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文章数：12篇

肠内分泌细胞分化

Science：类器官+CRISPR，找出控制人类肠内分泌细胞分化的关键因子

肠内分泌细胞（EEC）位于胃肠道上皮，产生各种参与代谢调控的激素。不同EEC谱系的分化是由专门的转录因子网络控制的。然而，由于从成体干细胞分化EEC的效率很低，很难搞清这个调控网络的组成和机制。Science最新发表的一项研究，利用人肠道类器官和CRISPR基因敲除筛选系统，对调控成人EEC谱系分化的转录因子进行了大规模无偏鉴定，发现一个此前功能未知的锌指蛋白转录因子ZNF800，在EEC谱系分化中发挥主导作用，处于内分泌转录因子网络的上游位置。这项工作展示了优化人类类器官在基于CRISPR的功能筛选中的价值潜力，为鉴定人类肠道生理学和病生理学中的其他调节因子铺平了道路。

肠内分泌细胞分化转录因子肠道类器官 CRISPR

高通量RNA测序

浙大Nature子刊：基于液滴的高通量单微生物RNA-seq测序方法—smRandom-seq

单细胞RNA-seq方法已广泛应用于生物领域。近日，浙江大学王永成及团队在Nature Communications发表最新研究，利用随机引物原位生成互补DNA，通过液滴微流控技术进行单微生物条形码编码，并基于CRISPR的rRNA去除法进行 mRNA 富集，在此基础上开发了一种高通量、高灵敏度的单微生物 RNA-seq方法（smRandom-seq），实测性能较好，值得关注。

高通量RNA测序 smRandom-seq 研究论文基础研究随机引物

微生物组工程

如何设计sgRNA，实现对微生物群落中的菌株特异性操控？

从微生物群落中分离单个微生物并操控这些群落的组成仍然具有挑战性。CRISPR引导RNA的序列特异性可以被用来准确区分微生物，并促进创建能够实现这些任务的工具。PNAS近期发表的研究，开发了一个计算程序，ssCRISPR，可设计菌株特异性CRISPR引导RNA序列，修改复杂的菌群。作为概念验证，将该程序可成功应用于：从菌群中分离特定的微生物，及从菌群中去除特定的微生物。该项技术未来或可用于解决多种实际问题，包括抗生素耐药微生物的问题和从环境中分离出有用的微生物等。

微生物组工程 CRISPR

国内团队Cell子刊：CRISPR引导的细菌靶向遗传筛选系统

近日，中山大学骆观正课题组与上海科技大学季泉江课题组合作，在Cell Reports期刊发表了题为“Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase”的研究论文，开发了名为Site-specific Transposon-Asisted Genome Engineering (STAGE)的新方法，该方法允许在多种微生物（例如铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯菌）中进行高通量的Cas12k介导的基因敲除筛选。

CRISPR 基因敲除 ShCAST系统 STAGE突变文库高通量测序

噬菌体疗法

Cell 子刊：宏基因组数据分析，如何助力噬菌体疗法？

噬菌体疗法是消除肠道有害细菌的高度特异性治疗方法。然而，噬菌体和肠道细菌之间的感染关系尚未完全阐明。Cell Host and Microbe发表的一篇文章，对101个健康日本人的肠道病毒组和细菌组进行了宏基因组分析，鉴定出能特异性控制病原微生物的噬菌体来源抗菌酶。利用抗菌酶干预艰难梭菌感染的小鼠，可以显著提高小鼠的成活率。本研究结果表明，基于宏基因组分析的宿主细菌-噬菌体关联信息，有利于改造噬菌体以消灭病原菌，并为开发各种与肠道菌群失调相关疾病的治疗方法提供借鉴。

噬菌体疗法宏基因组 Bacteriophage metagenome analysis Virome

酒精性肝损伤

国内团队：针对酒精性肝损伤，CRISPR和粪菌移植哪个技术更好？

文章比较了LRP6-CRISPR 和粪菌移植技术在治疗酒精性肝损伤方面的作用。LRP6-CRISPR或FMT均能一定程度缓解酒精性肝损伤，且两者均干预增加肠道菌群多样性，恢复肠道菌群组成。但是，总体来看，LRP6-CRISPR对非酒精性脂肪肝的干预效果比粪菌移植好。

酒精性肝损伤 CRISPR 菌群移植 LRP6 CRISPR

肠道病毒组

Cell子刊：稳定、个体化的人类肠道病毒组

人类的肠道中含有大量的病毒，其中绝大部分是噬菌体。在人肠道微生物组的研究中，关于病毒组的研究还比较缺乏。Cell Host and Microbe发表的一项研究，开发了基于宏基因组学的方法工具，能更为深入全面的分析人类肠道病毒组。该研究通过纵向队列分析表明，人肠道病毒组是稳定且高度个体化的，且每个人都存在“持久稳定的个体病毒组”（PPV），由靶向主要肠道细菌类群的烈性噬菌体组成。这些发现为进一步深入研究人类肠道病毒组打下了基础。

肠道病毒组 Bacteriophages human microbiome Virome Phageome

土壤病毒组：新希望

作为微生物群落的重要成员，病毒可影响微生物死亡率、养分循环和食物网动态等。当前，关于病毒群落的认识多来自海洋系统，但是有证据表明在土壤中同样重要。

病毒组宏基因组 CRISPR RNA病毒农业生态系统

CRISPR技术在食品工业中的应用（综述）

近年来，基于CRISPR的技术使基因组编辑相关领域产生了革命性的进展。Trends in Microbiology上发表的一篇综述文章，详细介绍了基于CRISPR的基因编辑技术在食品工业中的应用，包括：去除致病菌或腐败菌、增强发酵剂及益生菌等有益菌的活性等。

CRISPR food Microbiome 综述食品工业

Cas9抑制蛋白

Cell子刊：鉴别分布广泛的CRISPR/Cas9抑制蛋白

噬菌体会产生抵抗蛋白来抵御细菌、古菌的CRISPR/Cas9免疫系统。《Cell Host and Microbe》近期发表研究，介绍了一种可根据蛋白功能来筛选CRISPR/Cas9抵抗蛋白的方法，用该方法发现抑制Cas9的蛋白家族广泛分布于土壤、动物和人体菌群中，对应的基因存在横向转移的可能。

Cas9抑制蛋白 CRISPR/Cas系统 CRISPR Cas9 inhibitor anti-CRISPR

Nature子刊：通用的细菌遗传分析新工具Mobile-CRISPRi

绝大多数细菌缺乏将基因与表型系统关联的遗传工具，限制了理解基因和基因网络对细菌生理学和人类健康的影响。CRISPRi是一种使用无活性的Cas9蛋白（dCas9）和可编程的单个gRNA阻断基因表达的通用方法，它已成为从细菌到人类中的基因剖析基本和功能的强大遗传工具，但在细菌间缺少广泛有效的工具。本研究开发的Mobile-CRISPRi新方法有助于微生物组功能、抗生素抗性和敏感性的分析，以及用于宿主-微生物相互作用的全面筛选。

基因编辑 CRISPR 遗传操作工具

CB：宽吻海豚口腔菌群的多样性及功能分析

特别推荐这篇Current Biology[IF：8.851]的研究，首要不因为它的结果，而是因为取两只海豚的口腔菌群样本进行分析，就发表在IF甚高的Cell旗下期刊，好好看看，领会下奥妙吧！

宽吻海豚口腔菌群 Oral microbiota microbial ecology candidate phyla