PLate Coverage Algorithm

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PLate Coverage Algorithm

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肺囊性纤维化

Nature子刊：富集培养结合宏基因组测序，分析囊性纤维化肺部菌群

16S rRNA基因测序能确定微生物组成和相对丰度。然而，需要元基因组测序来确定一个群落的遗传作用和功能潜力。宏基因组学在以宿主DNA为主的样本中具有一定困难，例如来自皮肤、组织和呼吸道的样本，往往存在非微生物DNA的污染。为解决这一问题，Nature Microbiology最近发表的研究，把16S rRNA基因测序、宏基因组测序与平板富集培养相结合，开发了一种平板覆盖算法（PLate Coverage Algorithm，PLCA），分析了囊性纤维化肺部菌群。结果表明，培养富集与直接测序相结合，能增加可观察到的菌群分类多样性，其中包括直接测序不能检测到的微生物群，并且对微生物的功能注释更加全面。将PLCA应用于先前发表的，通过培养富集的肠道菌群数据，证明该算法并不局限于肺微生物组或特定的培养条件。本研究提供的方法或更好地帮助了解人类微生物群在健康和疾病中的作用。

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