肺部菌群

重症急性肺炎后的神经系统的异常是一种常见的肺炎后遗症。近日，苏州大学汪超及团队在Science Advances发表最新研究，通过动物实验发现脑组织中存在细菌，这可能是肺炎期间肺血屏障和血脑屏障渗漏的结果，提示重症急性肺炎后的神经系统异常与内源性细菌从肺到脑的易位有关。此外，通过雷帕霉素-细胞外囊泡靶向递送载体可以加速大脑稳态的恢复，并减轻患有严重肺炎引起的小鼠的行为障碍，值得关注。

严重肺炎细菌易位研究论文基础研究脂多糖

磁性活化细菌分选技术

免疫相关肺部菌群研究新方法——磁性活化细菌分选技术

肺菌群由于其含量较少，差异较小，因此应用常规宏基因方法开展研究遇到很大的挑战。近期一篇发表在微生物领域专业期刊Microbiome上研究，借助在肠道菌群的研究中开发了一种基于磁性活化的细菌分选技术，从而有效的分离鉴定对宿主特异性发生免疫反应和应答的肺部菌群研究中，富集的菌群与肺泡灌洗液原始的菌群结构不同，且显著富集了假单胞菌，而上述菌群差异在HIV感染患者中消失且菌的丰度与肺炎细胞因子含量成正比。该研究为肺部菌群以及菌群与细胞因子关系的研究提供了有效的工具和方法。

磁性活化细菌分选技术免疫相关假单胞菌 HIV患者肺部菌群

口腔菌群

丁涛+田国宝等：肺部的菌群和健康，与口腔菌群有何关系？

在解剖学和生理学上，口腔和上呼吸道与下呼吸道和肺有紧密关系。口腔和上呼吸道的微生物可能在肺部菌群的塑造中有重要作用，然而，其背后的生态过程和个体异质性目前仍不清楚。Advanced Science最新发表了来自中山大学丁涛、田国宝团队的研究成果，对肺癌患者和健康人的唾液、口咽、鼻腔和支气管肺泡灌洗样本进行了菌群分析，发现口腔和鼻腔微生物的输入共同塑造了肺部菌群，且口腔菌向肺部的传播程度存在个体差异，较多的口腔菌进入肺部与肺功能下降和促炎症细胞因子增高相关。这些发现阐述了肺部菌群的外部塑造过程，并表明口腔样本（如唾液）或能用于肺部菌群状态的监测和临床评估。

口腔菌群肺部菌群个体异质性宏基因组测序细胞因子分析

肺部菌群

iMeta：华南师大王璋团队综述人体肺部菌群与健康和疾病

目前，肺部菌群与宿主互作的确切机制仍不明确，肺部菌群领域存在许多技术与生物学挑战，以至需要量身定制检测及分析手段来突破这些瓶颈。在本综述中，作者总结概述了肺部菌群研究的原理与方法，回顾了现阶段已知的肺部菌群在人类疾病中所扮演的角色，着重突出机制层面的认识，讨论了肺部菌群领域所面临的挑战，并分享了其对这一领域未来研究的思路。作者希望该综述能够激发研究者对肺部菌群这一新兴领域更大的兴趣。

肺部菌群呼吸系统疾病微生物-宿主相互作用肠-肺轴

肺部菌群

Nature：肺部菌群影响大脑神经炎症

多发性硬化（MS）是一种中枢神经系统的自身免疫疾病。不少研究揭示了肠道菌群对MS的影响，而Nature发表的这项最新研究，则首次发现了肺部菌群也能影响对MS的易感性，并揭示了其背后的免疫机制。

肺部菌群自身免疫疾病多发性硬化实验性自身免疫性脑脊髓炎肺-脑轴

肺炎

Science子刊：详解菌群在肺炎中的作用（综述）

Science Translational Medicine上发表的一篇综述文章，详细介绍了健康状态下的肺部菌群及肠道菌群抑制肺炎发生的机制，以及个体的菌群差异如何影响肺炎的易感性，最后讨论了通过靶向调控菌群防治肺炎的可能。

肺炎综述肺部菌群菌群-免疫互作

菌群-免疫互作

口腔菌群可增强肺部Th17免疫应答，抑制病菌感染

来自横断面研究的结果表明，口腔厌氧细菌在肺部的富集与Th17炎症表型的增加相关。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上发表的一项最新研究，发现吸入口腔菌群可通过MyD88依赖性方式增强小鼠肺部的Th17炎症应答，并保护小鼠肺部免受肺炎链球菌的感染。

