菌群研究

作者开发了一个可用于菌群研究中生成和分析生态网络的在线分析平台iNAP，其提供多种网络分析方法和工具，可以用于推断微生物域内及域间物种的关联，并可用于探究网络拓扑结构属性与环境驱动因子间的关系，从而帮助研究人员更好地了解菌群构建机制。iNAP 可在 http://mem.rcees.ac.cn:8081 免费使用，且作者在Github(https://github.com/yedeng-lab/iNAP)也提供了本地化运行SparCC、LSA和SPIEC-EASI的计算流程。

生态网络分析菌群研究随机矩阵理论网络拓扑结构群落构建

差异丰度检验

Nature子刊：菌群差异丰度法在38个数据集中产生不同的结果

识别差异丰富的微生物是菌群研究的共同目标。然而，很少有大规模的研究系统地探讨互换使用这些工具（差异丰度检测方法（DA））的适当性，以及它们之间差异的程度和意义。本研究通过 38 个两组 16S rRNA 基因数据集对常见DA工具进行了额外评估，其工作能够改进对这些 DA 工具的评估，并强调了在独立评估中被持有的先前研究提出的关键建议，此外，其分析显示了DA 工具的各种特征，作者可以用其来评估该领域内已发表文献。作者建议研究人员应使用基于多种差异丰度方法的共识方法，以帮助确保稳健的生物学解释。

差异丰度检验菌群研究数据集生物学解释假阳性率

菌群研究

Nature子刊：教你使用 CAMI 基准测试工具包评估宏基因组学软件

计算方法是菌群研究的关键，获得定量且无偏的性能评估对方法开发者和应用研究者很重要。为了在方法之间进行有意义的比较，确定最佳实践和常用示例数据并减少基准测试的计算成本，有必要使用标准化的数据集、过程和度量标准进行评估。在本教程中，作者描述了由较大的研究人员群体共同确定的计算宏组学基准测试中的新兴标准。作者解释了最相关的评估指标，用于评估宏基因组装配/组装，分箱和分析结果，并提供有关如何生成它们的分步说明。本教程将为同行提供参考，并有助于在菌群研究中提供信息丰富且可重复的基准测试。

菌群研究计算方法 CAMI数据集软件性能评测宏基因组

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：定植抵抗

“共生菌群抵御感染”的概念可能最早源于梅契尼可夫，他在上世纪初提出通过喝富含细菌的酸奶来避免感染性疾病。随着大肠杆菌Nissle 1917菌株的分离和后续研究，科学家们逐渐明确了肠道共生菌对致病菌的拮抗作用，促生了“定植抵抗”这一概念和名词的提出。2007年的3项关键研究，则对共生菌群、致病菌和宿主免疫间的复杂互作机制进行了揭示。

Milestones in human microbiota research 定植抵抗菌群研究肠道菌群 Chu-wen Ling

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：人体代谢中的饮食-菌群互作

肠道菌群可以代谢饮食成分，饮食反过来也影响菌群的组成和功能。是否存在代谢疾病的特征菌群？饮食如何改变菌群？菌群-饮食互作如何影响代谢疾病的发生？对于这些问题的探索，将帮助人们开发有针对性的菌群干预方法，来预防和改善代谢疾病。

Milestones in human microbiota research 人体菌群饮食肠道菌群菌群研究

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：测序识别人类菌群

Milestones in human microbiota research Sanger测序扩增子测序鸟枪法测序参考基因组

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：婴儿菌群的建立和变化

婴儿菌群一直是人类菌群研究的重要方向。初始菌群定植于何时？是什么样的？随着婴儿的成长，菌群发生什么样的变化？哪些因素会影响菌群的建立和发展变化？相信随着研究的深入，这些答案会越来越清晰。

Milestones in human microbiota research 婴儿菌群人体菌群菌群研究

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：细菌以外的共生微生物

病毒、真菌和古菌也是我们菌群的重要成员，对人类健康有潜在影响。2003年，首次报道了用宏基因组学方法对人类粪便中非培养的病毒组的研究。

Milestones in human microbiota research 宏基因组学病毒组真菌组古菌组

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：菌群的稳定性和个体性

如何定义“正常菌群”？尽管这个问题目前仍无定论，但不少研究从另一个侧面为人们提供了思路——菌群在个体间存在多大的可变性？在个体内的稳定性又如何？

Milestones in human microbiota research 人体菌群个体差异菌群研究 Sharda P Singh

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：菌群研究的前世今生

菌群研究领域在近年备受关注，不仅为生物学和医学打开了新的视角，也被认为具有很大转化应用潜力。今年是iHMP（整合人类微生物组计划）成果丰硕的一年，Nature特别制作了“里程碑”系列专题，专门介绍人体菌群研究的历史和进展，内容很科普化，非常适合对菌群感兴趣且略有基础的读者。这篇开篇文章，对菌群研究的关键历史人物和事件进行了总结，值得了解。

Milestones in human microbiota research 菌群研究人体菌群 Hui-Jie Bian Jian-Li Jiang

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：培养厌氧菌

在1944年对牛瘤胃中降解纤维素的微生物的一项研究中，Robert. E. Hungate革命性的滚管方法使厌氧菌的成功培养成为可能。这种沿用至今的培养方法，使人们第一次分离出人类相关的厌氧菌。

