肺囊性纤维化

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肺囊性纤维化

Nature子刊：如何确定囊性纤维化肺部菌群中的活跃细菌？

要破译个别微生物类群对肺囊性纤维化发病机制的作用，需要对它们在感染部位的生态生理学有全面的了解。Nature Communications最近发表的研究，利用非典型氨基酸的生物正交标记（BONCAT）的方法，揭示了囊性纤维化患者肺部菌群翻译活性的广泛异质性。每个患病个体肺部都有一个独特的细菌群落，尽管群落的成员和相对丰度并不一定能预测翻译活性。本研究结果提示，用这种方式对细菌群落进行分析，或可通过识别具有翻译活性的细菌亚群来指导治疗策略。

肺囊性纤维化肺部菌群非典型氨基酸的生物正交标记 microbial ecology Microbiome

肺囊性纤维化

Nature子刊：富集培养结合宏基因组测序，分析囊性纤维化肺部菌群

16S rRNA基因测序能确定微生物组成和相对丰度。然而，需要元基因组测序来确定一个群落的遗传作用和功能潜力。宏基因组学在以宿主DNA为主的样本中具有一定困难，例如来自皮肤、组织和呼吸道的样本，往往存在非微生物DNA的污染。为解决这一问题，Nature Microbiology最近发表的研究，把16S rRNA基因测序、宏基因组测序与平板富集培养相结合，开发了一种平板覆盖算法（PLate Coverage Algorithm，PLCA），分析了囊性纤维化肺部菌群。结果表明，培养富集与直接测序相结合，能增加可观察到的菌群分类多样性，其中包括直接测序不能检测到的微生物群，并且对微生物的功能注释更加全面。将PLCA应用于先前发表的，通过培养富集的肠道菌群数据，证明该算法并不局限于肺微生物组或特定的培养条件。本研究提供的方法或更好地帮助了解人类微生物群在健康和疾病中的作用。

肺囊性纤维化肺部菌群 PLate Coverage Algorithm 呼吸道菌群 Kim B Jensen

肺囊性纤维化

呼吸道菌群对肺部恶化及后续抗菌药物干预的抵抗力及恢复力

① 囊性纤维化（CF）的肺部症状始于早期，并伴随着慢性肺部感染及导致肺功能逐渐丧失的气道炎症；呼吸道炎症；② 肺功能渐进下降导致呼吸系统症状急性加重，即囊性纤维化的肺部恶化（CFPE），而CRPEs与疾病进展加快有关；③ 收集病人CFPE前、CFPE、抗生素治疗、恢复、CFPE后五个临床阶段的呼吸道菌群信息；④ CF呼吸道菌群对CFPE的复合耐药性及对抗生素干预的恢复力；⑤ 整个恶化周期中，铜绿假单胞菌的相对丰度没有显著变化。

肺囊性纤维化呼吸道菌群 Donald E Ingber Donald E Ingber