Tao Zuo

尽管长期以来肠道微生物一直被认为是了解宿主健康的基石，但肠道病毒组研究的领域是最近出现的。然而，肠道病毒体在人类中的功能作用在很大程度上尚不清楚。中山大学附属第六医院的左涛近期在Nature Reviews Microbiology发表评论文章，探讨了肠道病毒组里程碑意义的一些发现，这些具有里程碑意义的研究在机制上建立了肠道噬菌体和生物体水平上的哺乳动物免疫之间的直接功能关联。它为未来探索肠道噬菌体在真核哺乳动物宿主中的作用，特别是在疾病环境中奠定了研究的基础，并将为如何使用量身定制的噬菌体治疗慢性疾病提供理论基础。

肠道噬菌体宿主免疫尾病毒目噬菌体溃疡性结肠炎肠道病毒组

免疫

左涛+兰平：新冠感染前的肠道菌群特征，与感染后的症状有关

人类肠道菌群群在不同个体和人群中存在巨大差异，并对免疫产生不同程度的影响。中山大学左涛、兰平与团队近期在Journal of Medical Virology发表一项探索性研究，提示肠道菌群在稳态时的巨大异质性可能会对个体的基础免疫产生不同影响，进而在遇到病毒感染（如新冠）时介导不同的免疫反应和症状。

免疫肠道菌群新冠

造血干细胞移植

左涛等Cell子刊：药物使用后肠道菌群在造血干细胞移植疗效中的作用（评论）

异基因造血干细胞移是血液系统恶性肿瘤的主要治疗方法，治疗后往往联用各种抗生素和非抗生素药物，以改善治疗并发症、对抗移植物抗宿主表现和继发性病原体感染等。然而，异基因造血干细胞移植后长时间使用药物可能会极大地重塑肠道微生物群，并导致各种临床反应。近期，中山大学左涛组受Cell Host & Microbe邀稿撰写述评，讨论肠道微生态在药物使用和造血干细胞移植后临床结局的中间作用。

造血干细胞移植药物使用辅助疗法肠道微生态血液恶性肿瘤

肠道微生物工程化

左涛+李国新等Nature Reviews：肠道微生物组的工程化策略（综述）

中山大学左涛和南方医科大学李国新与团队发表在Nature Reviews Bioengineering上的综述文章。肠道微生物组对于机体健康和疾病的重要作用越来越凸显。肠道菌群，包括细菌、真菌和病毒等，的改变可以用于诊断、治疗微生物组紊乱，进而干预相关癌症、代谢性疾病、自身免疫或感染等。但是传统的单一菌群改变往往是不够的，通过对一个微生物群的工程化可能更有效。本文综述了针对特定疾病的肠道微生物组工程化策略，并讨论了其转化潜力，值得相关人士阅读参考。

肠道微生物工程化综述

肠道真菌组

左涛等Lancet子刊：详解临床应用中的肠道真菌组（综述+一图读懂）

肠道真菌群是人类肠道微生物群的一个小但关键的组成部分，对人类健康至关重要。然而，现有的真菌组并没广泛应用于临床实践，且基于菌群的治疗中，肠道真菌仍然被广泛忽视。近日，中山大学左涛及团队在The Lancet Microbe发表最新研究，评估了肠道细菌组和肠道真菌组在健康、疾病和临床应用方面的作用。详细论述了真菌组失调对各种疾病的影响，以及真菌组、细菌组和宿主免疫间的互作机制。粪菌移植、抗真菌剂、饮食干预及益生菌在调节真菌群落和临床疗效方面效果显著。目前肠道真菌与疾病的发病机制和治疗仍存在许多未知因素，作者提倡需要进行广泛的研究，将肠道真菌群落的研究从实验室转向临床。我们特别将文中的图片编译为一图读懂，希望能助你长知识。