菌群-免疫互作肺炎链球菌致病菌感染口腔菌群 myd88

机械通气

长期吸氧诱导的肺部及肠道菌群失调，促进肺损伤

吸氧可诱导动物的严重肺损伤，并与患者较差的临床预后相关。Science Translational Medicine上发表的一项最新研究，发现高氧可促进机械通气患者呼吸道中的金黄色葡萄球菌生长，并导致小鼠的肺部菌群失调。在小鼠中，高氧诱导的肺部菌群及肠道菌群失调与肺部炎症密切相关，抗生素处理或在无菌小鼠中，高氧诱导的肺损伤得到明显的保护。

机械通气肺部菌群研究论文基础研究啮齿动物（小鼠）

肺囊性纤维化

Nature子刊：如何确定囊性纤维化肺部菌群中的活跃细菌？

要破译个别微生物类群对肺囊性纤维化发病机制的作用，需要对它们在感染部位的生态生理学有全面的了解。Nature Communications最近发表的研究，利用非典型氨基酸的生物正交标记（BONCAT）的方法，揭示了囊性纤维化患者肺部菌群翻译活性的广泛异质性。每个患病个体肺部都有一个独特的细菌群落，尽管群落的成员和相对丰度并不一定能预测翻译活性。本研究结果提示，用这种方式对细菌群落进行分析，或可通过识别具有翻译活性的细菌亚群来指导治疗策略。

肺囊性纤维化肺部菌群非典型氨基酸的生物正交标记 microbial ecology Microbiome

哮喘

Cell子刊：肺部菌群和肠道菌群在哮喘中的作用（综述）

来自Immunity上发表的一篇综述文章，详细介绍了在不同发病机制的哮喘类型中，肺部菌群及肠道菌群的组成及功能变化，以及菌群的变化对哮喘的发病、临床特征、治疗响应的影响；同时重点讨论了菌群（包括细菌、真菌、古菌、病毒）介导下的肠-肺轴互作机制，以及这些互作在哮喘中的作用。

哮喘肠-肺轴肺部菌群哮喘 Sicong Wang

肺部菌群

肺部菌群或有助于预测ICU病人临床预后

研究表明，在危重病人中，肺部菌群发生改变，并与肺泡炎症相关，但肺部菌群改变在危重症病人中的临床意义尚不清楚。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine最近发表的文章，对91名ICU重症病人的肺部菌群和临床表现进行了分析，结果表明肺部细菌含量和细菌组成能预测重症病人临床结果，这或为肺损伤的预防和治疗提供新的治疗靶点。

肺部菌群 ICU病人毛螺旋菌科肠杆菌科呼吸道菌群

肺囊性纤维化

Nature子刊：富集培养结合宏基因组测序，分析囊性纤维化肺部菌群

16S rRNA基因测序能确定微生物组成和相对丰度。然而，需要元基因组测序来确定一个群落的遗传作用和功能潜力。宏基因组学在以宿主DNA为主的样本中具有一定困难，例如来自皮肤、组织和呼吸道的样本，往往存在非微生物DNA的污染。为解决这一问题，Nature Microbiology最近发表的研究，把16S rRNA基因测序、宏基因组测序与平板富集培养相结合，开发了一种平板覆盖算法（PLate Coverage Algorithm，PLCA），分析了囊性纤维化肺部菌群。结果表明，培养富集与直接测序相结合，能增加可观察到的菌群分类多样性，其中包括直接测序不能检测到的微生物群，并且对微生物的功能注释更加全面。将PLCA应用于先前发表的，通过培养富集的肠道菌群数据，证明该算法并不局限于肺微生物组或特定的培养条件。本研究提供的方法或更好地帮助了解人类微生物群在健康和疾病中的作用。

肺囊性纤维化肺部菌群 PLate Coverage Algorithm 呼吸道菌群 Kim B Jensen

肺部菌群

肺部菌群对肺癌发生、免疫应答及免疫治疗的影响（观点）

微生物是癌症发生和针对癌细胞的免疫反应的关键调节因子，因此，可能会影响免疫治疗的效果。Trends in Cancer最近的观点文章, 综述了健康个体和肺癌患者肺部菌群结构、肺部菌群对肺部炎症和肺癌发生的影响，及肺部菌群与免疫监视和免疫治疗的关系等。并进一步提出，识别肺部菌群可能是理解肺癌发生过程和预测不同治疗效果的关键，了解肺部菌群对宿主免疫的影响，可以发现新的治疗靶点，或有助于设计新的治疗肺癌的免疫疗法。

