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文章数：9篇

火山极端环境

iMeta：江南大学团队揭示火山极端环境下不同岩石表层土壤菌群的模式和驱动因素

本研究以乌兰哈达火山群全新世玄武岩、全新世花岗岩和晚更新世玄武岩表层土壤为研究对象，采用Illumina MiSeq高通量测序分析细菌和真菌群落的组成和结构。该文研究结果丰富了我们对火山岩表层土壤环境条件下菌群的理解。

火山极端环境土壤菌群驱动因素玄武岩花岗岩

iMeta：本文揭示植物定殖对冰川前缘菌群动态的影响

本研究证实了pH的变化是植物定殖的结果。植物定殖降低了土壤pH，增加了有机碳含量，从而增加了细菌多样性，改变了细菌和真菌群落结构，增强了环境过滤作用，驱动了细菌和真菌群落的协同变化，并提高了微生物网络的抗扰动能力。

植物定殖冰川前缘微生物演替土壤pH 细菌多样性环境过滤

微生物组定义的重新审视:旧概念和新挑战

本文基于2019年3月6日在奥地利举行的研讨会框架中的讨论。其根据1988年Whipps等人提供的简短、清晰和全面的描述，提出了微生物组的定义，并根据最新的技术发展和研究成果，对其进行了一系列新颖的建议。明确区分了微生物组（microbiome）和微生物群（microbiota）的术语，并提供了一个全面的讨论，考虑微生物群的组成，微生物群的异质性和时间和空间动态，微生物网络的稳定性和弹性，核心微生物群的定义，以及功能相关的关键物种。

微生物组微生物群微生物网络核心微生物群关键物种

土壤微生物组

南土所：农业土壤核心菌群可提升土壤生态功能

理论上，一个生态网络内高度相连的类群（核心节点，kinless hubs）比关联较少的类群（peripherals）能够支持更高水平的生态系统功能。然而，核心节点在调节土壤微生物群落功能潜力中的作用在很大程度上尚未得到探索与研究。中国科学院南京土壤研究所褚海燕与团队的这项研究，通过对具有重要生态功能与经济价值的农业生态系统（小麦和玉米轮作）的华北平原243个土壤样本进行大规模调查，建立了土壤真菌和细菌类群的关联网络，结果表明，在微生物网络中被归类为核心节点的土壤微生物类群的相对丰度与土壤功能潜力高度相关，这对于在大空间尺度上理解和管理（通过操纵微生物关键物种）农业生态系统具有重要意义。

土壤微生物组农业生态系统微生物网络功能基因核心节点

食品与菌群

叶表面的微生物组和抗性组提示：不宜生吃芝麻菜

本研究发现芝麻菜表面不仅含有很多可能致病的肠杆菌，肠杆菌中还富集了一些非常不受欢迎的抗性基因。貌似以后是不能生吃了。不过小编觉得虽然不能直接生吃，但是炝拌一下放点酱油陈醋也未尝不可吧！

食品与菌群宏基因组分类宏基因组序列分类微生物网络芝麻菜

华中农大：土壤菌群对汞污染呈现出一致反应

朋友圈曾流传过一只水银体温计打碎后可使室内汞浓度超标1000倍的新闻（https://dxy.com/column/2405）。事实上，汞污染确实是全世界主要污染物之一，而在汞矿区尤甚。华中农大刘玉荣团队从中国西南两个汞矿区（凤凰、万山）下游多地土壤中取样，分析汞和菌群之间的联系。

土壤菌群 Co-occurrence network Functional gene Mercury pollution metagenomics

呼吸道菌群

感染结核病对模式动物（猕猴）呼吸道菌群的影响

一项由国内学者丁涛博士（现为中山大学中山医学院教授）参与的研究中，分析了猕猴在感染结核分枝杆菌发病过程中呼吸道菌群的失调和结构变化过程。这是首次在猕猴这一模式动物中探索结核菌感染对肺部菌群的影响。

呼吸道菌群 16S rRNA gene cynomolgus macaque Lung and airway microbiota Microbiome

微生物网络

NetShift：从菌群网络中找出影响健康的驱动者

菌群的差异可以体现在多样性指数、物种丰度、关系网络等不同层面。如果说物种丰度变化是二维的，那么网络拓扑结构的改变则可以认为是多维的。为了量化菌群网络的变化，NetShift 通过引入一个 NESH 分值，可以从网络变化中找出那些“驱动者”——它们并非一定是丰度占优的物种。

微生物网络微生物网络微生物生态学 Wei Li Wei Tian

微生物网络

如何从微生物网络的“毛线球”中理出头绪（综述）

微生物网络是一种越来越流行的研究微生物群落结构的工具。它整合了多种类型的信息，可代表系统级行为。解释这些网络并不简单，网络属性的生物学含义尚不清楚。FEMS Microbiology Reviews就网络的构建、解读、验证等作出详细解读，值得专业人士特别关注。

微生物网络生态网络枢纽物种环境因素