扩增子分析

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扩增子分析

文章数：4篇

宏基因组分析工具

Nature子刊：PICRUSt2实现任意16S序列的宏基因组功能预测

截止2020年6月5日，功能预测软件PICRUSt1已被引用近4千次。这个成绩是相当惊艳，而且仅2019年就引用过千，且持续增长。近期《Nature Biotechnology》发表了更新的PICRUSt2版本，值得专业人士关注。

宏基因组分析工具 PICRUSt 功能预测 QIIME2 扩增子分析

中科院遗传发育所发表微生物组数据分析思想、步骤、软件和数据库的选择指南

高通量测序技术的发展衍生出一系列微生物组(microbiome)研究技术，如扩增子、宏基因组、宏转录组等，快速推动了微生物组领域的发展。微生物组数据分析涉及的基础知识、软件和数据库较多，对于同领域研究者开展学习和选择合适的分析方法具有一定困难。本文系统概述了微生物组数据分析的基本思想和基础知识,详细总结比较了扩增子和宏基因组分析中的常用软件和数据库，并对高通量数据下游分析中常用的几种方法，包括统计和可视化、网络分析、进化分析、机器学习和关联分析等，从可用性、软件选择以及应用等几个方面进行了概述。本文拟通过对当前微生物组主流分析方法的整理和总结，为同领域研究者更方便、灵活的开展数据分析，快速选择研究分析工具，高效挖掘数据背后的生物学意义提供参考，进一步推动微生物组研究在生物学领域的发展。全文可杂志官网免费获取，下载链接 http://www.chinagene.cn/CN/10.16288/j.yczz.19-222 。

系统综述微生物组宏基因组扩增子分析分析方法

Nature子刊：全新的微生物组分析平台QIIME 2正式发布

引用1.7万多次的微生物组分析流程QIIME发布已9年，无法满足当今大数据和可重复分析的要求。2016年发起的全新项目QIIME 2，基于Python3编写，集合了10个国家79家单位的112位作者共同参与，于2019年7月24日在生物技术顶级期刊Nature Biotechnology正式发表。该项目发表不是项目结束，而是刚刚开始，将会以每季度的速度进行大版本更新优化和增加新功能，而且也希望更多的国际同行加入，打造微生物组领域最强大的分析平台和知识库。该项目在发表前已经非正式引用近千次，现在大家可以优雅的引用它了。本月底将发布2019.7版本，年底发布2019.10版本，配套中文文档和视频教程也将在宏基因组公众号陆续更新，详见延伸阅读。

微生物组 QIIME2 软件刘永鑫白洋

曝气生物滤池处理焦化废水过程中N2O和NO的产生机理与群落功能研究

污水处理过程中释放的氧化亚氮（N2O）和一氧化氮（NO）气体因具有严重的温室效应和大气污染作用而受到了广泛关注，但目前对含有高氨氮及难降解有机物的工业废水处理过程中温室气体排放的研究还较少。本研究针对焦化废水，一类典型的难降解工业废水，开展研究。探究了曝气生物滤池（BAF）工艺对焦化废水中有机物和氮素的去除效果，以及在处理过程中N2O和NO等气体的排放因子及产生机理。分别从BAF反应器的上中下三个部位采集微生物样品进行16S rRNA基因高通量测序分析其群落结构，基因功能预测（PICRUSt）等分析方法发现NO和N2O还原酶之间存在很大的失衡。本研究为深刻了解工业废水处理过程中温室气体的排放特征及制定可行的控制策略具有重要意义。

氮排放 Nitrous oxide nitric oxide Biological aerated filter Coking wastewater