微生物群

塑料污染对生态环境及人体健康造成了巨大危害，是亟待解决的全球性难题。利用微生物群落把塑料混合物转化为小分子化合物，实现废弃塑料的矿化、堆肥，促进高价值产品的生产，是解决塑料污染问题的有效途径之一。发表在Trends in Biotechnology上的一项观点文章讨论了使用微生物转化塑料的策略和优势。高效的塑料降解微生物的筛选为发展塑料废物生物处理技术提供了帮助。

塑料转化微生物群酶

RAG缺陷症

Cell子刊：RAG缺陷患者菌群中有更多样化的潜在病原体

重组激活基因（RAG）缺乏症是一种罕见的遗传定义的先天性免疫缺陷（IEI），具有广泛的临床表型。Cell Reports Medicine近期发表的文章，对患者的皮肤、鼻孔和肠道微生物群进行了表征，发现RAG缺乏症的患者拥有高度个体化的微生物群落，多样性增加，身体部位特异性差。同时，该免疫缺陷人群中细菌和病毒（特别是潜在病原体）多样性增加，可能是细菌和病毒持久性和进化的潜在宿主。

RAG缺陷症微生物群

癌症免疫治疗

Cell子刊：后生元如何助力免疫检查点抑制剂疗法？

实体瘤中，肠道微生物群对免疫检查点抑制剂（ICIs）的临床反应有重大影响。ICIs治疗依赖细胞毒性T淋巴细胞（CTL）发挥作用，且肿瘤抗原（TA）特异性CTL反应增强可增加患者对ICIs的敏感性。TA-特异性CTL需要在癌症细胞的HLA I类分子上表达相关的TAs，而减少HLA I类表达是癌症细胞逃避免疫系统的常见机制。Cancer Cell近期发表的文章，发现细菌释放的代谢产物，特别是植物鞘氨醇，可以上调癌症细胞上HLA I的表达，使其在体外和体内对TA-特异性CTL裂解敏感，并与免疫疗法有协同作用。

癌症免疫治疗微生物群 MHCI 免疫检查点抑制剂菌群代谢产物

前列腺癌

Nature Reviews：人体菌群在前列腺癌发生和治疗中的潜在作用（综述）

人体内存在着一个复杂而动态的微生物群落，会影响多种癌症的发生、发展、转移和治疗反应。近年来的研究表明，微生物群落在前列腺癌的发生和进展中可能发挥着一定的作用。然而，造成这种关联的具体机制尚不清楚。一篇发表在Nature Reviews Urology上的综述文章回顾了将肠道和尿道菌群与前列腺癌发生和发展联系起来的临床前和临床研究，为未来的研究提供了新的视角，并探讨了这些相互作用对于前列腺癌的预防和治疗的潜在策略。

前列腺癌微生物群菌群-疾病关联性

地下水

北大团队：地下水中存在微生物生态基线吗？

微生物几乎构成了地下水的整个生物群落，在生态演化和全球生物地球化学循环中发挥着重要作用。生态基线作为人类干扰较少的基本参考已在土壤、河流和海洋等地表生态系统中进行了研究，但地下水微生物生态基线的存在仍然是一个悬而未决的问题。近日，北京大学倪晋仁及团队在Microbiome发表最新研究，基于全国733口新建井监测的高通量测序数据，证实了浅层地下水微生物群落的存在，并提出了地下水微生物群落指数来评价人类活动对地下水的影响，值得关注。

地下水微生物群研究论文基础研究高通量测序

瘤内微生物

国内团队：瘤内菌群或可预测肝癌手术预后

肝细胞癌（HCC）的不良预后与肿瘤微环境（TME）的特征密切相关。先前研究证实TME中微生物组对癌症进展的存在和潜在影响。近日，北京协和医院毛一雷、杨华瑜、南京医科大学第一附属医院孙跃明、封益飞及团队在Clinical and Translational Medicine发表最新研究，共纳入115名接受肝切除术的肝癌患者，系统地阐明了肝癌患者微生物群特征，并将肝型作为HCC术后预后预测的潜在标记物，值得关注。

