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文章数：11篇

细菌-噬菌体互作

Cell子刊：挖掘肠道微生态中的“暗物质”——未知噬菌体

肠道噬菌体是肠道微生态的重要组成部分，但是收到的关注较少。Cell Host and Microbe近期发表研究，通过分离27株多形拟杆菌噬菌体以及基因组分析，发现了在人肠道宏基因组中广泛存在的但未被解析的噬菌体群体，及其感染细菌的相关基因，为研究肠道噬菌体建立的一种可借鉴的方法。

细菌-噬菌体互作 Bacteriophage phage isolation comparative genomics gut microbiome

噬菌体疗法面临哪些挑战？如何应对？（综述）

利用肠道中丰富的微生物生态系统，或可通过使用改造过的噬菌体在原位对微生物组进行基因改造。Journal of Controlled Release发表的综述，提出了利用工程噬菌体控制和操纵肠道微生物组所面临的挑战，如细菌靶向特异性、转导DNA的长期作用、基因表达调控、重组DNA安全性控制等。针对这些挑战，文章进一步提出了应对这些挑战的可操作性方法，以帮助发展基于噬菌体的原位微生物工程这一新兴领域，并力图在未来将其推展到临床。

噬菌体微生物组基因治疗 Bacteriophage phage Microbiome

靶向清除细菌

Cell子刊：靶向清除特定肠道菌的新方法

目前治疗肠道感染以及肠道菌群研究中，通常使用抗生素来达到目的，然而抗生素杀菌不具有特异性，因此易导致不确定结果。建立特异性清除细菌的技术对于临床应用和科学研究有重要的意义。近期一篇发表在Cell Host and Microbe的一篇论文通过应用纳米抗体-抗原特异性结合的技术和具有T6S细胞毒性的阴沟肠杆菌构建了可编程抑制细胞（PIC），PIC可以靶向清除表达特定表面抗原的细菌，而不影响肠道菌群整体的其它组成，效果显著优于抗生素，且PIC不易导致细菌耐药性的产生。该技术具有广泛的应用前景和临床应用价值。

靶向清除细菌 interbacterial community Microbiome Probiotic

蜜蜂肠道病毒组可调控菌群多样性

蜜蜂肠道菌群影响蜜蜂健康，但与蜜蜂肠道菌群相关的噬菌体知之甚少。近日发表在PNAS上的文章，利用宏基因组技术发现蜜蜂肠道病毒组由复杂而多样的噬菌体群落组成，并表明噬菌体通过调控菌株水平的细菌多样性在蜜蜂肠道菌群中发挥重要作用，对蜜蜂健康有潜在影响，且有望成为研究细菌-噬菌体动力学的实验模型。

honey bee phage Microbiome Bifidobacterium metagenomics

可移动遗传元件

Cell子刊：用MGEfinder分析细菌中的可移动遗传元件

细菌的演化主要通过DNA突变和可移动遗传元件（MGE）的转移，《Cell Host and Microbe》发表的这项研究介绍了一个用于分析MGE的生信工具MGEfinder，并用其分析了9种细菌病原体，为MGE如何影响抗生素耐药性、毒力和致病性提供了新见解。

可移动遗传元件 Mobile genetic elements transposable elements bacteria Pathogen

Cell子刊：全病毒组分析揭示IBD肠道病毒组中的“暗物质”

Cell Host and Microbe上发表的一项最新研究，对公开数据库中的病毒组序列进行重新分析，鉴定出了IBD患者的肠道病毒组的特异性变化，并发现肠道病毒组的变化反映了肠道细菌的变化。

IBD Virome Phageome INFLAMMATORY BOWEL DISEASE IBD

噬菌体疗法

Cell：工程噬菌体或是战胜耐药菌的良方

细菌可对抗生素产生耐药性，相似的挑战也存在于噬菌体疗法中。Cell近期发表的一项研究，受基因工程抗体的研发思路启发，开发了一种可对噬菌体进行高通量工程改造的方法，能扩大其宿主范围，减少靶标细菌的抗性产生，对研发噬菌体疗法有重要价值。

噬菌体疗法 Bacteriophage phage virus antimicrobial

Cell：挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白

受计算机和试验方法所限，小蛋白常因难以检测而研究中被忽视。Cell本期发表的一项重磅研究，通过计算机方法，对人体宏基因组中潜在的小蛋白进行了大规模分析和鉴定，揭示出菌群含有的大量未知小蛋白及其多样化的功能，对于进一步挖掘菌群功能有重要意义。

小蛋白 Microbiome small proteins bacteria Genome

病毒组分析，选对软件很关键

迄今为止最完整的病毒组组装软件评测，包含了16个宏基因组组装软件（方法），结果表明SPAdes一致性表现最好。

病毒组 Assembly Bacteriophage Benchmark Comparison

肠道噬菌体

Cell子刊：饮食影响肠道共生菌产生噬菌体

来自Cell Host and Microbe上的一项最新研究，发现肠道共生菌——罗伊氏乳杆菌可在饮食摄入的刺激下，激活基因组中的前噬菌体，而富含果糖的饮食可通过激活Ack信号通路促进噬菌体的产生。

肠道噬菌体 phage gut symbiont fructose SCFA

CID：病毒是生命吗？（综述）

这是Clinical Infectious Diseases[IF：8.216]发表的一篇有趣但也充满理性思考的文章，对病毒是否是生命甚至“更准确”的生命观是什么做了深入阐述，作者甚至提出，自己认为蛋白、染色质和质粒都具有生命力（From a materialistic viewpoint, I recently proposed, in a somewhat provocative way, to consider all living biological entities (proteins, chromosomes, plasmids) that participate in a living process to be alive）。观点足够大胆，你接受么？大家都来说说！

生命定义病毒 virocell giant viruses virion