Milestones in human microbiota research 细菌培养厌氧菌培养菌群研究 Mireia Valles-Colomer

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：利用无菌动物研究菌群的作用

1965年，无菌小鼠首次被用于研究肠道菌群的作用。自此，无菌动物开始被广泛用于研究肠道菌群之间、及肠道菌群与宿主代谢、免疫等之间的互作。

Milestones in human microbiota research 无菌动物菌群研究

Milestones in human microbiota research

Nature人体菌群研究里程碑：粪菌移植

粪菌移植（FMT）可能是菌群研究转化应用进展最快的临床干预方法，尤其是在治疗复发性艰难梭菌感染（CDI）上，这篇文章回顾了FMT治疗CDI的历史和近期进展。

Milestones in human microbiota research 粪菌移植艰难梭菌感染人体菌群菌群研究

菌群研究

Nature子刊：宣传生态研究成果，门道很多！

将菌群领域的研究成果准确传达给大众，需要学术期刊编辑、领域专家、监管机构和新闻媒体共同参与。《Nature Medicine》近期发表评论文章，总结了目前在宣传微生态研究成果方面存在的弊端，强调正确宣传科研成果需要领域专家、监管机构以及青年研究人员共同参与。

菌群研究新闻报道观点评论 David A Brenner Debanjan Dhar

菌群研究

Lancet：菌群研究，别忘了3.7亿土著人群

菌群结构受多种人口、社会因素影响。本评论文指出目前的菌群研究缺乏对低收入、少数民族的关注，其结果在全球范围内很可能缺少普适性，并呼吁关注这一人群的健康以及相关科研投入，值得参考。

菌群研究观点评论低收入人群少数民族 George van Aken

疫苗

警惕菌群研究被“反疫苗”伪科学团体利用

越来越多研究证实了共生菌群、微生态对人类健康的重要影响，但这一系列成果有可能被伪科学团体利用，用以反对疫苗接种。本文简述了菌群研究成果被错误利用的潜在风险，强调了学界、相关职能部门进行科学引导的重要性，值得相关人士思考和参考。

疫苗菌群研究反疫苗运动观点评论伪科学

类人猿

Nature Reviews：类人猿菌群助力人类菌群研究（综述）

人类与类人猿的亲缘关系接近。研究类人猿菌群在多个方面有助于人类菌群结构、进化、功能研究，而且类人猿菌群的多样性、原始性，有望作为菌群库来应对由于现代生活导致的人类菌群多样性流失。本文对于探索人类菌群、阐释菌群-宿主共进化具有重要参考价值。

类人猿菌群研究综述菌群研究类人猿

菌群研究

Nature子刊：菌群领域KOL探讨菌群治疗面临的挑战

Global Engage和Nature Biotechnology于2018年5月组织菌群领域KOL对人体菌群研究及转化的未来进行了深入探讨，指出了目前研究的局限性的同时，也提出了一系列具有创新性的观点，对于未来的菌群相关基础研究、临床转化、产品开发等都具有重要参考价值！

菌群研究菌群治疗访谈录人体菌群菌群治疗

菌群研究

Nature子刊：从社会和人口健康科学来理解人类菌群

目前社会、环境因素对共生菌群的影响还缺乏深入的研究。本评论文阐释了菌群-社会环境因素的互作、潜在互作模式，敦促生物学家与社会/人口学家合作，从而推动从菌群角度出发的健康研究和相应促健康手段，对菌群研究、人类学研究以及改善人群健康具有重要参考价值。

菌群研究社会学观点评论综述菌群研究

菌群研究

PLoS Biology：选对实验系统，多快好省的研究菌群

小鼠是目前菌群研究中最常见的模式生物，却未必能解答所有菌群研究中的科学问题。PLoS Biology发表的这篇观点文章，提醒大家：菌群研究应选择合适的实验系统/模式生物，有些不常见的系统或许在研究某些问题上有更高的性价比。推荐专业人士参考。

菌群研究模式生物 Giacomo Bregni Giacomo Bregni

菌群研究

Cell：从社会学角度看菌群研究的机遇与挑战

Cell[IF：30.41]近期发表评论文章，分析了菌群研究领域的现状和遇到的问题，强调了研究成果转化为公众认知的机遇和挑战，也对菌群研究采样、分析等方面的新问题进行了论述。文章引用多位领域内专家的评论，客观分析了菌群研究的现状、局限性和发展方向，值得专业人士参考。

菌群研究 John Anthony Yason Kevin Shyong Wei Tan

肠道防御素

FM：肠道防御素的功能（综述）

关注肠道防御素的人必读本文。

肠道防御素肠道黏膜免疫潘氏细胞炎症性肠病(IBD) 菌群研究

秀丽隐杆线虫

FM：线虫是研究菌群的良好模式生物

介绍研究菌群所用的线虫模型的文章，推荐阅读。

秀丽隐杆线虫菌群研究模式生物 Caenorhabditis elegans Microbiome