Metagenomics classification

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宏基因组学

Kraken 2——快速的宏基因组物种分类注释工具

Kraken 2是对Kraken的优化升级后的全新版本，带来了对宏基因组数据进行快速分类注释的质的飞跃，相较于Kraken，Kraken 2拥有更先进的数据库索引方式，可以大大减少计算机内存的使用，并提高分类速度，并保持较高准确率。支持源代友、conda、docker等多种方式方便安装，分析也只需一行命令即可完成，结果格式有多种可选格式可与常见的下游分析工具STAMP、LEfSe等联用，是宏基因组物种分类的首选工具，也是Cell杂志评估20种物种分类工具中综合表现最好的工具（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381）。

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宏基因组分析方法

一个新的宏基因组分类器KrakenUniq

KrakenUniq可被视为是在Kraken基础上附加了k-mer信息之后的一个改进型。

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