基因表达

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文章数：9篇

色氨酸代谢

菌群衍生的吲哚或可刺激关节炎发展？

色氨酸分解代谢的改变已在类风湿性关节炎（RA）和脊椎关节炎等炎症性疾病中被发现，但色氨酸代谢物与疾病之间的因果机制尚不清楚。近日，科罗拉多大学安舒茨医学院研究人员在Journal of Clinical Investigation发表最新研究，使用胶原诱导关节炎（CIA）模型，发现色氨酸代谢的改变，特别是吲哚与疾病相关，提示炎症性关节炎期间肠道生态失调导致色氨酸分解代谢改变的机制，从而导致吲哚刺激关节炎的发展，值得关注。

色氨酸代谢关节炎研究论文基础研究微生物

南京大学iMeta：用于构建基因动态调控和网络的整合分析平台

南京大学陈迪俊团队在iMeta发表研究，推出了cisDynet，旨在利用染色质可及性数据为顺式调控动态和基因调控网络建模, cisDynet使用 Snakemake 和 R 函数将数据预处理和高级下游分析功能结合在一起。cisDynet 为研究人员提供了一个用户友好型解决方案，最大限度地减少了编程的需要，确保了结果的可重复性，并大大简化了表观基因组数据的探索。

ATAC-seq 染色质可及性基因表达全基因组关联分析（GWAS）调控网络

Nature：长寿基因转移或可延长寿命？

衰老，是一个复杂、多阶段、渐进的过程，发生在生命的整个过程，延长寿命一直被认为是科学界的一项挑战性目标。近日，美国罗切斯特大学研究人员在Nature发表最新研究，通过一系列实验，发现将裸鼹鼠的长寿基因转移到小鼠身上，可以改善小鼠的健康状况，并延长其寿命。这一益处是通过直接抑制免疫细胞产生促炎因子和防止与年龄相关的肠道功能下降来实现的，值得关注。

基因转移长寿研究论文基础研究基因改造

与细菌互作对早产儿肠道有何影响？类器官里探究竟

Gut发表的letter，比较了早产儿来源和成人来源的肠道类器官在细菌刺激下的基因转录谱，结果表明成人、早产儿肠道类器官本质不同，对细菌暴露的基因表达也存在差异。本研究为利用早产儿肠道类器官模拟早产儿肠道中微生物宿主相互作用提供了证据。

类器官早产儿基因表达

Nature 子刊：利用工程细菌控制线虫基因表达，调节线虫的生理和行为

合成生物学的一个核心目标是可预测和有效地重新编程生命系统。由于系统的复杂性，动物生理学编程对于合成生物学仍然是一个挑战。Nature Communications近期发表的文章，提出一个细菌-线虫共生系统，在该系统中，工程大肠杆菌能识别外部信号，并通过RNA干扰秀丽隐杆线虫的gfp、sbp-1和unc-22基因来调节动物基因表达、扭动表型和脂肪代谢。通过在细菌中使用遗传电路来控制这些RNA的表达，可以用逻辑门来编程模拟秀丽隐杆线虫的生理学。本研究结果提示，利用细菌RNA或代谢产物作为媒介来编程高等生物基因表达或有助于细菌和动物之间的相互作用研究。

工程细菌线虫基因表达

炎症性肠病(IBD)

ATF6介导肠上皮细胞的内质网应激引起的炎症信号

Gastroenterology近期发表的文章发现，克罗恩病人的回肠上皮细胞中CSNK2B和HSPA5表达增加，上调激活的ATF6，进而增加内质网应激中TNF及其它炎性细胞因子的表达。抑制ATF6信号通路或能成为治疗炎症性肠病的一种策略。

炎症性肠病(IBD) IBD Inflammation signal transduction GENE EXPRESSION

早发性结肠癌

香港大学团队：类器官模型揭示早发性大肠癌的遗传特征

散发早发性结直肠癌（EOCRC）具有较差的预后，目前尚无具有代表性的细胞系模型对其进行研究。来自香港大学的Suet Yi Leung和Helen H N Yan研究团队在Gut发表最新研究，检测了EOCRCs类器官中的关键遗传及转录组学改变。EOCRCs类器官模型的建立填补了现有CRC模型的空白，并揭示了其独特的遗传特征和新的通路协同性。

早发性结肠癌 Early-onset colon cancer R-spondin fusion RNF43 colon carcinogenesis

GB：肥胖相关菌群如何影响肠道表观基因组

这是近期在Genome Biology[IF：11.908]发表的肥胖相关的菌群研究。总体来说，饮食对菌群有强大的塑造作用，菌群-饮食的互作可“重编”肠道上皮的表观基因组，改变相关基因表达，从而影响肥胖风险。有意思的是，移植了肥胖菌群的小鼠即使吃普通食物，也表现出一定程度的血糖问题，而正常菌群则可以帮助小鼠在吃高脂食物时少长肉，再次强调肥胖和代谢问题中菌群的作用。值得关注，推荐给大家。

肥胖结直肠癌表观遗传学转录因子基因表达

Cell：人工操控菌群基因表达的时代到来

因为技术突破太给力，让热心肠先生和小伙伴们太激动，所以特别特别推荐这篇preview，来介绍两篇人工引入特定基因表达系统的文章（第一篇：http://www.xunludkp.com/papers/read/1037095168；第二篇：http://www.xunludkp.com/papers/read/1032900992），原文精彩，这篇preview总结得也精彩。还有别忘了老规矩：这样的文章，看看图就会有收获。

转化研究基因表达微生物组拟杆菌属