Johannes Hertel

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Johannes Hertel

文章数：5篇

Cell子刊：新型理论框架或可用于微生物组-代谢组关系的因果推断？

由于组学类别的多变量性质以及未测量的混杂因素的影响，使用观察数据对代谢领域的微生物组与宿主关系进行因果推断通常很棘手。然而，鉴于微生物组作为干预目标的重要性日益凸显，了解微生物组对宿主代谢组的因果影响对于设计和测试益生元和益生菌干预措施的功效变得至关重要。近日，爱尔兰国立大学戈尔韦分校研究人员在Cell Reports Methods发表最新研究，提出了一个理论框架，将群体统计与COBRA微生物群落模型相结合，用于微生物组-代谢组关系的因果推断，实测性能较好，值得关注。

因果推断代谢组研究论文基础研究微生物组

研究菌群代谢功能的新模型

Gut Microbes近期发表研究，提出了一种新的模型来研究菌群的代谢功能，并用其分析了梭杆菌属细菌在肠癌中的代谢作用。

代谢建模肠道菌群

肠道菌群的组成及代谢功能变化与帕金森病的进展相关

多项研究报道了帕金森病（PD）患者的肠道菌群变化，但菌群变化导致的功能性后果尚未明确。《BMC Biology》上发表的一项最新研究，对比分析了PD患者与对照的菌群组成及代谢功能差异，发现PD相关的特定菌群组成变化与疾病严重程度相关，特定的菌群代谢功能也与疾病表型相关，提示PD患者的菌群组成变化可造成菌群代谢功能的改变，从而影响宿主的代谢及疾病进展。

帕金森病 Computational modelling gut microbiome Metabolic modelling Parkinson’s disease

个性化全身模型

新型个性化全身模型可预测疾病标记物和基础代谢速率

精准医疗的一个重要目的是通过建立可预测的个性化人体计算模型，预测可能的治疗方案。本文作者建立的分为男女两种的人体计算模型，同时考虑了传统的生理指标和组学数据，具有器官特异性，在分子水平上和基因组范围内再现了人体全身代谢模型。该模型的介绍和使用方法在https://opencobra.github.io/cobratoolbox/stable/index.html，欢迎读者尝试。

个性化全身模型 Flux balance analysis human metabolism metabolic modeling Microbiome

Cell子刊：菌群影响帕金森病症？

患帕金森后，患者体内的各项代谢途径受到影响。本研究通过对照研究发现，与非患病个体相比，帕金森患者体内的转硫代谢途径改变，且多巴胺能药物治疗可缓解这一现象。进一步分析发现，肠道菌群参与此硫代谢途径，两个主要作用菌株为Akk菌和沃氏嗜胆菌。结合菌群-宿主共代谢，发现牛磺酸共轭胆汁酸是帕金森患者运动症状的主要生物标志物，硫酸化牛磺石胆酸与普通人群的帕金森症状发生有关。虽然研究未能矫正膳食等其他因素的影响，且相关组学数据也并不全面，但该文章揭示了帕金森患者特定的宿主-菌群硫共代谢相关机制，为其临床治疗提供了新的思路。

帕金森症宿主-菌群互作硫代谢 Parkinson's disease bile acid metabolism