肺部菌群肺癌肺部免疫反应免疫治疗呼吸道菌群

胎儿肺部微生物组

胎儿肺部可检测到微生物DNA

最近的研究已经证实了新生儿体内存在多种微生物，但对胎儿肺部是否存在微生物尚不清楚。American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine的研究中，首次对人类胎儿组织进行了微生物组分析，证明最早在妊娠11周时，胎儿肺和母亲胎盘中就存在微生物DNA，推测可能存在母胎微生物DNA转移。

胎儿肺部微生物组肺部菌群胎盘菌群呼吸道菌群 fetal lung microbiome

肥胖

Nature子刊：肥胖和哮喘使菌群-免疫相互作用更加紊乱

为了改进针对哮喘患者的靶向治疗方法，需要深入了解疾病发生的分子机制。Nature Communications最近的研究，招募肥胖哮喘患者(n=50)、非肥胖哮喘患者(n=53)、肥胖非哮喘患者(n=51)和健康个体(n=48)共202人，检测机体免疫和微生物组的变化, 并确定这些变化是否与哮喘、肥胖或两者相关。结果表明，肥胖和哮喘都能影响机体免疫和微生物组成，并且肥胖哮喘患者免疫和微生物变化更明显。此外，严重哮喘患者肠道Akkermansia muciniphila（AKK）减少，用AKK干预过敏原引起的呼吸道疾病小鼠模型，能显著缓解小鼠炎症。

肥胖哮喘菌群-免疫互作 Akkermansia muciniphila 肠道菌群

慢性阻塞性肺病

Science子刊：吸入性糖皮质激素可促进慢性阻塞性肺病的菌群失调和感染

慢性阻塞性肺病（COPD）患者容易发生细菌感染，Science Translational Medicine本周发表的封面研究发现，COPD患者常用的吸入性糖皮质激素（ICS）治疗，与肺部细菌增殖相关，使用人肺样本的体外研究和小鼠模型的体内研究显示，ICS通过抑制肺部生成抗菌肽cathelicidin，增加细菌感染风险，在小鼠中阻断cathelicidin的降解，可抑制ICS引起的细菌负荷增加。

慢性阻塞性肺病肺部菌群吸入性糖皮质激素药物-菌群-宿主互作 Jacob Gratten

肺部菌群

炎性气道疾病中肺部菌群（综述）

慢性阻塞性肺病、哮喘和囊性纤维化是三种不同的肺部疾病，Chest近期发表一篇小综述，对这三种疾病中的肺部菌群及其与宿主互作的情况进行了汇总，并总结了其中的一些共性，值得专业人士关注。

肺部菌群 Asthma COPD cystic fibrosis Lung disease

肺结核

Lancet子刊：肺结核与菌群（综述）

结核病仍是目前造成最多死亡的传染病，越来越多的研究显示，肺部和肠道菌群可影响肺部免疫应答，并在肺结核的各个阶段中有潜在作用。The Lancet Respiratory Medicine近期发表综述，汇总了相关领域的研究发现，并对未来的研究方向提出建议，认为需要将菌群研究纳入到结核病的临床研究中，包括测试新的疫苗或治疗方法，推荐专业人士关注。

肺结核肺部菌群肠道菌群肠-肺轴菌群-免疫互作

菌群-免疫互作

肠道菌群影响HIV感染肺炎患者的免疫功能

菌群-免疫互作 HIV感染肺炎 CD4+ T细胞巨噬细胞

肺部菌群

中科院钱友存团队：肺部菌群失调促进肺纤维化

来自中国科学院上海营养与健康研究所钱友存团队在《Immunity》上发表的一项最新研究，发现在肺纤维化小鼠模型中，肺部菌群失调通过其胞外囊泡激活TLR-Myd88信号通路，促进IL-17B的产生，从而恶化肺纤维化。

