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Cell子刊：超6000分离菌株助力揭示IBD中的宿主-细菌互作

对常驻肠道微生物组的异常免疫反应可导致炎症性肠病（IBD）。近日，哈德逊医学研究所人员在Cell Reports Medicine发表最新研究，通过人群队列和体验实验证实，结肠和进化枝特异性的细胞死亡途径差异调节可能有助于整体粘膜免疫状态。总之，该研究强调了菌株特异性表型和考虑解剖位点在探索IBD中失调的宿主-细菌相互作用中的重要性。值得关注。

肠道菌群炎症性肠病研究论文基础研究培养组

ISME：不要随便说1%的微生物可培养

生死看淡，不服就干，Martiny毫不示弱指出物体什么时候是相同的或不同的，取决于一个人是如何定义这个问题的，以及基于测试它的特定的环境，你会得到不同的答案；并指出Steen和他的同事的分析是对H2范式的测试，其分析中增加罕见成员或测序错误的代表应该会导致观察到低的可培养率，并分析指出他们对类群相似性进行狭义的定义也能得出大多数微生物类群还没有被培养。Martiny也通过海洋蓝藻、原绿球藻来举例论证，表明答案是根据你的标准而异，最后指明我们的研究方向。在参考高丰度菌种(相对丰度>0.1%)的情况下，一般在动植物相关的研究中，50-70%左右的细菌可培养已经被广泛报导，如水稻（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1070836774）。

1%可培养分类群培养组

ISME：大部分细菌和古菌还没被培养

作者通过分析Martiny的数据（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1057762149）开启回怼模式，首先使出杀手锏，指出他的结论是基于技术性的错误以及于一个概念上的错误，即尤其是序列相似性的计算没有考虑到序列间隔，以及对16S rRNA基因扩增子的依赖，而这些扩增子被认为偏向于可培养的生物体；以及序列相似性不能用来推断“可培养性”，因为人们不能从16S rRNA基因序列推断生理机能。可谓是唇枪舌剑，火药味十足，作者经过结合最近其他更可靠的研究，首先指出扩增16S rRNA基因的PCR引物具有偏向性，其次指出核糖体数据库项目(RDP)提供的SeqMatch工具的不完善性，并通过使用自己的分析方法重新分析Martiny的数据来证明数据库和分析选择如何影响结果，并论述自己与Martiny在其他方面的分歧点与共同点，可谓是针锋相对，刀光剑影，着实精彩，最终提出自己的观点:大多数细菌和古细菌类群仍未被培养。

1%可培养宏基因组 meta分析数据库培养组