宏基因组算法

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宏基因组算法

文章数：5篇

宏基因组算法

Nature子刊：使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

现在关于如何评价环境中细菌生长速率的工具不多，DEMIC 是目前比较突出的一个。

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Nature子刊：新技术“读云”可获得高质量宏基因组序列

“读云”的核心是采用了微液滴封装技术降低了宏基因组复杂性，之后再结合现有方法测序和新算法组装。这相当于对宏基因组展开了一场“降维攻击”。

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Nature子刊：用于宏基因组蛋白质序列聚类分析的新工具

Nature Communications近期发表的一篇文章，介绍了一个新的序列聚类软件Linclust，适合用于宏基因组中大量蛋白质序列的聚类分析。

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生物信息学工具

用于OTU提取和系统发育分析的超快生物信息学工具

从菌群16S rRNA测序数据中提取OTU和对这些OTU进行系统发育分析是宏基因组学研究中的常见任务，而现有的方法如QIIME事实上在准确性和效能等方面都有一些缺陷。Genome Biology发表的这篇文章介绍了一种新的、更快更准确的生物信息学工具，弥补了现有工具的不足。值得专业人士参考。

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宏基因组分析方法

对Illumina数据进行实时宏基因组分类的新方法

Bioinformatics上发表的最新研究，介绍了一种对Illumina数据进行实时宏基因组分类的新工具——LiveKraken，可依据物种来源不同将原始数据进行分类。

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