肺部菌群肺部菌群 IL-17B 肺纤维化特发性肺纤维化

肺癌

Cell：共生菌群通过γδ T细胞促进肺癌发展

肺癌 γδ T细胞肺癌肺腺癌菌群-免疫互作

肺部菌群

ICU感染防控，急需肺部菌群研究！

肠道菌群失调与ICU病人院内感染风险增加有关，但是ICU病患肺部菌群紊乱相关研究匮乏。本评论文作者指出了使用气管导管相关的呼吸机相关性肺炎很可能与肺部菌群失调相关，强调需要在该领域进行深入研究。

肺部菌群医院获得性感染观点评论呼吸机相关性肺炎医院获得性感染

肺部菌群

医学科学院+北大人民医院等：肺部菌群转录活性或影响宿主健康

医学科学院和北大人民医院等单位的作者联合发表文章，发现人肺部具有转录活性的菌群结构复杂，与宿主的免疫应答、慢性阻塞性肺病发展等密切相关。该研究利用了转录组技术，提供了比16S扩增组测序更丰富的信息，值得参考。

肺部菌群转录活性慢性阻塞性肺病（COPD）转录组 Xu Wu

微生物生态学

Science子刊：分析化学梯度对CF患者肺部菌群的影响，有望带来新疗法

囊性纤维化（CF）是一种遗传疾病，患者的粘液分泌发生改变，易发生肺部感染，伴随肺部菌群的改变。Science Advances近期发表研究，用环境微生物学的技术和思路，从整体上研究CF患者失调的肺部菌群特征和潜在干预方法，表明氧气和pH梯度对菌群结构和代谢的影响，或可用于开发新疗法。

微生物生态学囊性纤维化肺部菌群化学梯度微生物发酵系统

肺部菌群

Cell子刊：抗生素和益生菌有望用于防治肺转移肿瘤

Cell Reports近期发表一项小鼠研究，通过抗生素或益生菌雾化给药来改变肺部菌群，减少肺部的免疫抑制微环境，机制虽有差异，但两种疗法都可减少肺部的转移瘤种植，有望作为辅助疗法防治肺转移肿瘤。

肺部菌群 lung microbiota cancer immunosurveillance aerosolization antibiotics

肺癌

吸烟、TP53突变、肺部菌群之间的互作影响肺癌发生

Genome Biology上发表的一项最新研究，对肺癌患者的肺部菌群、TP53基因突变、吸烟之间的互作进行了分析，发现在TP53突变或吸烟的鳞状细胞癌患者中，肺部菌群发生了相似的特定变化，提示环境因素（吸烟）、遗传因素（TP53）、肺部菌群之间的互作可能与肺癌发生相关。

肺癌 lung cancer Microbiome Mutation squamous cell carcinoma

造血干细胞移植

造血细胞移植后的肺部菌群失调与肺部炎症及损伤相关

来自American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine上的最新研究，利用造血干细胞移植（HCT）动物模型及HCT受体患者的样本，发现HCT可改变肺部菌群，而菌群的变化与肺功能受损及肺部炎症相关，提示肺部菌群或可作为防治HCT后肺部并发症的潜在靶点。

造血干细胞移植肺部菌群 hematopoietic stem cell transplantation pulmonary complications Microbiome

支气管炎综合症

肺部菌群与支气管炎综合症风险相关

支气管炎综合症是接受肺移植的患者的主要致死原因之一，对25名支气管炎综合症患者的肺部菌群进行分析发现，以放线菌门为主并富集革兰氏阴性菌的肺部菌群可能在支气管炎综合症中起保护作用。

支气管炎综合症肺部菌群肺移植排斥反应 Bernard Srour

宿主-菌群互作

AJRCCM：高度多样化的肺部菌群

肺部菌群易受环境影响、个体差异显著，但炎症细胞因子数量与肺部菌群的相关性在健康老鼠中就可以被检测到，并且炎症因子与肺部菌群的相关性高于肠道菌群。这一系列结果表明肺部菌群是研究宿主-菌群联系的一个潜在突破口，同时也指出了供应商差异、运输条件及分笼等环境因素对菌群的影响，对科学设计实验具有很强的借鉴作用，值得专业人士参考。

宿主-菌群互作天然免疫肺部菌群 16s Host-microbiome interactions

慢性阻塞性肺病（COPD）

COPD患者的肺部菌群长期变化情况

Thorax上发表的一项研究，对101名慢性阻塞性肺病（COPD）患者的痰液菌群进行了纵向分析，发现菌群的组成及稳定性与病情的严重程度、恶化情况等相关。

慢性阻塞性肺病（COPD）肺部菌群 Youjun Yang Youjun Yang