16S扩增子高通量测序

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16S扩增子高通量测序

文章数：8篇

肠道菌群进化

健康人的肠道菌群在绝对变化中保持相对稳定

诚所谓“年年岁岁花相似，岁岁年年人不同”，肠道菌群也是如此。《ISME Journal》近期发表研究，对健康人群的一项长达512天的队列研究表明，尽管每个个体中肠道菌群种群结构能够保持相对稳定，但事实上菌群的成员早已今非昔比。

肠道菌群进化队列研究肠道菌群大肠杆菌肠杆菌科

多方法验证胎盘中不存在菌群

近期有研究提出胎盘中可能存在共生菌群。《American Journal of Obstetrics and Gynecology》近期发表研究，通过微生物培养、定量PCR、扩增子测序和宏基因组测序等技术，证明胎盘组织中不存在常驻菌群，检测到的菌株或DNA序列更可能来自污染和测序背景噪音。

胎盘菌群 bacteria bacterial culture Contamination low microbial biomass sample

青岛大学李铎团队：高脂饮食伤菌促炎，可能影响长期健康

高脂饮食会对肠道菌群造成影响。青岛大学李铎教授团队近期在《Gut》杂志发表一项RCT研究，发现非肥胖年轻人食用高脂饮食会改变肠道菌群及其代谢产物，可能会带来长期健康隐患。该结果对研究食物-菌群-宿主健康的相互关联具有参考价值。

膳食脂肪高脂饮食 RCT研究健康年轻人代谢疾病

中科院城环所苏建强团队：厦门周边空气菌群的季节性和地区性差异

中科院城环所苏建强研究员日前发表了对厦门周边空气中微生物组的研究结果，发现空气菌群随季节变化，且具有城乡差异。

空气菌群环境科学 16S扩增子高通量测序空气污染空气病原体

体外受精结局可能和阴道菌群有关

体外受精（IVF）是辅助生殖技术中一种常见的手段。目前的高通量测序技术可以很好获得女性阴道中所有的菌群信息，但是相对的时间及经济成本较高。而qPCR技术相对成熟，可以半定量检测阴道中部分异常细菌的存在与否（如阴道加德纳菌、奇异菌属）。该研究提示，16S测序对IVF结局的预测并没有qPCR好，这给近年来大力推崇高通量测序的微生物研究界一个反思：可能阴道菌群的主要标志物就是乳酸菌和几种异常菌？根本没有必要做所有菌属的测序？期待未来有更多阴道菌群在临床上预测、治疗等方面实证性的研究。

阴道菌群体外受精不孕不育 qPCR 16S扩增子高通量测序

16S扩增子高通量测序

定量分析 16S 扩增子测序研究中的变异和生物量的影响

虽然本研究的结果可以让我们暂时安心，但是这是否忽视了重要的一环：人！不同的实验操作人员，即便照着同样的实验流程操作，对结果是否也会带来显著影响呢？

16S扩增子高通量测序评价 accuracy Biological variation Biomass

生物信息学工具

用于OTU提取和系统发育分析的超快生物信息学工具

从菌群16S rRNA测序数据中提取OTU和对这些OTU进行系统发育分析是宏基因组学研究中的常见任务，而现有的方法如QIIME事实上在准确性和效能等方面都有一些缺陷。Genome Biology发表的这篇文章介绍了一种新的、更快更准确的生物信息学工具，弥补了现有工具的不足。值得专业人士参考。

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菌群分析方法

Nature子刊：16s扩增子测序的局限性和应对方法

16S高通量测序是目前菌群分析最常用的方法，在菌群研究中仍具有不可替代的作用，但是该方法受样品采集/处理过程的差异、扩增引物通用性有限、分析方法局限性等因素的限制，无法精确地反映样品中实际的菌群结构。本文分析了基于16S高通量测序的菌群分析法的各种误差来源，并不同程度地提供或提出了解决方法，值得专业人士参考。

菌群分析方法 16S扩增子高通量测序 K Z Coyte K Z Coyte Seth Rakoff-Nahoum