Population structure

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文章数：3篇

微生物生态学

Cell：PopCOGenT新方法鉴定微生物基因组间的基因流动

2001年人类基因组发布后，进入了后基因组时代，开展人类基因组的多角度挖掘，伴随着一系列的方法和软件的开发，实现了更多研究问题的手段。近年来微生物组研究也积累了大量数据，以人类微生物组计划公布的数据为基础，大家可以将之前很多想法付诸实践。近期Cell就有多篇基于HMP数据挖掘的文章，如本周内同期发表的《Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼》（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1033790381）、《Cell：挖掘人体菌群中不为人知的小蛋白》（http://www.mr-gut.cn/papers/read/1056603186）。本文是又一篇基于人类微生物组数据挖掘并开发方法的Cell文章，套路值得学习，软件值得跟进和使用。

微生物生态学 Reverse ecology microbial ecology Population structure population genomics

MSB：人体肠道菌群中的亚种

这是 Molecular Systems Biology[IF：9.750]发表的针对2144个人体粪便宏基因组、676个人体口腔样本的大规模物种分析，特别是分析了亚种的数量和功能，巨量数据研究，都值得好好看看。

亚种 genetic variation metagenomics Microbiome Population structure

彭永正等：对39株Akk菌菌株进行的基因组分析

这是南方医科大学附属珠江医院团队对不同株的Akk菌进行的基因组比较分析，在大家异常关注Akk菌帮助抗肿瘤的日子里，这样比较Akk菌株基因组的研究更很值得关注。特别推荐！

AKK菌 Akkermansia muciniphila antibiotic resistance Genome diversity Mammalian gut microbiota