单拷贝核心基因

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单拷贝核心基因

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宏基因组组装基因组(MAGs)

STRONG：宏基因组菌株水平组装和分箱的新方法

本研究引入了一种新方法 STRONG（Strain Resolution ON Graphs），用于分析来自同一微生物群落的多个样本中的宏基因组序列。STRONG可以确定由所有样本的共组装分箱而成的MAG中“宏基因组菌株”的数量，以及它们跨多个单拷贝核心基因(我们称之为菌株单倍型)的序列，以及每个样本中每个菌株的覆盖率。STRONG通过使用一种新颖的变分贝叶斯算法BayesPaths直接在装配图上解析单倍型，避免了基于变分方法的局限性。

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