DNA测序

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DNA测序

文章数：8篇

mEnrich-seq测序

房刚等Nature子刊：新型“智能镊子”可从微生物组中选择特定菌株完成测序

复杂基因组的细菌物种、高度偏斜的丰度分布以及与病毒、真菌和宿主细胞混合在一起。测序吞吐量主要被丰度较高的微生物消耗，而丰度较低的微生物无法以经济高效的方式进行测序和研究。近日，纽约西奈山医学院房刚及团队在Nature Methods发表最新研究，开发出一种新型测序方式mEnrich-seq，可在测序前富集宏基因组DNA中感兴趣的类群，普适性较好，值得关注。

mEnrich-seq测序特定菌株研究论文基础研究宏基因组学

生物信息学

Nature子刊：主流高通量测序仪在人/细菌/宏基因组测序评测结果发布，华大智造表现优异

近日，由生物分子资源设施协会（Association of Biomolecular Resource Facilities, ARBF）主导的ABRF NGS II期研究成果发表于Nature Biotechnology，文章题为“Performance assessment of DNA sequencing platforms in the ABRF Next-Generation Sequencing Study”。研究团队基于来自Illumina、Pacific Biosciences、Thermo Fisher Scientific、BGI、Oxford Nanopore Technologies和Genapsys的多款测序平台，在多个实验室对同一人类基因组家族、三个单独菌株和十种细菌的宏基因组混合物进行测序，并将各平台数据进行全方位、系统性比较，分析各个测序平台的性能差异和测序质量，以提供真实全面的参考证据。

生物信息学 DNA测序基因组学下一代测序

宏基因组学能回答什么问题？什么不能？（综述）

本文介绍了使用宏基因组学的优势，以及当前可用的分析工具得出的结论的范围，例如跨门和功能组成在物种和菌株水平的高分辨率，同时强调了宏基因组学数据分析的挑战，且表明将来技术和方法的改进和创新将导致成本降低，并预期我们将不仅能够表征复杂的微生物群，而且能够操纵群落以实现人类健康、农业和环境可持续性发展的结果。

微生物组宏基因组学 DNA测序微生物学计算生物学

皮肤微生物组

mBio：人真皮微生物群组成

由于个体间的差异，皮肤微生物被描述为微生物指纹图谱。目前对皮肤微生物的理解是基于对表皮最外层的采样，而其余皮肤层的微生物群尚未得到充分研究。mBio近期的研究，对皮肤的表皮和真皮微生物组成进行了分析，结果显示，表皮和真皮之间的组成和功能有所不同。真皮在个体间通常含有较多的同源微生物组成，是表皮微生物群的一个特定亚群。猜测真皮微生物能直接接触到人体宿主的免疫应答，研究宿主与菌群之间的互作，如皮肤疾病和慢性感染等，可以真皮为研究对象。

皮肤微生物组真皮微生物 16S rRNA 基因 DNA测序皮肤活检

Nature：DNA测序的40年（综述）

这是上期Nature出的重要综述，Nature + 综述，只要编在了我们日报里，肯定是干货，好好看看吧。

DNA测序

生物信息学

Nature Reviews：给医生的菌群分析指南（必读综述）

Nature Reviews Gastroenterology & Hepatology[IF：13.678]新online的重要综述，针对临床医生提供了菌群分析（微生物组分析）的手把手指南，这个要好好读，读明白了还要分享！

生物信息学 DNA测序临床微生物组分析菌群分析 Diana M Proctor

Nature：精准诊断和治疗疾病，MWAS来帮忙！

① DNA测序、代谢组、蛋白组和计算工具快速发展，推动微生物组与疾病相关联；② 时间序列研究和多分子视角促进MWAS发展，已有研究支持MWAS的可靠结果；③ 对精准诊断和治疗来说，应充分理解微生物组和饮食、化学、健康的复杂关系，并要确定记录和整合这些动态变化的检测频率；④ 特别提出MWAS的原则。

GWAS MWAS DNA测序代谢组蛋白组

志贺菌进化的基因组标记，适应及地理传播

志贺菌是造成腹泻的主要病原菌。①与大肠杆菌、沙门氏菌等病原菌同属肠杆菌科②志贺菌属包括四个物种，它们具有很强的同源性，包括扩散性病原性③DNA测序表明这些相似性起源于不用祖先的趋同进化④综述志贺菌与大肠杆菌的进化关系并强调特殊毒性质粒的获得对高度特化病原菌形成的重要性。

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