1%可培养

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1%可培养

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ISME：不要随便说1%的微生物可培养

生死看淡，不服就干，Martiny毫不示弱指出物体什么时候是相同的或不同的，取决于一个人是如何定义这个问题的，以及基于测试它的特定的环境，你会得到不同的答案；并指出Steen和他的同事的分析是对H2范式的测试，其分析中增加罕见成员或测序错误的代表应该会导致观察到低的可培养率，并分析指出他们对类群相似性进行狭义的定义也能得出大多数微生物类群还没有被培养。Martiny也通过海洋蓝藻、原绿球藻来举例论证，表明答案是根据你的标准而异，最后指明我们的研究方向。在参考高丰度菌种(相对丰度>0.1%)的情况下，一般在动植物相关的研究中，50-70%左右的细菌可培养已经被广泛报导，如水稻（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）。

1%可培养分类群培养组

ISME：大部分细菌和古菌还没被培养

作者通过分析Martiny的数据（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1057762149）开启回怼模式，首先使出杀手锏，指出他的结论是基于技术性的错误以及于一个概念上的错误，即尤其是序列相似性的计算没有考虑到序列间隔，以及对16S rRNA基因扩增子的依赖，而这些扩增子被认为偏向于可培养的生物体；以及序列相似性不能用来推断“可培养性”，因为人们不能从16S rRNA基因序列推断生理机能。可谓是唇枪舌剑，火药味十足，作者经过结合最近其他更可靠的研究，首先指出扩增16S rRNA基因的PCR引物具有偏向性，其次指出核糖体数据库项目(RDP)提供的SeqMatch工具的不完善性，并通过使用自己的分析方法重新分析Martiny的数据来证明数据库和分析选择如何影响结果，并论述自己与Martiny在其他方面的分歧点与共同点，可谓是针锋相对，刀光剑影，着实精彩，最终提出自己的观点:大多数细菌和古细菌类群仍未被培养。

1%可培养宏基因组 meta分析数据库培养组

ISME：对1%的微生物可培养说不，大部分的细菌是可培养的

只有1%的微生物是可培养的，这一范式对我们理解微生物生态学产生了深远的影响，并且仍然是大多使用分子工具来描述微生物群落的主要动机。然而，这一点经常被模糊地表达，表明一些科学家对该范式有不同的见解。此外，在培养技术方面的实质性进展表明这种范式可能不再正确。为了量化六个主要生物群落中细菌的可培养性，本文作者发现，已知可培养亲缘细菌的16S rRNA相似性中值为97.3±2.3% (s.d.)。此外，52.0±24%的序列和34.9±23%的类群(定义为>97%相似性)有一个密切相关的可培养的亲缘关系。因此，许多环境中的细胞和类群可以用已知的技术进行培养，这表明1%的范式不再正确。目前有大量研究表明，在人、动物、植物相关的微生物组中，大部分的细菌是可培养的，如水稻根中获得了近70%高丰度类群（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）。此外培养组技术也快速发展，进一步提高可培养比例，如强大的培养组学，让可培养肠道微生物增加一倍（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1045515144）。

1%可培养细胞类群亲缘关系培养组学