微生物

色氨酸分解代谢的改变已在类风湿性关节炎（RA）和脊椎关节炎等炎症性疾病中被发现，但色氨酸代谢物与疾病之间的因果机制尚不清楚。近日，科罗拉多大学安舒茨医学院研究人员在Journal of Clinical Investigation发表最新研究，使用胶原诱导关节炎（CIA）模型，发现色氨酸代谢的改变，特别是吲哚与疾病相关，提示炎症性关节炎期间肠道生态失调导致色氨酸分解代谢改变的机制，从而导致吲哚刺激关节炎的发展，值得关注。

色氨酸代谢关节炎研究论文基础研究微生物

蜜蜂-被子植物

蜜蜂-被子植物-微生物共生系统（综述）

共生关系是生态系统中不同物种生存和可持续进化的基础。自然界中蜜蜂和被子植物共生是一种稳定的共生关系，但这种稳定的共生关系中，除蜜蜂和被子植物外，微生物在其共生关系中发挥着非常重要的作用，因此此共生关系更多的应理解为蜜蜂-被子植物-微生物三方的共生关系，而微生物在这种共生关系中发挥中非常重要的作用。近期一篇发表在Trends in Ecology and Ecolution的综述对微生物在蜜蜂-被子植物共生和进化中的作用进行了总结和归纳，进一步明确了微生物在各种共生关系中的重要作用。

蜜蜂-被子植物共生关系微生物互惠作用综述

儿童哮喘

儿童哮喘与呼吸道微生物知多少（综述）

本综述系统介绍了微生物与儿童哮喘发生之间的关联，以及年龄和微生物生态位在其中的作用，对进一步开展相关研究具有重要的借鉴意义。

儿童哮喘综述微生物呼吸道菌群失调菌群

进化依赖

有些宿主为何对微生物群进化成瘾？（观点）

进化成瘾有时也被称为进化依赖，它可能发生在任何宿主系统中，从人类肠道到植物根系，再到寄生其他微生物的微生物。近日，加州大学欧文分校研究人员在Trends in Microbiology发表最新观点，在某些情况下，微生物实际上可能并没有帮助它们的宿主；相反，没有微生物的宿主可能会因为对微生物上瘾而出现功能障碍。在这种情况下，宿主依赖微生物来发挥功能，但微生物实际上并没有提供任何益处作为回报。

进化依赖微生物观点基础研究共生

阴道微环境

宫颈阴道微环境多组学表征

本研究通过对宫颈阴道样本的多组学检测，揭示了其炎症状态、免疫细胞、微生物组及代谢组之间的错综复杂的关联。未来需要进一步探索这些细胞之间、细菌代谢、粘膜免疫的相互作用及其与生殖健康的关系。

阴道微环境研究论文女性细胞炎症因子微生物

感染

孟德尔随机化研究助力解析感染、微生物和疾病间的因果关系

病毒感染是指病毒侵入机体，在靶器官细胞中增殖，与机体发生相互作用的过程。有时虽发生病毒感染，却不形成明显的损伤或疾病。近日，比利时列日大学研究人员在Gut发表最新研究，通过孟德尔随机化法评估了9种常见感染、140种微生物和38种临床疾病间的因果关系，揭示了一些重要的新因果关系，包括抗水痘带状疱疹病毒感染对2型糖尿病的保护作用，值得关注。

感染孟德尔随机化研究论文基础研究微生物

肠道菌群

国内团队：居住环境影响肠道菌群健康

儿童的肠道菌群结构影响其长期健康，而影响肠道菌群结构的因素也非常多。本研究系统梳理了潜在的影响因素，并开展丰富的分析。有趣的是，环境中的多种代谢产物，包括L-色氨酸、吲哚、3-甲基吲哚、吲哚-3-乙酸酯、5-羟基-L-色氨酸和吲哚乳酸等，均起到促进肠道菌群健康的作用。而这些代谢产物的来源可能是环境中的微生物。本研究从肠道菌群健康的角度出发，提示了家庭中饲养宠物、环境中微生物对健康的有益作用。

