程中的示例数据，所以刚入行的小伙伴，有必要读一下此文了解时间序列分析的基本实验设计和分析思路。

分析方法时间序列 qiime QIIME2 Yi Duan