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目标样本
文章数:1篇
SourceTracker
Nature子刊:微生物来源分析R包SourceTracker——结果解读和使用教程
本文介绍了一款追踪微生物来源的软件SourceTracker,用途是可以识别相关各组间来源的分析,如具体的问题:婴儿的肠道菌群有哪些继承了母亲的肠道菌群、哪些来自阴道菌群、哪些来自皮肤;河流污染物的来源分析、周围工厂、农田、养殖厂对河流污染的贡献和来源追溯等,该软件中目标样本为Sink,微生物污染源或来源的样品为Source;基于贝叶斯算法,探究目标样本(Sink)中微生物污染源或来源(Source)的分析。根据Source样本和Sink样本的群落结构分布,来预测Sink样本中来源于各Source样本的组成比例。该软件计算速度较慢,样本量大可选使用19年发表的FEAST(https://www.mr-gut.cn/papers/read/1040786346)。
SourceTracker
贝叶斯算法
源环境
目标样本
微生物群落