肠道菌群研究论文微生物室内环境代谢物

微生物

Nature子刊：微生物食品革命（综述）

随着人口的快速增长，依赖于土地、季节和温度等多种条件的传统农业在为全人类提供安全的食品方面已经明显表现为心有余而力不足，因此人类急需要开发新型的食品生产方式。微生物由于其具有低碳水化合物且不依赖土地、季节等自然因素，可以成为一种不错的选择，而且近年来以微生物工程为主的合成生物学的不断发展，使得利用微生物制造食物成为一种具有未来前景的选择。近期一篇发表在Nature子刊，Nature Communications上综述，详细回顾了微生物在食品生产中的应用，探讨了微生物作为食品主要来源的潜力，从生物量、功能性和营养性成分角度讨论了微生物制造食物的优势，并从技术、经济和社会角度讨论了微生物作为食物来源限制因素。

微生物食品生产应用新型涌现技术精准发酵存在问题

肿瘤内微生物

Cell 子刊：肿瘤内的微生物是友还是敌？（综述）

最近的研究表明肿瘤组织内不是无菌的，且每种肿瘤内都有自己独特的细菌特征，但这些细菌如何影响肿瘤呢？近期发表在Trends in Cancer上的一篇综述就回顾了该领域的研究进展并进行讨论，之前的研究发现细菌可以诱导DNA损伤，促进上皮-间质转化，使药物失活，并使免疫系统向致癌变方向极化等。然而最近的研究发现肿瘤内微生物群也有一些积极作用，如细菌抗原特异性反应的激活不仅可以扩大对肿瘤抗原的免疫反应，而且还可以扩大抗肿瘤反应的极化，就像肠道菌群一样，共生菌群和致病菌群之间的比例可能会影响结果。因此阐明特定肿瘤内各微生物的功能，可以靶向肿瘤内微生物群，从而发展成肿瘤治疗的新靶点。

肿瘤内微生物微生物代谢物菌群与癌症治疗双刃剑

胞外囊泡（EVs）

国内团队：自然环境中微生物的功能基因如何实现交换？

微生物群内多种功能基因的交换对微生物群落的稳定和功能是有利的。然而，环境中可移动基因库的状况在很大程度上仍不清楚，因而阻碍了我们对自然微生物群落中基因转移过程的理解。大量研究表明不同生物体释放的EV (细胞外囊泡) 是微生物与栖息地之间互作的重要途径。最近发表在Journal of Extracellular Vesicles上的文章研究了三种典型微生物栖息地中EV的流行情况、来源和DNA载体，在人类粪便、废水和土壤中发现了大量的EV。宏基因组分析显示，与源微生物组相比，EV相关DNA的分类学具有多样性和差异性，并确定了一系列生产EV的高效物种。该研究为解释EV作为自然环境中移动功能基因的储存库提供了新的见解。

胞外囊泡（EVs）糖苷水解酶 GH25 微生物相互作用微生物

抗原特异性T细胞

Nature子刊：抗原特异性T细胞如何介导宿主和微生物互作并调控IBD？

机体与共生微生物的互作改变和塑造宿主的免疫力，肠道中组织驻留的抗原特异性T细胞可对局部损伤作出反应，这使得它们在宿主和微生物之间有重要介导作用。近期在Nature Communications上发表的一项研究发现在人类和小鼠结肠中有一类丰富且保守的、MHC-II限制性的，能响应微生物的T细胞可获得与先天样T细胞相关的转录和功能特征，该细胞群的丰度在肠炎小鼠模型中上调，并能够充当微生物和局部细胞因子环境的哨兵，对局部损伤做出反应。充分理解这类型细胞的功能或可为IBD以及与微生物失调相关的炎症疾病提供新靶点。

抗原特异性T细胞肠道先天性免疫微生物结肠炎 MHC-II

暴露组

iMeta：蒋超团队综述环境暴露组全景景观图

暴露组学是一门研究生命体一生中接触的所有暴露物及其与疾病健康关系的新兴领域，虽然环境暴露组研究仍处于早期积累阶段，人们已经开始认识到暴露组的广泛性和动态变化性。浙江大学蒋超团队近期在iMeta发表文章，系统地总结了空气、土壤和水三大环境中的生物和化学暴露物，重点强调了环境暴露物与疾病的紧密联系，并进一步讨论了生物、化学和物理暴露组之间的相互作用，提出了环境暴露组研究所面临的一系列挑战，展现了一幅详细的环境暴露组全景景观图。