瘤内微生物术后预后研究论文基础研究荧光原位杂交术

虫媒传染病

王敬文等Nature Reviews：一文读懂虫媒菌群（综述）

吸血节肢动物在吸血过程中会将各种病原体传播给动物，统称虫媒传染性疾病，严重威胁着人类和动物的健康。多项研究发现吸血节肢动物都携带着共生微生物，并依靠这些共生微生物来完成其基本的发育和繁殖。近日，复旦大学的王敬文及团队在Nature Reviews Microbiology发表最新研究，总结了不同媒介与共生微生物的共生关系特点，论述了共生微生物和其节肢动物宿主间的互作影响媒介的代谢和免疫反应，从而决定传播病原体的能力的分子机制，值得关注。

虫媒传染病微生物群综述基础研究共生菌疫苗

猪蛔虫

猪蛔虫肠道菌群与宿主微生物组有何关联及特征？

猪蛔虫病是由猪蛔虫寄生于猪小肠引起的一种线虫病，呈世界性流行，集约化养猪场和散养猪均广泛发生。这些病原体与宿主肠道菌群密切接触，并在自己的肠道内藏匿细菌。目前，关于感染部位的细菌宿主微生物组的知识有限，而关于寄生虫微生物组的数据更稀缺。近日，来自柏林的研究人员在Microbiome上发表最新研究，发现蛔虫会选择性地从猪的肠道环境中可用的微生物池中获得自己的微生物组，蠕虫菌群组成与其性别和宿主体内寄生虫负荷无关，与感染宿主的来源和优势类群有关。总之，该研究初步探明了寄生虫微生物组及其与宿主微生物组之间的相互依赖关系，为未来制定合理的干预措施提供了指导，值得关注。

猪蛔虫微生物群研究论文基础研究寄生虫

结直肠癌

一文读懂：代谢与大肠癌的关系（综述）

代谢重编程是结直肠癌的一个重要标志，而ISCs(肠干细胞)是CRCs（结直肠癌）的主要来源，其癌变过程使ISCs代谢沿着腺瘤-癌的顺序适应复杂的微环境变化，该过程还包括与肠上皮细胞、免疫细胞、基质细胞、共生微生物和膳食成分的互作。近期，在Annual Review of Pathology-Mechanisms of Disease杂志上发表的一项综述着重描述了ISCs的代谢与能够影响结直肠癌发生的饮食、结直肠癌的遗传和代谢以及肿瘤微环境等因素的相互关系。该综述表明环境因素、代谢适应和肿瘤微环境与CRC肿瘤的发生具有重要的联系，因此，了解结直肠癌的代谢或为预防和治疗结直肠癌提供希望。

结直肠癌代谢饮食微生物群

结直肠癌

菌群的群体感应肽可促进小鼠大肠癌转移

结直肠癌研究论文基础研究群体感应肽微生物群

免疫检查点阻断

免疫检查点阻断导致针对菌群的致病性免疫反应增强

免疫检查点抑制剂（ICIs）具有显著的临床效果，但同时也伴随着免疫相关不良事件（irAEs）。这些炎性副作用的病因尚不清楚，但其几乎影响所有器官，其中最常见的是皮肤和胃肠道等菌群定植的部位。PNAS近期发表的文章，构建出重现人类皮肤炎症性疾病特征的小鼠模型，发现免疫检查点阻断导致共生菌特异性炎症性T细胞反应增强，导致长期持续的炎症性反应。

免疫检查点阻断免疫相关不良事件(irAEs) 微生物群皮肤

结肠癌

饮食如何调控肠道干细胞与大肠癌（综述）

食物和营养对机体健康和疾病有着深刻的影响，组织特异性成体干细胞可响应饮食信号，在协调组织维护中发挥关键作用。成体肠干细胞（ISCs）根据饮食和营养状态主动调整其命运决定，以驱动肠道适应。最新发表在Trends in Endocrinology and Metabolism的综述总结了热量摄入和营养成分、禁食模式、饮食诱导生长因子和微生物群对ISCs调节饮食反应的信号机制，以及它们与肠道肿瘤发生的相关性。

