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苏晓泉阐述菌群的β多样性：从全局比对到局部比对

青岛大学苏晓泉近期在mSystems发表文章，总结了作者为整合大规模菌群数据集，在整体群落水平（即“全局”）来计算相似性而开发的算法和工具，并阐述了作者对“局部比对”匹配策略的看法。Beta多样性是菌群的基本特性，高效的菌群比较，不仅在“全局”层面，而且在“局部”层面，可以更精确和灵活地阐明菌群的beta多样性，从而有助于深入理解和有效利用菌群。

菌群 Beta多样性距离方法搜索引擎局部比对

苏晓泉+徐健：在整个菌群水平上对全球菌群进行物种分类和功能搜索的平台

基于搜索的策略对于大规模挖掘微生物组数据集非常有用，例如鸟瞰菌群数据空间和通过菌群大数据进行疾病诊断。青岛大学苏晓泉和中科院青岛能源所徐健研究团队，近期在mSystems发表文章，介绍了微生物组搜索引擎2 (Microbiome Search Engine 2, MSE 2)，这是一个微生物组数据库平台，基于菌群与数据库中菌群的分类或功能相似性，在全球宏基因组数据中搜索和查询菌群。关键的改进包括数据库扩展，数据兼容性，搜索引擎内核和用户界面。通过功能相似性搜索菌群空间的新功能极大地扩展了菌群大数据基于搜索的挖掘范围。

扩增子宏基因组菌群在线服务搜索引擎

微生物多样性

BMC生信：高效的微生物搜索引擎Visibiome

介绍高效微生物搜索引擎Visibiome的文章，关注生物信息学的人必读。特别推荐！

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