暴露组环境化学品微生物

母乳

关注母乳中微生物代谢物（综述）

母乳成分被认为是影响婴幼儿健康的关键因素，一直备受关注。近来的研究证据表明，母乳中含有微生物的代谢产物，这其中一方面可能与肠道代谢物的转运有关，另一方面可能与乳房局部菌群有关。但无论如何，母乳中的微生物及其代谢物或成为新生儿健康研究的下一个风口。

母乳微生物微生物代谢物婴儿

β-多样性

南土所梁玉婷团队揭示大陆尺度下稻田土壤微生物β多样性的纬度分布特征

作者通过研究大陆尺度下稻田土壤微生物β多样性的纬度分布格局，发现微生物分类和功能类群的β多样性均随纬度的增加而显著降低，且温度在介导微生物β多样性方面比土壤异质性更重要。本研究的结果对预测未来气候变化情景下生物多样性的生态后果具有重要意义。由于微生物β多样性与环境温度呈正相关，因此当栖息地减少时，气候变暖可能会增加群落的变异性并加剧生物多样性的脆弱性。

β-多样性纬度分布模式微生物水稻土温度

肠道上皮内淋巴细胞

肠上皮细胞调控CD4 +CD8αα+ IEL分化

小肠中，CD4+ T细胞可分化成CD4+CD8αα+上皮内淋巴细胞（IELs），但其中小肠上皮细胞（IEC）的作用未知。Journal of Experimental Medicine近期发表的文章，发现小肠远端部位，IFN-γ信号和微生物诱导IEC表达MHC II和PD-L1，PD-1信号促进CD4+CD8αα+ IEL分化。即非典型的抗原递呈与IECs的共信号（PD-1）构成生态位的适应信号，促进组织驻留型CD4+CD8αα+ IEL的分化。

肠道上皮内淋巴细胞 PD-L1 MHC-II 免疫细胞分化微生物

癌症微生物组

Cell子刊：精确绘制癌症微生物图谱

Cell Host and Microbe近期发表的文章，发现TCGA数据库的测序数据中明显含有污染微生物数据，且与特定的测序中心具有相关性，去除污染物数据后构建癌症微生物图谱TCMA。TCMA可用于鉴定预后相关细菌种类，并为研究宿主-微生物互作进行多组学、泛癌分析提供资源。

癌症微生物组 TCGA 污染物微生物

疾病

矿大团队综述：菌群与疾病的计算模型开发

人体中的微生物已被证明在各种生理过程中起着重要作用，例如增强免疫力，改善胃肠道的消化和增强代谢功能。越来越多的研究结果表明，人类非传染性疾病的出现与微生物之间有着密切的联系，这为我们进一步了解疾病的发病机理提供了新的见解。然而，应用生物学实验方法揭示微生物-疾病关联是昂贵且低效的。近年来，越来越多的研究人员构建了多种计算模型，以预测可能与疾病相关的微生物。本文首先简要介绍微生物和数据库以及与它们相关的在线服务器。然后，主要介绍四种计算模型，包括基于得分函数的模型，基于网络算法的模型，基于机器学习的模型和基于试验分析的模型。最后，作者总结了它们的优缺点，并为基于计算模型揭示微生物-疾病关联的未来工作指明了方向。

疾病微生物关联预测计算模型网络算法

维生素B12

牛瘤胃菌群组成与维生素B12浓度相关

维生素B12在奶牛的瘤胃中由微生物合成，人类通过食用乳制品来获取维生素B12。然而，牛奶中维生素B12的浓度变化很大，研究者对其中的原因尚不清楚。mSystems最近的研究，检测了荷斯坦奶牛瘤胃、粪便和牛奶的微生物组成，并试图了解每个部位的微生物群落是如何影响维生素B12在奶牛体内的产生和运输的。结果表明，牛瘤胃微生物组的组成与维生素B12的浓度有很强的相关性，说明瘤胃微生物群可能是提高维生素B12产量的潜在调控靶点。

