菌群成像

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菌群成像

文章数：6篇

王炜等：如何有效评估芽孢活力？新方法助力洞察萌芽过程

细菌芽孢是一种特殊的生命形态，能够耐受高温、紫外线及多种化学物质杀灭。芽孢在宿主及宿主与环境之间的传播对于致病菌感染（如艰难梭菌）和维持肠道稳态(如枯草芽孢杆菌)至关重要，但是目前缺少有效手段检测芽孢在体萌芽过程。上海交通大学医学院分子医学研究院的杨朝勇、王炜团队在Gut Microbes发表了最新研究，基于序贯标记策略开发了直接评估芽孢体内萌芽的新方法。

菌群成像细菌芽孢体内萌芽序贯标记 D-型氨基酸荧光探针（FDAA）

王炜等：共聚焦成像联手单细胞测序，如何解析复杂的微生物样品？

单细胞测序技术已被用于肠道菌群等复杂微生物样本的研究，但目前，仍很难将细菌的基因组信息与显微成像观察到的细菌表型信息有机结合，深入揭示其生物学机制。近日，上海交通大学杨朝勇、王炜及团队在mLife发表最新研究，开发了一种FLCiSS策略。该策略基于共聚焦荧光成像和单细菌挑选测序方法，通过共聚焦特异荧光信息可对复杂样本中的细菌直接挑选和测序，获取其分类学信息。总之，该策略的开发普适性较好，有利于促进各类复杂细菌样本的深入挖掘，值得关注。

菌群成像单细胞测序共聚焦荧光成像研究论文基础研究

刘尽尧等：工程细菌“红了又绿”助力体内菌群成像

这是发表在Materials Today Bio的一份工作，由上海交通大学刘尽尧、吴冯、林思思及团队完成。他们开发了一种以荧光激活和吸收移位标签（FAST）编码的双荧光工程大肠杆菌Nissle 1917（EcN-FAST），在添加或移除对应荧光原时EcN-FAST会实现荧光的切换，在体内体外都表现出良好的成像效果，并且在肿瘤和肠道内进行了测试。该技术为监测移植细菌活性和菌群动态提供了手段。

工程菌菌群成像

3D成像技术监测肠粘膜菌群空间结构

这是发表在PNAS上的一份工作，作者通过改良组织清除和保存的技术，结合16S rRNA测序、荧光原位杂交、光谱成像等技术，实现了对肠道样本特别是肠道菌群的三维空间成像定量观测。有趣的是，他们发现盲肠隐窝中的肠道菌群存在着独特的空间分布和一定的菌群稳定性。使用环丙沙星耗竭菌群后再撤掉抗生素，隐窝菌群可恢复到未接触抗生素的水平，但Muribaculaceae菌科无法恢复，同时菌群结构相似的隐窝空间距离更近，在其外围由无细菌定植的隐窝包围，产生了对抗生素耗竭Muribaculaceae的独特抗性。此外，尽管A. muciniphila以粘蛋白代谢能力而著称，但在数百个隐窝中作者也仅观察到一个有A. muciniphila定植的隐窝。

菌群成像

王炜+杨朝勇+魏泓：人肠道细菌的在体生长模式成像

Gut Microbes近期发表了来自上海交通大学医学院王炜、杨朝勇团队以及魏泓团队的合作研究成果，在此前研发的菌群在体成像方法（https://www.mr-gut.cn/papers/read/1073691421）的基础上进行了扩展，将该方法应用于菌群人源化小鼠，以研究人肠道菌群中的细菌的在体生长模式，并建立了肠道细菌成像数据库Microiome Atlas（https://www.microbiome-atlas.com/）以便同行研究使用，值得专业人士关注。

菌群成像肠道菌群研究工具人源化小鼠

Science：单菌水平的菌群空间转录组成像

细菌在群落中的状态是异质性的，存在时间和空间上的动态变化。Science近期发表的一篇方法学文章，介绍了一种高通量的细菌空间转录组成像方法——par-seqFISH（并行序贯荧光原位杂交），能对同种细菌（甚至多种细菌）在浮游和生物膜形式下的基因表达和细胞参数（细菌大小等）进行大规模分析，以揭示细菌群落的状态和功能的时空动态和异质性，或能在菌群研究中发挥重要作用。

菌群成像转录组