转录因子

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肠内分泌细胞分化

Science：类器官+CRISPR，找出控制人类肠内分泌细胞分化的关键因子

肠内分泌细胞（EEC）位于胃肠道上皮，产生各种参与代谢调控的激素。不同EEC谱系的分化是由专门的转录因子网络控制的。然而，由于从成体干细胞分化EEC的效率很低，很难搞清这个调控网络的组成和机制。Science最新发表的一项研究，利用人肠道类器官和CRISPR基因敲除筛选系统，对调控成人EEC谱系分化的转录因子进行了大规模无偏鉴定，发现一个此前功能未知的锌指蛋白转录因子ZNF800，在EEC谱系分化中发挥主导作用，处于内分泌转录因子网络的上游位置。这项工作展示了优化人类类器官在基于CRISPR的功能筛选中的价值潜力，为鉴定人类肠道生理学和病生理学中的其他调节因子铺平了道路。

肠内分泌细胞分化转录因子肠道类器官 CRISPR

大肠癌的表观遗传和转录亚型的转录因子表达基础是什么？

结直肠癌（CRC）是一个异质群体，可分为表观遗传亚型和转录亚型。表观遗传亚型的基础（以不同程度的启动子 DNA 高甲基化为例）及其与转录亚型的关系尚不十分清楚。PNAS发表的研究，将癌症特异性转录因子（TF）表达变化与 CRC 及其恶性前病变中启动子和增强子区域 TF 结合位点附近的甲基化变化联系起来，从机理上揭示了 CRC 分子亚型的起源和演变。

肠癌表观遗传转录因子

肠内分泌细胞

Nature子刊：调控肠内分泌细胞的多样性和可塑性的新机制

肠内分泌细胞（EEs）具有异质性，通过分泌多种神经肽发挥内分泌作用。在哺乳动物和果蝇中鉴定出多种EEs特异特化所需要的转录因子，但这些转录因子如何协同作用维持EE的异质性尚不清楚。北京生命科学研究所的袭荣文在Nature Communications发表文章，在成年果蝇中发现，EE的多样性和可塑性是通过“加性分级转录因子（TF）级联”产生的，即多级转录因子的互作。

肠内分泌细胞转录因子

诱发上皮细胞去分化的促大肠癌新机制

结直肠癌 (CRC) 通常表现出异常分化的组织学特征，但其分子机制、是否直接驱动疾病进展尚不清楚。Cell Death & Differentiation发表的文章中，发现了两种上皮细胞特异性的转录因子EHF和CDX1的表观遗传失活，驱动上皮细胞去分化和CRC进展的新机制。

结直肠癌转录因子去分化表观遗传

Nature Reviews：决定肠上皮细胞类型和对菌群反应的转录调控机制（综述）

肠上皮包含不同类型的细胞，并能对菌群等信号作出响应，这在一定程度上是取决于不同层面的基因转录调控。Nature Reviews Gastroenterology and Hepatology近期发表的重磅综述，主要从DNA甲基化、染色质可及性、组蛋白修饰和转录因子这4个层面，总结了参与肠上皮细胞特化和对菌群应答的转录调控机制，干货很多，值得专业人士参考。

肠上皮转录调控 DNA甲基化染色质景观组蛋白修饰

南方科技大学团队：RUNX2驱动大肠癌转移，或可成为预后标志物

来自南方科技大学的Liang Fang、陈炜和胡宇慧研究团队在《Oncogene》发表最新研究成果，对结肠癌细胞系SW480进行单细胞测序和多组学分析发现，RUNX2是表观遗传学上驱动上皮-间叶细胞转化（EMT）异质性的关键转录因子，其表达与结肠癌患者的癌细胞转移和较差生存呈正相关，或可作为肿瘤转移的预后标志物。

结直肠癌转录因子 RUNX2 EMT 肿瘤转移

国内团队：表观遗传如何调控肿瘤浸润T淋巴细胞

肿瘤反应性CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）是一种能够特异性识别和破坏肿瘤的T细胞亚型。了解肿瘤反应性CD8+ T细胞的调节机制具有重要的治疗意义。然而，这种T细胞亚型的DNA甲基化状态尚未被阐明。来自北京大学的张泽民、任仙文以及北京世纪坛医院的彭吉润研究团队近日在Genome Biology发表最新研究，支持DNA甲基化参与肿瘤反应性和旁观者CD8+ TILs的形成，并为开发新的DNA甲基化标志物和未来的治疗提供了宝贵资源。

结直肠癌 colorectal cancer Tumor-reactive T cells Bystanders Transcriptome

肠内分泌细胞

北京生命科学研究所：全面解析果蝇的肠内分泌细胞

北京生命科学研究所袭荣文团队近期在Cell Reports发表研究，通过单细胞RNA测序鉴定出10种EE细胞亚型及各自产生的神经内分泌肽，揭示了这些EE亚型在中肠内的空间分布情况，并通过转录因子代码分析和功能筛选，解析了不同EE亚型的分化调控机制。

肠内分泌细胞 enteroendocrine cells Classification Drosophila midgut Neuropeptide

Science子刊：转录因子促进胃肠道癌症中的发育谱系特异性转录

许多研究表明，癌症中可出现发育谱系特异性转录的重新激活。Science advances上发表的一项最新研究，发现转录因子驱动了胃肠道癌症中的发育谱系特异性转录的重新激活。

转录调控胃肠道癌症转录因子 Zhiyong Long Zhiyong Long

GB：肥胖相关菌群如何影响肠道表观基因组

这是近期在Genome Biology[IF：11.908]发表的肥胖相关的菌群研究。总体来说，饮食对菌群有强大的塑造作用，菌群-饮食的互作可“重编”肠道上皮的表观基因组，改变相关基因表达，从而影响肥胖风险。有意思的是，移植了肥胖菌群的小鼠即使吃普通食物，也表现出一定程度的血糖问题，而正常菌群则可以帮助小鼠在吃高脂食物时少长肉，再次强调肥胖和代谢问题中菌群的作用。值得关注，推荐给大家。

肥胖结直肠癌表观遗传学转录因子基因表达

抗生素耐药性

PNAS：全新耐药机制，对抗生素进行N-甲基化修饰

抗生素促进细菌产生耐药性，人类已经发现了很多耐药性机制，而对抗生素进行甲基化修饰，是一种全新发现的机制。

抗生素耐药性转录因子结核杆菌甲基转移酶吡啶骈-苯并咪唑