维生素B12 奶牛瘤胃微生物组微生物牛奶

胃癌

幽门螺杆菌感染后的胃癌发病率和危险因素

在美国，几乎所有关于胃腺癌的研究都依赖于国家癌症数据库，其中不包括幽门螺杆菌感染的数据，而幽门螺杆菌是胃癌最常见的危险因素。最新发表在Gastroenterology杂志的一项回顾性队列研究，收集了大量美国患者的数据，用以计算幽门螺杆菌感染后非近端胃腺癌的发生率和危险因素。其次要目标在于确定治疗和根除幽门螺杆菌感染如何影响癌症风险。该研究发现吸烟者患胃癌的风险明显更高。只有根除掉幽门螺杆菌感染，才能降低其患胃癌的风险。

胃癌 stomach cancer antibacterial therapy microbe screening

微生物多样性

BMC生信：高效的微生物搜索引擎Visibiome

介绍高效微生物搜索引擎Visibiome的文章，关注生物信息学的人必读。特别推荐！

微生物多样性微生物搜索引擎 Microbial diversity Microbiome

益生菌

Nutrition：益生菌治腹泻，个别有效；治其他胃肠症状，无一明确！

这是一篇重要的“证据基础上的证据”的综述，对Cochrane综述中涉及到用益生菌治疗腹泻、结肠炎、克罗恩病和肝病的综述进行再次分析总结。结果跟很多益生菌相关综述类似，除了少数（如LGG和布拉迪酵母）对腹泻有一定作用，现在没有足够的证据来支持益生菌对其他胃肠道疾病的治疗作用。很值得全文阅读的综述，特别推荐。

益生菌微生物胃肠道症状腹泻炎症性肠病

减肥手术

OR：不同减肥干预方式对肥胖患者肠道菌群的影响（综述）

限制饮食、减肥手术、益生元、益生菌，可能对肥胖和超重的人有效，它们分别会怎样改变肠道菌群呢？看看这个研究。

减肥手术微生物肥胖减肥 Bariatric surgery

埋葬虫

Nature子刊：埋葬虫的菌群在消化尸体中的作用

埋葬虫，一种腐肉类甲虫。这项研究关注它和自己的肠道菌群之间的代谢合作，很是新颖，值得读一读。

埋葬虫微生物消化防御 Astrid A T M Bosch

饮食

JTM：饮食对肠道菌群的影响（综述）

关注饮食对菌群影响的人必读的一篇综述，介绍得很全面也有一定指导意义。

饮食健康代谢微生物菌群

巨噬细胞

Cell子刊：衰老相关菌群促进肠道及机体异常

这是在小鼠身上做的关于菌群与衰老和寿命直接相关的研究，是一个动物实验证据，但值得好好看看，认真参考。

巨噬细胞免疫衰老微生物微生物组炎症

口腔微生物

SR：出生时使用抗生素影响新生儿口腔菌群

关于抗生素对新生儿口腔菌群影响的研究，很值得看看。

口腔微生物抗生素分娩微生物新生儿菌群

室内环境

Indoor Air：室内微生物对人体有何影响？

环境微生物特别是室内微生物，对人体健康有重大影响，这篇短文章特别对此进行了介绍，并提出了自己的看法，值得看一看。

室内环境微生物

微生物

Nature子刊：微生物之间的战争，不赶尽杀绝，而是取舍有度

微生物竞争抗生素 Jason L Kubinak June L Round

胃肠道

BP：肠道菌群在自闭症中的角色（综述）

关于肠道菌群与自闭症的重要综述，关注的人不得不看看哦。

胃肠道肠-脑轴炎症微生物神经发育

微生态学

FM：关于微生物共生，人类又有了哪些新认识？

关于微生物共生的一篇小文章，文章虽小，但值得好好阅读。

微生态学共生关系共生功能体海洋共生微生物