结肠癌综述基础研究肠道干细胞饮食模式

纳米医学

国内团队：肠-脑/癌轴对未来纳米医学的启示（综述）

最近的临床和病理证据表明，肠道菌群是调节人体稳态的一个环节，影响癌症、失智症、肥胖、社会行为等状态。菌群与人类疾病之间的联系为医学提供了许多机会，但其中大多数并没有发展出明确有效的治疗方案。来自国家纳米科学中心的陈春英、来自复旦大学/澳大利亚莫纳什大学的Pu Chun Ke与研究团队在ACS Nano发表综述文章，为肠-脑/癌轴的机制途径，及其对靶向癌症和神经退行性疾病的纳米药物的意义提供一个全面及时的总结。

纳米医学综述微生物群肠-脑轴肠-癌轴

B细胞

食物过敏中B细胞和微生物的互作不容忽视（综述）

食物过敏增加的一部分原因是西式饮食损害了肠道中有保护性的共生菌群，进而导致不利的宿主微生物相互作用，改变各种免疫细胞的表型，并引发过敏。虽然B细胞对变态反应性病理至关重要，但微生物对B细胞的影响未受到充分重视。Mucosal Immunology发表的综述文章，重点研究了细菌和B细胞之间的直接和间接相互作用，以及这种相互作用如何调节B细胞表型，即抗体产生(IgA、IgE、IgG1和IgG4)和调节性B细胞(Breg)功能。了解微生物在食物过敏的情况下如何调节B细胞的活性，对于追踪疾病的发展和评估未来的治疗方案都是至关重要的。

B细胞食物过敏微生物群调节性B细胞抗体

结直肠癌

多喝酸奶能否预防缓解大肠癌？

经常喝酸奶或有助于维持良好的肠道微生物群和肠道健康。最新发表在American Journal of Clinical Nutrition的研究探索了酸奶和结直肠癌发病率/死亡率的关系。该研究在1980-2012年间，对3,393,373名参与者进行的每年一次的随访发现，经常喝酸奶可以降低近端结肠癌的风险，且潜伏期长。酸奶消耗与结直肠癌死亡率没有明显的反向趋势。

结直肠癌 yogurt colon cancer Rectal cancer microbiota

乳腺癌

微生物如何影响乳腺癌发病和治疗？（综述）

现有的大部分数据表明，乳腺癌与肠道微环境和乳腺组织中的细菌生态失调有关。最新发表在Cancers的综述就乳腺和肠道微生物在乳腺癌发病机制中的作用作了详细总结。这些发现可以为建立新的乳腺癌预防和治疗策略提供新的见解。

乳腺癌微生物群免疫应答表观遗传调控抗癌治疗

疫苗免疫

Cell子刊：微生物如何影响人类疫苗免疫（综述）

疫苗是预防感染性疾病最有效的方式，但疫苗诱导的免疫反应在个体间和不同地区的群体间具有较大的差异性，了解这种差异性存在的机制对人类健康具有重大意义。近期发表在Cell Host and Microbe的综述文章，详细介绍了微生物群对疫苗免疫的影响。

疫苗免疫 vaccines Microbiome human immunology systems vaccinology

呼吸系统疾病

金属加工厂的环境微生物或危害人体健康

金属加工液（MWF）是一种微生物高度定殖的液体，工人接触具有呼吸系统症状和疾病的风险。在一家制造厂接触MWF的工人中，出现了一种新型职业相关肺部疾病，表现为淋巴细胞性毛细支气管炎和肺泡导管炎，伴有B细胞滤泡和肺气肿。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine近期发表的文章，对接触MWF的工人（健康和呼吸道疾病患者）进行菌群分析，发现MWF中优势类群可转移到患者和机械车间工人，且MWF可体外刺激小鼠B细胞增殖，这是该病的特征之一。研究提示工作相关的微生物环境暴露是人类微生物群的决定因素之一，可能对肺健康产生影响。

