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Co-occurrence network
文章数:2篇
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R包microeco:微生物组扩增子数据统计和可视化
基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析,后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看,依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发,整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法,归类成每个模块,以方便学习和使用,并研发了多种分析方法,同时提供了详细的教程,软件包已上传至CRAN,建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接:https://github.com/ChiLiubio/microeco
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差异丰度检验
多样性
环境因子
功能分析
土壤菌群
华中农大:土壤菌群对汞污染呈现出一致反应
朋友圈曾流传过一只水银体温计打碎后可使室内汞浓度超标1000倍的新闻(https://dxy.com/column/2405)。事实上,汞污染确实是全世界主要污染物之一 ,而在汞矿区尤甚。华中农大刘玉荣团队从中国西南两个汞矿区(凤凰、万山)下游多地土壤中取样,分析汞和菌群之间的联系。
土壤菌群
Co-occurrence network
Functional gene
Mercury pollution
metagenomics