肠道真菌组综述基础研究免疫活性微生物群互作

代谢产物

港中大黄秀娟团队：肠道菌群功能改变与新冠肺炎严重程度相关

新型冠状病毒感染导致的严重急性呼吸综合征（COVID-19）不仅仅影响患者的呼吸道，同时会感染和影响包括肠道在内的其他器官。近期已有研究发现，新冠肺炎患者与正常对照相比，肠道菌群发生了显著改变，主要表现为产丁酸盐的有益菌减少，机会致病菌增加。肠道菌群可以通过调控宿主免疫机能以拮抗病毒感染，例如肠道菌群代谢产物络氨酸可以通过调控细胞因子分泌增强肺细胞抗流感病毒的能力。但是，肠道菌群的代谢产物能否具有类似拮抗新冠病毒的能力尚未有研究。因此，深入探索肠道菌群及其代谢物在新冠肺炎发病机制和严重程度中的作用，有助于人们理解肠道微生物群与宿主防御新冠病毒的关系。近期香港中文大学黄秀娟团队在Gastroenterology上发表了他们关于新冠肺炎肠道菌群变化的最新的工作，通过宏基因组分析发现，新冠肺炎患者肠道菌群显著改变，导致产短链脂肪酸（SCFA）和L-异亮氨酸合成能力受损。该研究详细描述了肠道菌群功能改变以及菌群纵向动力学与疾病严重程度和免疫反应的关系，为新冠肺炎与肠道菌群变化的关系提供了重要的证据。

代谢产物短链脂肪酸（SCFA）异亮氨酸疾病严重程度新冠肺炎

新冠肺炎

中山六院左涛等：新冠肺炎患者的肠道菌群变化（综述）

中山大学附属第六医院的左涛、吴小剑、文卫平、兰平在Genomics, Proteomics and Bioinformatics上发表的一篇综述文章，详细介绍了新冠肺炎患者的肠道菌群多样性、组成（包括细菌、真菌、病毒）及功能的变化，并讨论了肠道菌群与ACE2表达、新冠病毒感染及宿主免疫的关联，以及肠道菌群通过肠-肺轴影响肺部免疫系统的潜在机制。

新冠肺炎综述

自闭症谱系障碍

国内团队：自闭症儿童的肠道菌群变化

来自香港中文大学的黄秀娟团队与香港理工大学的Ruth Chan团队在Gut上发表的一项最新研究，对比了自闭症谱系障碍（ASD）患儿与发育正常儿童的肠道菌群差异。

自闭症谱系障碍生物标志物研究论文队列研究

肠道病毒组

国内团队：肥胖及2型糖尿病患者的肠道病毒组变化

香港中文大学的黄秀娟团队与昆明医科大学附属第一医院的缪应雷团队在Gastroenterology上发表的一项最新研究，对比分析了肥胖者与非肥胖者的肠道病毒多样性及组成差异，并发现2型糖尿病+肥胖显著减弱了细菌-病毒互作。

肠道病毒组研究论文基础研究肥胖 2型糖尿病

SARS-CoV-2

港中大黄秀娟：肠道病毒组或影响新冠严重程度

RNA病毒SARS-CoV-2主要影响呼吸道和胃肠道。从粪便中可分离到SARS-CoV-2，且在人肠道细胞中可进行病毒复制。同时，人类肠道中还含有大量的常驻病毒（统称为病毒组），它们在调节宿主免疫和疾病病理生理学方面发挥作用。Microbiome近期发表来自香港中文大学黄秀娟团队的文章，发现COVID-19患者的肠道RNA和DNA病毒组与非COVID-19患者不同，且在COVID-19疾病消退后持续存在。肠道病毒通过调节免疫影响COVID-19严重程度。肠道病毒与COVID-19严重程度和宿主年龄呈负相关，这可能部分解释了年龄较大的受试者容易出现更严重的COVID-19感染。研究强调了人类肠道病毒组在COVID-19严重性和潜在治疗中的重要性。

SARS-CoV-2 肠道病毒组年龄免疫

粪菌移植

陈家亮、黄秀娟等：粪菌移植+生活方式干预，对肥胖+糖尿病患者效果如何？

香港中文大学团队近期在Gut上发表一项随机双盲对照试验研究，肥胖+2型糖尿病患者进行为期粪菌移植和生活方式的单独干预或联合干预，发现重复粪菌移植可显著促进供体菌群的定殖，而粪菌移植+生活方式干预可减少总胆固醇及LDL胆固醇，并降低肝脏硬度。