呼吸系统疾病 Occupational disease occupational exposure bioaerosols microbiota

微生物组

微生物组定义的重新审视:旧概念和新挑战

本文基于2019年3月6日在奥地利举行的研讨会框架中的讨论。其根据1988年Whipps等人提供的简短、清晰和全面的描述，提出了微生物组的定义，并根据最新的技术发展和研究成果，对其进行了一系列新颖的建议。明确区分了微生物组（microbiome）和微生物群（microbiota）的术语，并提供了一个全面的讨论，考虑微生物群的组成，微生物群的异质性和时间和空间动态，微生物网络的稳定性和弹性，核心微生物群的定义，以及功能相关的关键物种。

微生物组微生物群微生物网络核心微生物群关键物种

口腔微生物群

母乳喂养或对口腔菌群具有长期影响？

International Breastfeeding Journal上发表的一项最新研究，通过分析423名青少年的喂养方式对口腔微生物群的影响，发现喂养方式对口腔菌群的多样性和整体菌群组分没有影响，但母乳喂养导致属于真细菌属、韦荣氏球菌属的3个OTU丰度增加。

口腔微生物群 microbiota Saliva Breastfeeding Adolescent

结直肠癌

预防大肠癌的抗凋亡蛋白MCL1

肠上皮细胞的稳态依赖于对肠上皮细胞（IEC）死亡和增殖的严格调控平衡。促进IEC死亡的因素被破坏可导致肠道炎症，而抗凋亡蛋白（如BCL2、BCL2L1）的缺失对小鼠肠道内稳态却没有影响。最新发表在Gastroenterology的文章研究了BCL2家族另一抗凋亡蛋白成员MCL1在小鼠肠道内稳态中的作用。该研究发现MCL1对维持小鼠肠道内稳态和预防癌变必不可少。即使在无菌条件下，MCL1缺失也会导致肠癌的发生。因此MCL1缺失导致的癌症与微生物引起的慢性炎症无关。

结直肠癌 COLORECTAL CARCINOMA CRC cell death Tumorigenesis

结直肠癌

粪便代谢组学特征或预示大肠癌早期事件

结直肠腺瘤是结直肠癌（CRC）的癌前病变，为观察CRC早期发展的关键事件提供了一些方法和思路。肠道微生物群在腺瘤和癌发生发展中的变化和作用也被广泛探讨，并强调了其对癌变的影响。然而，目前很少有研究关注调节宿主和肠道微生物之间相互作用的肠道代谢组。最新发表在mBio的研究纳入102位高危腺瘤患者、102位健康对照，以及36位CRC患者，收集其粪便，并检测粪便代谢组学特征和肠道菌群。该研究发现，与对照组相比，腺瘤患者粪便中多种类型的生物活性脂类，包括多不饱和脂肪酸、次级胆汁酸和鞘脂质升高，且多不饱和脂肪酸和鞘脂类在CRC患者中进一步升高。此外还发现在微生物组和代谢组数据之间有非常强的整体关联，并对细菌分类群以及包括腺瘤特征在内的代谢组学特征的稳健相关对进行了编目。该研究强调了肠代谢物及其与肠道微生物相互作用在CRC发病早期事件中的重要性。

结直肠癌 carcinogenesis colorectal adenoma colorectal cancer metabolomics

胃肠道癌

上皮细胞、微生物和免疫细胞互作如何影响胃肠道癌？（综述）

炎症和适应性免疫在胃肠道癌症形成和治疗中有重要作用。Annual Reviews of Immunology上发表的一篇综述文章，详细论述了胃肠道癌症中上皮细胞、微生物和免疫细胞之间的相互作用，提出胃肠道屏障受损可能是大多数胃肠道癌症中促癌炎症环境形成的原因，其与组织特异性肿瘤驱动基因突变共同促进肿瘤发生。了解上皮细胞、微生物和免疫细胞之间的相互作用对胃肠道癌症的影响有助于预防胃肠道肿瘤的发生，并提高肿瘤免疫治疗的疗效。

