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文章数：12篇

Nature：Jeff Dangl团队揭示微生物组中的单一细菌属维持根的正常生长的机制

复杂的土壤环境中主要包括植物根系组织、非生物环境因素和丰富的微生物群落三方，其中微生物群落根据与植物的关系又分为有益菌和有害菌，这些菌落会随着根际环境的变化调整与宿主的关系，甚至与其它菌落的相互作用，进而影响植物的健康。微生物群落发挥作用可以是直接的分子互作，也可以通过次级代谢产物或信号分子进行调控，例如生长素。由于复杂的土壤环境，多数微生物种群的功能研究起来比较困难，很多隐藏的分子机制也未可知。2020年9月30日，美国北卡罗来纳大学教堂山分校植物免疫学专家Jeffery L. Dangl教授团队在Nature上发表了题为A single bacterial genus maintains root growth in a complex microbiome的研究论文。该研究经过大规模筛选和功能验证，确定了根际环境贪噬菌属（Variovorax）在植物-微生物-微生物互作网络中的核心地位，并且发现了其调控生长素浓度维持植物根系健康的分子机制，鉴定到广泛分布于其基因组的关键功能位点，加深了我们对根际复杂互作网络的认识，研究结果为开发抗逆、高产作物提供了一种潜在的新策略。

根际贪噬菌属（Variovorax）生长素浓度植物根系健康关键功能位点

矿大团队综述：菌群与疾病的计算模型开发

人体中的微生物已被证明在各种生理过程中起着重要作用，例如增强免疫力，改善胃肠道的消化和增强代谢功能。越来越多的研究结果表明，人类非传染性疾病的出现与微生物之间有着密切的联系，这为我们进一步了解疾病的发病机理提供了新的见解。然而，应用生物学实验方法揭示微生物-疾病关联是昂贵且低效的。近年来，越来越多的研究人员构建了多种计算模型，以预测可能与疾病相关的微生物。本文首先简要介绍微生物和数据库以及与它们相关的在线服务器。然后，主要介绍四种计算模型，包括基于得分函数的模型，基于网络算法的模型，基于机器学习的模型和基于试验分析的模型。最后，作者总结了它们的优缺点，并为基于计算模型揭示微生物-疾病关联的未来工作指明了方向。

疾病微生物关联预测计算模型网络算法

香港中文大学：新冠肺炎患者的肠道真菌变化

新冠病毒可感染肠道细胞，可能影响肠道菌群。香港中文大学黄秀娟团队继上个月发表了COVID-19患者的肠道菌群特征后（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1075254450），又在《Gastroenterology》上发表了一项最新研究，揭示了COVID-19患者在住院期间的粪便真菌变化，他们发现相比于健康对照，致病真菌——念珠菌属及曲霉属在患者中显著富集，且肠道真菌的失调可持续到患者鼻咽样本中的新冠病毒被清除后12天之久。

新冠肺炎 coronovirus microbe yeast Intestine

于君等：大肠癌中的肠道古菌组失调

结直肠癌（CRC）与肠道菌群失调关系密切，此前研究主要聚焦肠道细菌，对真菌和病毒的变化也有报道，但肠道古菌与CRC的关系仍不清楚。《Gastroenterology》最新发表了来自香港中文大学于君与团队的研究，用宏基因组测序分析鉴定了我国健康人、CRC癌前病变（腺瘤）和CRC患者的肠道古菌组成特征，表明粪便古菌组或能作为CRC肿瘤发展的标志物，并报道了CRC中的古菌与细菌间的生态网络互作的变化，提示CRC中的肠道古菌失调可能与细菌失调共同促进了肿瘤发生。这些发现为描绘CRC肠道微生态的失调特征又填补了一块缺失的拼图，也为CRC的检测诊断和预防治疗提供了新思路。

结直肠癌肠道古菌组 stool sample microbe single-celled prokaryote

克罗恩病缓解后仍有菌群问题，且与持续性腹泻相关

《Clinical Gastroenterology and Hepatology》上发表的一项队列研究结果，对治疗成功后的IBD患者的肠道菌群进行分析后发现，接受治疗的克罗恩病患者即使在粘膜愈合后，肠道菌群多样性仍显著低于健康人，且较低的菌群多样性与治疗后患者的持续性腹泻相关。

克罗恩病 outcome response to therapy microbe Prognostic Factor

幽门螺杆菌感染后的胃癌发病率和危险因素

在美国，几乎所有关于胃腺癌的研究都依赖于国家癌症数据库，其中不包括幽门螺杆菌感染的数据，而幽门螺杆菌是胃癌最常见的危险因素。最新发表在Gastroenterology杂志的一项回顾性队列研究，收集了大量美国患者的数据，用以计算幽门螺杆菌感染后非近端胃腺癌的发生率和危险因素。其次要目标在于确定治疗和根除幽门螺杆菌感染如何影响癌症风险。该研究发现吸烟者患胃癌的风险明显更高。只有根除掉幽门螺杆菌感染，才能降低其患胃癌的风险。

胃癌 stomach cancer antibacterial therapy microbe screening

Cell：挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白

受计算机和试验方法所限，小蛋白常因难以检测而研究中被忽视。Cell本期发表的一项重磅研究，通过计算机方法，对人体宏基因组中潜在的小蛋白进行了大规模分析和鉴定，揭示出菌群含有的大量未知小蛋白及其多样化的功能，对于进一步挖掘菌群功能有重要意义。

小蛋白 Microbiome small proteins bacteria Genome

粪菌移植治疗肥胖效果如何？

动物研究显示，肠道菌群可影响肥胖发生，用粪菌移植（FMT）治疗肥胖是菌群转化应用领域的热点问题。《Clinical Gastroenterology and Hepatology》近期发表的一项初步临床试验，首次报道了在无代谢障碍的肥胖患者中进行FMT的短期效果和安全性。尽管FMT有效而持续的改变了受试者的肠道菌群组成和胆汁酸代谢，使之变得更像瘦供体，但短期内的BMI没有显著变化。FMT能否治疗肥胖？目前看来，仍需更多扎实的临床和机制性研究。

粪菌移植 overweight Treatment bacteria microbe

自身免疫病

COR：自身免疫性疾病中的微生物组与感染组（综述）

这是一篇系统性介绍微生物与自身免疫性疾病的综述，非常值得精读，其中提出的感染组的概念，或有利于更好理解感染与自身免疫性疾病发生之间的机制。

自身免疫病感染组 autoantibody infection microbe

coral-associated bacteria

TM：珊瑚微生物组有什么特点？（综述）

珊瑚是最复杂的微生物生态圈之一，拥有上千种细菌种系型，但之前人们对此知之甚少，现在对珊瑚菌群的研究越来越多，这篇综述对此作了阶段性总结，值得一读。

coral-associated bacteria corals core microbiome microbe persistence

Gastroenterology：具核梭杆菌促进大肠癌的信号通路

这是复旦、同济大学团队合作的重要工作，强烈推荐给大家。

carcinogenesis gene regulation microbe signal transduction Jordana E Hoppe

Fecal transplant

Gastroenterology：无菌的粪便滤液，就能应对艰难梭菌感染

粪菌移植，这是我们群里的火热话题之一，之前大家普遍关注其中的细菌等微生物对重建患者肠道菌群的作用。这个重要的研究发现，无菌的粪便滤液，同样有效！而且效果不仅是清除了艰难梭菌感染的症状，而且也是改变了患者的肠道细菌和病毒的组成。关于粪菌移植，研究越多，我们发现我们对它的了解还太少！强烈推荐阅读。

Fecal transplant feces Intestinal microbiome microbe Jeremy M Chacón