粪菌移植肥胖 2型糖尿病研究论文医学研究

COVID-19

香港中文大学：新冠肺炎患者的肠道菌群组成可能影响疾病严重程度

香港中文大学的黄秀娟团队及陈基湘团队在Gut上发表的一项队列研究结果，对比了100名COVID-19患者及78名对照的肠道菌群组成，并对27名患者的肠道菌群进行纵向分析（持续至病毒检测阴性后30天），发现患者的肠道菌群组成与对照有显著差别，且这种差别在病毒清除后仍持续存在。另外，肠道菌群组成与患者的炎症因子、趋化因子及组织损伤标志物的水平密切相关，提示肠道菌群可能影响患者的疾病严重程度。

COVID-19 研究论文基础研究菌群-免疫互作队列研究

粪菌移植

港中大：FMT治疗移植物抗宿主病，肠道细菌、真菌、病毒如何变化？

香港中文大学的黄秀娟团队及陈基湘团队在Nature Communications上发表的一项最新研究，对一名接受同种异体造血干细胞移植（allo-HSCT）后发展出移植物抗宿主病（GvHD）的14岁患儿进行粪菌移植治疗，并对粪菌移植后4个月内的肠道细菌、真菌及病毒的多样性、组成及功能的动态变化进行了深入分析。

粪菌移植移植物抗宿主病研究论文纵向研究肠道真菌组

肠道真菌组

国内团队：中国六族人群的肠道真菌组

昆明医科大学第一附属医院缪应雷、王昆华和香港中文大学黄秀娟与团队，近期在Gastroenterology发表了一项关于中国人肠道真菌组的重要研究。该研究纳入了香港和云南不同地区的6个民族的900多名健康人，系统性地分析了宿主、环境、饮食等多种因素（共118个变量）与肠道真菌组的关联，揭示了地理、城市化、民族和饮食习惯等在塑造肠道真菌组中的重要影响。

肠道真菌组 Mycobiome geography Ethnicity urbanization

肠道DNA病毒组

Cell子刊：国内团队绘制人类肠道DNA病毒组图谱

香港中文大学的Siew C. Ng和昆明医科大学的Yinglei Miao合作在Cell Host and Microbe发表文章，绘制了中国人群的肠道DNA病毒组图谱，揭示了基于群体的变异以及宿主和环境因素在人类肠道DNA病毒组形成过程中的重要性。

肠道DNA病毒组 Virome metadata Diet metacommunity

新冠感染

港中大团队：与新冠病毒肠道感染相关的肠道菌群特征

部分COVID-19（新冠）患者存在胃肠道症状，但人们对于新冠病毒在胃肠道中的活性和感染性仍所知甚少。此前的体外细胞感染模型研究显示，新冠病毒在细胞内的活跃复制和感染特征，表现为转录组分析中其基因组序列的3‘端覆盖度高于5'端。香港中文大学黄秀娟（Siew C Ng）团队在Gut杂志发表的最新研究中，通过提取新冠患者粪便病毒RNA并进行鸟枪法宏基因组测序，分析了患者粪便中的上述新冠病毒活性特征，表明存在无症状的新冠病毒肠道感染，且这种活跃的感染可持续至呼吸道病毒转阴后。他们进一步分析了肠道菌群的组成和功能，鉴定出与新冠病毒肠道感染相关的菌群特征：条件致病菌富集、有益菌群丧失以及特定代谢功能的变化。

新冠感染新冠病毒胃肠道感染肠道菌群

新冠肺炎

香港中文大学：新冠肺炎患者的肠道真菌变化

新冠病毒可感染肠道细胞，可能影响肠道菌群。香港中文大学黄秀娟团队继上个月发表了COVID-19患者的肠道菌群特征后（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075254450），又在《Gastroenterology》上发表了一项最新研究，揭示了COVID-19患者在住院期间的粪便真菌变化，他们发现相比于健康对照，致病真菌——念珠菌属及曲霉属在患者中显著富集，且肠道真菌的失调可持续到患者鼻咽样本中的新冠病毒被清除后12天之久。