胃肠道癌免疫炎症肠道-肝脏轴微生物群

结直肠癌

结肠粘膜生物膜、宿主和大肠癌的相互作用

宿主和肠道细菌之间的相互作用被破坏与结直肠癌（CRC）的发生有关。然而，这些细菌的活性及其与宿主之间的相互作用尚不清楚。此外，细菌如何组织/定位，以及它们所表达的基因，都可能对CRC发病机制具有同样重要的影响。近来，在约52%CRC患者和约13%健康人的上皮表面发现长达200微米的细菌生物被膜（BF）。此前已发现，在多个临床前小鼠模型中，来自CRC患者或健康人的BF形成细菌在CRC发展中起到功能性的角色，突出了细菌的组织形式对CRC产生的影响。最新发表在mSystems的研究发现在BF阳性菌群中，细菌毒力基因数量增加，并鉴定了一个保守的、可传播的BF阳性相关细菌核心组。此外，还证明了BF状态和CRC的发展改变了miRNA的表达，特异性miRNA与BF阳性相关类群相关。破译这种复杂的相互作用可能会发现CRC新的调节途径和具有潜在治疗意义的分子。

结直肠癌 biofilm colorectal cancer germfree microRNAs

胰腺癌

用好菌群或能防治胰腺癌（观点）

胰腺导管腺癌（PDAC）是一类致命癌症，早期PDAC的5年生存率仅为25%左右。PDAC非特异性的临床症状导致其确诊较晚、缺乏可靠的筛查方式、治疗选择过时无效，这些都导致了PDAC的不良预后。最新发表在Trends in Cancer杂志的观点文章认为，目前胰腺癌治疗可选择的策略太少且太迟。有证据表明，在PDAC确诊时，弥散性胰腺癌细胞已经扩散，并在肝脏内形成转移前生态位。75%接受治疗性切除的PDAC患者将在2年内发展为转移性疾病。本文讨论了一个新兴的概念，即微生物组分析、靶向微生物组与免疫治疗相结合，用以诊断和治疗不同发展阶段的PDAC。

胰腺癌微生物群微生物组分析液体活检致癌信号

微生物群

CSR：手术应激下的微生物变化（综述）

一篇小综述，推荐阅读。

微生物群共生关系手术应激状态机体恢复 Wannipa Tunapong

代谢产物

TFST：肠道菌群及代谢物如何影响肥胖和糖尿病？（综述）

介绍肠道菌群及其代谢产物在肥胖及2型糖尿病发病中的作用的综述不少，这篇写得不错，特别推荐给大家。

代谢产物肠道内分泌细胞胰岛素肥胖二型糖尿病

慢性伤口

JID：糖尿病足溃疡愈合不良，与伤口菌群有关

伤口好愈合还是不好愈合，与伤口上的菌群有关，这个道理貌似很浅显，但具体哪些细菌会影响伤口愈合呢？还是得仔细做研究，建议看看这篇文章哦。

慢性伤口微生物群时间稳定性愈合不良糖尿病足溃疡

粪便菌群

Microbiome：入侵北美的鲤鱼的肠道菌群有何特点？

入侵北美的鲤鱼，是最著名的入侵物种之一。它们是如何适应环境的？肠道菌群会帮助更加适应入侵区域的环境么？这篇文章，值得读一读。PS，亚洲鲤鱼入侵北美，是生态入侵，某些活吃到肚子里的细菌，可能会是入侵物种么？

粪便菌群入侵性鲤鱼菌群组成 16s rRNA测序群落结构

牛奶过敏

JACI：8年跟踪，揭牛奶过敏逆转和菌群的关系

有些孩子，出生后会牛奶过敏，到8岁不再过敏，原来可能跟肠道菌群有关，好神奇。

牛奶过敏肠道菌群 16S rRNA 测序拟杆菌门梭状芽胞杆菌