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糖苷水解酶
文章数:9篇
甘露聚糖
甘露聚糖对宿主健康和代谢的影响(综述)
在人类肠道菌群(HGM)中,拟杆菌门和厚壁菌门作为优势菌门,主要依靠聚糖进行消化以满足其能量需求。甘露聚糖是人类饮食中不可或缺的一种聚糖,除了能影响人体健康外,其结构的多样性和复杂性还具有改变某些拟杆菌门和厚壁菌门中特定基因簇表达的分子特征。近期发表在Biotechnology Advances上的研究,简述了甘露聚糖的结构多样性和HGM中细菌如何选择甘露聚糖,以及甘露聚糖对宿主健康和代谢的影响。
甘露聚糖
肠菌代谢
综述
拟杆菌门
厚壁菌门
胞外囊泡(EVs)
国内团队:自然环境中微生物的功能基因如何实现交换?
微生物群内多种功能基因的交换对微生物群落的稳定和功能是有利的。然而,环境中可移动基因库的状况在很大程度上仍不清楚,因而阻碍了我们对自然微生物群落中基因转移过程的理解。大量研究表明不同生物体释放的EV (细胞外囊泡) 是微生物与栖息地之间互作的重要途径。最近发表在Journal of Extracellular Vesicles上的文章研究了三种典型微生物栖息地中EV的流行情况、来源和DNA载体,在人类粪便、废水和土壤中发现了大量的EV。宏基因组分析显示,与源微生物组相比,EV相关DNA的分类学具有多样性和差异性,并确定了一系列生产EV的高效物种。该研究为解释EV作为自然环境中移动功能基因的储存库提供了新的见解。
胞外囊泡(EVs)
糖苷水解酶
GH25
微生物相互作用
微生物
天然朴啉
Nature子刊:肠道菌协同作用消化藻类多糖
天然朴啉是由朴啉和琼脂糖组成复杂的硫酸多糖成分,是很多可食用藻类的重要组分。对于这类特殊碳源,肠道菌群进化出特殊的类群和构成以实现对其的利用。尽管目前人们对于细菌降解硫酸多糖已经有了一定的认识,但具体的机制和途径仍不清楚。近期一篇发表在Nature子刊Nature Chemical Biology上的研究工作,以降解紫菜多糖的拟杆菌(B. plebeius)和降解琼脂糖的单形拟杆菌(B. uniformis)两种肠道共生菌为模型,对其多糖利用位点进行分析,发现并研究了构成解聚包含朴啉和琼脂糖的代谢循环。这些研究成果揭示了肠道菌群降解利用藻类复杂多糖的分子机制,并探究了在利用罕见碳源中,肠道微生物之间的竞争和合作关系。
天然朴啉
朴啉
琼脂糖
藻硫酸多糖
B. plebeius
O-聚糖酶
Nature子刊:新型GH16家族O-聚糖酶用于肠道黏蛋白降解
肠道黏液层是将肠道组织、免疫系统与肠道菌群、致病菌、内容物分离的重要屏障。肠道菌群的一些成员可利用黏蛋白作为营养来源,但是缺乏对用于分解这些复杂大分子的机制的理解。发表在Nature Communications上的一项研究,通过数据挖掘在四种主要的肠道黏蛋白降解菌(B.thetaiotaomicron,B.fragilis,B.caccae和A.muciniphila)中鉴定了9个GH16家族的O-聚糖酶,对它们的底物谱、作用方式、晶体结构等进行了详细表征,为了解黏蛋白被正常菌群分解的机制提供了重大进展。同时,还表明这些酶具有在肠道疾病状态下探索O-聚糖结构变化的潜在用途。
O-聚糖酶
糖苷水解酶
底物特异性
三维结构
GH16
肠道罗斯拜瑞氏菌
Cell子刊:肠道罗斯拜瑞氏菌可改善小鼠酒精性脂肪肝
目前认为肠道菌与酒精肝的发生有关,但是,对究竟哪些细菌的变化会引起酒精性脂肪肝,及这些细菌的功能是什么,相关的研究都还不够充分。Cell Host and Microbe最近发表的研究,招募了212名双胞胎,在考虑宿主基因和其他潜在混杂因素的基础上,分析了饮酒(酒精摄入)对肠道菌群的影响,结果发现酒精可导致肠道菌群失调,罗斯拜瑞氏属丰度降低,肠杆菌科增多。用肠道罗斯拜瑞氏菌(R. intestinalis)干预酒精性脂肪肝小鼠,能改善小鼠酒精性脂肝,增强肠屏障。本研究结果或可用于开发治疗酒精性脂肝的微生物疗法。
肠道罗斯拜瑞氏菌
Roseburia intestinalis
酒精性脂肪肝
肠屏障
紧密连接蛋白Occludin
菌群-宿主行为
菌群特点匹配宿主行为
北美河狸的筑坝行为和植食习性需要与之相适应的肠道菌群。本研究通过联合宏基因组学、功能筛选和碳水化合物生物化学多种技术,发现河狸肠道菌群中存在新型木聚糖寡聚体降解机制,表明肠道菌群存在降解木质的协同作用。该成果不仅为研究菌群-宿主共进化提供参考,也为研究生物炼制过程中酶制剂优化提供指导,值得专业人士关注。
菌群-宿主行为
北美河狸
糖苷水解酶
Casey Crump
Casey Crump
碳循环
Microbiome:夏冬轮替,森林土壤微生物各不同
关于森林里的土壤菌群随季节变化而变化的研究,虽然关注于森林,对肠道等其他系统的研究也有参考意义,值得特别关注。
碳循环
针叶林
糖苷水解酶
季节性
土壤菌群
厌氧菌消化池
BB:厌氧菌消化池内菌群碳水化合物活性酶的多样性
关于废水处理相关菌群及宏基因组中碳水化合物活性酶的研究,值得关注环境微生物的专业人士研读。
厌氧菌消化池
碳水化合物活性酶
生态位
糖苷水解酶
纤维素
X射线晶体学
Cell子刊:母乳喂养婴儿与双歧杆菌共进化的关键分子
这是一项重要的分子生物学研究,确定了母乳喂养婴儿与双歧杆菌共进化的关键分子(LnbX)以及它的晶体结构,研究做得很细致,也很激动人心,特别推荐。
X射线晶体学
双歧杆菌
糖苷水解酶
人类微生物共进化
人类微生物共生