宏基因组装配

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文章数：3篇

Nature子刊：教你使用 CAMI 基准测试工具包评估宏基因组学软件

计算方法是菌群研究的关键，获得定量且无偏的性能评估对方法开发者和应用研究者很重要。为了在方法之间进行有意义的比较，确定最佳实践和常用示例数据并减少基准测试的计算成本，有必要使用标准化的数据集、过程和度量标准进行评估。在本教程中，作者描述了由较大的研究人员群体共同确定的计算宏组学基准测试中的新兴标准。作者解释了最相关的评估指标，用于评估宏基因组装配/组装，分箱和分析结果，并提供有关如何生成它们的分步说明。本教程将为同行提供参考，并有助于在菌群研究中提供信息丰富且可重复的基准测试。

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Nature子刊：CheckV评估宏基因组组装病毒基因组的质量和完整性

本文介绍了CheckV（一种用于评估单重叠群病毒基因组质量的自动化流程），以及从环境数据源中系统地识别出的完整病毒基因组的扩展数据库。作者预计，CheckV将在未来的病毒宏基因组学研究和MIUViG清单所需的质量统计报告中广泛使用，也期望CheckV的完整病毒基因组数据库将成为一个有用的群落资源，其中包含对来自不同环境的大量未开发新型病毒的见解。

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国内团队：通过linked-read测序对宏基因组组装进行全面研究

目前的宏基因组学实践使用短读长测序来同时对微生物基因组混合物进行测序。但是，这些结果在基因组组装过程中含糊不清，导致微生物基因组完整性和重叠群连续性无法令人满意。而通过将相同的条形码与较长的DNA片段（10-100 kb）的读长连接在一起，Linked-read测序能够消除其中的一些歧义，从而改善了宏基因组的装配。香港浸会大学张璐和香港城市大学李帅成与团队在Microbiome发表文章，全面研究了linked-read测序参数对宏基因组装配的影响。虽然linked-reads测序的基因组组装质量无法与PacBio CCS long-reads的匹敌，但由于linked-reads测序的低成本和高碱基质量，使用它的理由仍然很有说服力。本研究表明，使用linked-reads进行宏基因组组装的最佳实践是合并来自多个文库的linked-reads，其中每个文库具有足够的每个片段读取深度，且更少量的输入DNA。

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