贝叶斯算法

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贝叶斯算法

文章数：2篇

宏基因组组装基因组(MAGs)

STRONG：宏基因组菌株水平组装和分箱的新方法

本研究引入了一种新方法 STRONG（Strain Resolution ON Graphs），用于分析来自同一微生物群落的多个样本中的宏基因组序列。STRONG可以确定由所有样本的共组装分箱而成的MAG中“宏基因组菌株”的数量，以及它们跨多个单拷贝核心基因(我们称之为菌株单倍型)的序列，以及每个样本中每个菌株的覆盖率。STRONG通过使用一种新颖的变分贝叶斯算法BayesPaths直接在装配图上解析单倍型，避免了基于变分方法的局限性。

宏基因组组装基因组(MAGs) 单拷贝核心基因贝叶斯算法单倍型序列

Nature子刊：微生物来源分析R包SourceTracker——结果解读和使用教程

本文介绍了一款追踪微生物来源的软件SourceTracker，用途是可以识别相关各组间来源的分析，如具体的问题：婴儿的肠道菌群有哪些继承了母亲的肠道菌群、哪些来自阴道菌群、哪些来自皮肤；河流污染物的来源分析、周围工厂、农田、养殖厂对河流污染的贡献和来源追溯等，该软件中目标样本为Sink，微生物污染源或来源的样品为Source；基于贝叶斯算法，探究目标样本（Sink）中微生物污染源或来源（Source）的分析。根据Source样本和Sink样本的群落结构分布，来预测Sink样本中来源于各Source样本的组成比例。该软件计算速度较慢，样本量大可选使用19年发表的FEAST（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1040786346）。

SourceTracker 贝叶斯算法源环境目标样本微生物群落