数据可视化

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文章数：6篇

数据可视化

iMeta：国内团队开发具备Shinyapp界面的一站式转录组分析和可视化R包

本研究系统开发了TOmicsVis （转录组学可视化）R包（CRAN：https://cran.r-project.org/package=TOmicsVis，v2.0.0），为转录组项目提供全面的分析和可视化解决方案；TOmicsVis Shinyapp可以在本地通过函数运行或在线（https://shiny.hiplot.cn/tomicsvis-shiny/）访问分析，TOmicsVis提供了即用型的可视化函数和用户友好的交互界面，使科研者能够快速准确地分析和监控实验数据，以便于迅速深入探索转录组学数据。

数据可视化差异表达基因富集分析 Shinyapp 多分组RNA-Seq

生物大数据挖掘

国内团队：TBtools-II为个性化生物数据分析提供解决方案

华南农业大学园艺学院夏瑞团队在线发表了题为 TBtools-II: A "One for All, All for One" Bioinformatics Platform for Biological Big-data Mining 的研究论文，系统介绍和描述 TBtools 的新版本，即 TBtools-II。TBtools-II 在 TBtools-I 的基础上优化并新增了100+个功能，开发了插件（Plugin）模式并架设了插件仓库（Plugin Store）。基于此，解决了软件功能全面性与灵活性的主要冲突。借由插件模式和插件仓库的推出，TBtools-II 同步提供了简便的插件开发接口，使得用户可以直接依据自己的需求，灵活地开发出实用插件，继而在课题组内甚至在TBtools用户社区分享，让所有TBtools用户受益。

生物大数据挖掘生物文本处理 TBtools-II 数据可视化插件模式

iMeta：华南农大发布TBtools构造Circos图的简单方法

本文简要介绍了TBtools中“Advanced Circos”绘图功能和相应参数，并详细阐述了如何从常见的高通量数据出发，使用“Advanced Circos”制作信息丰富的Circos图。几乎所有步骤都可以在TBtools中通过简单的点击轻松完成。作者预计，本文中TBtools的“Advanced Circos”将使更多的研究人员能够享受Circos图在探索大型生物数据方面的优势。

Circos TBtools 全基因组水平数据可视化

菌群数据分析

iMeta：青大苏晓泉组发布跨平台可交互的菌群分析平台PMS

Parallel-Meta Suite(PMS)，一个用于快速和全面的菌群分析的软件套件，采用了最先进的算法，涵盖序列菌群数据物种与功能解析、统计分析、可视化等一系列流程，并具有友好的图形界面，可以满足各种用户的分析需求。PMS软件的最新版本已经在GitHub（https://github.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite）和Gitee（https://gitee.com/qdu-bioinfo/parallel-meta-suite）上发布，软件包中提供了测试用的演示数据集。

菌群数据分析数据可视化统计分析并行计算多操作系统兼容

iMeta：陈同等开发高颜值高被引绘图网站imageGP

2022年2月21日，iMeta 期刊在线发表了中国中医科学院黄璐琦院士、陈同副研究员和中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫高级工程师合作题为“ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers”的研究论文。该论文介绍了一款简单易用、功能强大的在线绘图工具 ImageGP，访问地址是http://www.ehbio.com/ImageGP/ 。

扩增子生物信息学数据可视化宏基因组菌群

R包microeco：微生物组扩增子数据统计和可视化

基于高通量测序的群落数据分析分为前期的生物信息学分析和后续的统计分析，后续的分析则更注重于统计方法的使用和结果展示的快速性和灵活性。目前来看，依然缺少全面、简洁、快速的后续分析软件包。本文中提到的R语言包microeco 基于R6 class开发，整合了多种微生物群落生态学中常用的分析方法，归类成每个模块，以方便学习和使用，并研发了多种分析方法，同时提供了详细的教程，软件包已上传至CRAN，建议安装Github的更新版本。安装方法和使用教程等详见Github链接：https://github.com/ChiLiubio/microeco

共现网络差异丰度检验多样性环境因子功能分析