功能分析

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文章数：2篇

重新设计分类软件用于菌群功能注释

为了促进功能菌群分析，作者重新利用了著名的分类学工具，以使其能够执行直接的功能测序读长分类，并获得功能层次结构的额外好处。为实现此目的，作者开发并提出了一个树形功能层次结构，该层次结构代表了基因本体注释结构的分子功能子集。作者使用此功能层次结构来取代分类工具使用的标准系统分类，并将查询序列准确地分配到树中最低可能的分子功能。作者用模拟和实验数据集证明了这一点，并揭示了新的生物学见解。

菌群功能分析测序读长分类分类

R包microeco：微生物组扩增子数据统计和可视化

基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析，后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看，依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发，整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法，归类成每个模块，以方便学习和使用，并研发了多种分析方法，同时提供了详细的教程，软件包已上传至CRAN，建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接：https://github.com/ChiLiubio/microeco

共现网络差异丰度检验多样性环境因子功能分析