新冠肺炎 coronovirus microbe yeast Intestine

新冠肺炎

香港中文大学团队：新冠患者的肠道菌群特征

新冠病毒能感染胃肠道，但与肠道菌群的关联并不清楚。香港中文大学Siew C .Ng和Paul K.S. Chan与团队在《Gastroenterology》发表的一项新研究，揭示了COVID-19患者住院期间的肠道菌群特征，及其与疾病程度和粪便病毒载量的关联。这些发现提示，靶向调节肠道菌群或许是改善COVID-19的新思路。

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IBD

香港中文大学：IBD中的肠道真菌（综述）

越来越多的研究开始关注肠道真菌在IBD中的作用。Alimentary Pharmacology and Therapeutics上发表来自香港中文大学黄秀娟（Siew C Ng）团队的综述文章，详细介绍了IBD患者的肠道真菌变化、肠道真菌变化与IBD疾病进展的关联、抗真菌疗法在IBD治疗中的动物实验及临床试验、影响肠道真菌的饮食因素、IBD患者中的肠道真菌-细菌互作等。

IBD IBD 肠道真菌 Nalle Pentinmikko Rodrigo Lozano

粪菌移植

Gut：粪菌移植研究和实践的关键要素

粪菌移植（FMT）能用于治疗复发性艰难梭菌感染，且在其它疾病，如IBD、IBS、自闭症中的治疗中也有所涉及。但是， FMT中的供体选择尚缺乏统一标准，并且FMT中具有潜在治疗作用的微生物和生物活性物质也存在未知。在香港举行的会议上，包括香港中文大学黄秀娟、广州市第一人民医院周永健、南京医科大学第二附属医院张发明在内的亚太地区16名专家，通过文献评估和圆桌讨论的形式，就FMT相关问题发表观点并讨论了FMT的前景：(1) 供体和受体菌群组成在FMT治疗中作用，(2) FMT中关键物种和微生物预测因子的概念，(3) 评估菌群变化的方法，(4) 受体概况和抗生素预处理对FMT移植和菌群维持的可能影响，(5) FMT制剂和给药的新进展。推荐阅读!

粪菌移植 Kebria Hezaveh Rahul S Shinde Tracy L McGaha

病毒组

香港中文大学Siew C Ng：揭秘溃疡性结肠炎相关的肠粘膜病毒组变化

香港中文大学Siew C Ng团队近期在《Gut》发表研究，发现中国的溃疡性结肠炎患者中，肠粘膜病毒组的结构和功能有显著变化，提示肠道噬菌体在溃疡性结肠炎发病中可能具有重要作用。

病毒组溃疡性结肠炎人体研究病毒组高通量测序

肠道真菌失调

港中大黄秀娟：肠道真菌可影响粪菌移植对CDI患者的疗效

Nature Communications刚刚上线来自香港中文大学黄秀娟团队主导的重要研究，发现肠道中的真菌组成可影响粪菌移植（FMT）治疗艰难梭菌感染（CDI）的效果，治疗后的复发情况与持续性真菌失调、供体真菌定殖不佳、患者和供体粪便中的白色念珠菌含量有关，并在小鼠模型中证实抗真菌治疗可改善白色念珠菌对FMT效果的不良影响。这些发现为筛选治疗CDI的FMT供体和提升疗效提供了新视角。

肠道真菌失调粪菌移植艰难梭菌感染念珠菌属白色念珠菌

炎症性肠病

Nature Reviews：一文读懂城市化如何影响菌群和炎性肠病

发展中国家的快速城市化伴随着炎症性肠病（IBD）发病率上升。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表了香港中文大学团队主笔的观点性综述，对比了肠道菌群的城乡差异，详细探讨了城市化进程中多种因素对城市居民肠道菌群的影响，及其与IBD风险和病理的关联。干货极多，推荐专业人士关注。

炎症性肠病城市化肠道菌群饮食抗生素

噬菌体

Gut：噬菌体影响粪菌移植治疗艰难梭菌感染的效果

关于FMT中噬菌体作用的研究，很值得一读。

噬菌体粪菌移植艰难梭菌感染

大肠癌

Engineering：大肠癌相关细菌有哪四大类？（综述）

这是香港中文大学的于君教授操刀的综述，介绍与大肠癌相关的四大类肠道细菌，很值得一读。

大肠癌肠腔共生细菌细菌移位生物标志物 microbiota