差异丰度检验

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差异丰度检验

Nature子刊：菌群差异丰度法在38个数据集中产生不同的结果

识别差异丰富的微生物是菌群研究的共同目标。然而，很少有大规模的研究系统地探讨互换使用这些工具（差异丰度检测方法（DA））的适当性，以及它们之间差异的程度和意义。本研究通过 38 个两组 16S rRNA 基因数据集对常见DA工具进行了额外评估，其工作能够改进对这些 DA 工具的评估，并强调了在独立评估中被持有的先前研究提出的关键建议，此外，其分析显示了DA 工具的各种特征，作者可以用其来评估该领域内已发表文献。作者建议研究人员应使用基于多种差异丰度方法的共识方法，以帮助确保稳健的生物学解释。

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上海交大：结合系统发育学的菌群数据的转化和差异丰度分析

上海交通大学王涛、耶鲁大学赵宏宇与团队，近期在Bioinformatics发表研究，提出了一种基于模型的菌群数据转换方法，以及一种基于转换数据的差异丰度 (DA) 检验的系统发育信息程序。与菌群组成分析 (ANCOM) 和其他DA检验程序的比较表明，菌群组成的适应性分析（adaANCOM）可以很好地控制错误发现率，更容易地解释结果，并且对于高维问题具有计算效率。开发的R包可以在https://github.com/ZRChao/adaANCOM上找到，模拟和数据分析脚本可以在https://github.com/ZRChao/Papers_supplementary上获得。

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R包microeco：微生物组扩增子数据统计和可视化

基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析，后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看，依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发，整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法，归类成每个模块，以方便学习和使用，并研发了多种分析方法，同时提供了详细的教程，软件包已上传至CRAN，建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接：https://github.com/ChiLiubio/microeco

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